Следствие инквизиции держалось на трех основных китах: розыске, доносах и сыске. Но основным из этих трех инструментов на начальном этапе являлся розыск. Инквизитор был принужден совершать постоянные объезды подведомственного ему участка. Приезжая в тот или иной населенный пункт, он объявлял, так называемый, срок милосердия, в течение которого все окрестные еретики могли прийти и покаяться перед лицом инквизиции. По окончанию этого срока инквизитор начинал розыск. Если имелись покаявшиеся еретики, то он заставлял их выдать своих бывших единоверцев. Если же таковых не оказывалось, то инквизитор принуждал под присягой всех местных жителей указать подозрительных или еретиков. Арестовав вновь выявленных еретиков, он под конвоем препровождал их в центр епископии, где и начинал допрос. Почти с первых же шагов инквизиция начала применять пытки, как физические, так и нравственные.
Единственным поводом отвода свидетелей являлась смертельная вражда, но инквизиция не практиковала сообщение имен свидетелей подозреваемым. Единственным его шансом было назвать его злейших врагов, надеясь, что свидетель попадет в их число. Инквизитор совмещал в одном лице обязанности судьи и обвинителя, а адвокат обвиняемому в ереси не полагался, да и любой защитник мог быть обвинен в сочувствии ереси и тут же занять место своего подзащитного. Инквизитор имел право назначать себе помощников и охранников, которые пользовались церковной неприкосновенностью и обладали полной свободой притеснять, унижать население. Отличительной особенностью инквизиторского следствия была его значительная протяженность во времени, иногда до десяти лет. Все действия и слова обвиняемого равно как и обвинительное заключение фиксировались в двух экземплярах. Подобная организация делала невозможным для еретиков укрыться в другом государстве. Так как при необходимости копия могла быть послана вслед за ним. Поняв, что существует огромное количество лжесвидетелей, инквизиция ввела следующее правило: " Если кто-либо уличен в лжесвидетельстве, на него должно быть наложено суровая епитимья, но показания его из дела изыматься не должны".
Единственным шансом на спасение от системы, которая считала любого арестованного заранее виновным, заключалось в полном признании и раскаянии на первом же допросе. Если же человек упорно настаивал на своей невиновности, то его как закоренелого еретика выдавали в руки светской власти.
Основной целью инквизиции по понятию было вырвать души грешников из когтей Сатаны, а то, что происходило в это время с телом значения не имело. Во время крестового похода против альбигойцев было сформулировано еще одно правило: "лучше отправить на тот свет десять добрых католиков, чем дать уйти от правосудия хоть одному еретику". В борьбе за такую важную вещь, как человеческая душа, цель оправдывала применение любых средств.
Инквизиция накладывала обычно три вида наказания: епитимья, тюремное заключение и передача в руки светской власти, что означало костер. Епитимья могла заключаться в пожизненном ношении крестов, паломничестве по святым местам, внесении определенного пожертвования на благие дела. Но это только самые распространенные методы, вообще епитимья была ограничена только фантазией инквизитора. Тюремное заключение подразумевало под собой отбывание срока в узкой, душной камере на хлебе и воде, иногда в ручных и ножных кандалах, возможно прикованных к стене, в предельно антисанитарных условиях. Средняя продолжительность жизни в подобном заключении составляла три года. Но иногда были амнистии замещение тюремного заключения на строгую епитимью. Выдача в руки светской власти подразумевало под собой сожжение заживо. Церковь не отказывалась даже от преследования покойников. Уже умершего еретика могли приговорить к сожжению. Это подразумевало под собой изъятие останков из могилы с последующим сожжением и конфискация имущества.
Людей, заподозренных в ереси, доставляли в особую камеру в здании инквизиции. Здание это официально именовалось “Каза Санта”, т. е. Святая палата. Для осуждения их достаточно было двух свидетельств, если только они не слишком противоречили друг другу. Инквизиторы делали все, чтобы воздействовать на психику человека. Комната обычно была задрапирована черной материей, сквозь окна не проникало света. На столе, покрытом черным бархатом, стояло распятие и шесть горящих свечей, а также лежала Библия. У стола стояла кафедра, за которой сидел секретарь, зачитывавший список преступлений, вменяемых задержанному. За столом сидели инквизиторы в белых монашеских одеждах с черными клобуками. Позади пленника в ряд выстраивалась стража, доставившая его в здание инквизиции. Старший инквизитор обычно некоторое время не обращал внимания на арестованного, делая вид, что поглощен изучением бумаг, лежавших на столе. Это делалось по инструкции, а также с целью увеличить тревогу и растерянность пленника. Потом секретарь задавал вопросы о его имени, адресе и т. п., а старший инквизитор, отложив бумаги, спрашивал, знает ли подозреваемый, за что он арестован. Бедняга отвечал, что не знает за собой никакой вины, после чего инквизитор снова углублялся в чтение. Затем у несчастного допытывались, есть ли у него враги, как часто он исповедуется, какого он прихода, кто духовник и когда подозреваемый последний раз был на исповеди.
Цель допросов состояла в том, чтобы заставить задержанного покаяться, а также, по возможности, обвинить в ереси своих родственников и знакомых. Если, однако, человек упорно молчал в ответ на задаваемые вопросы, то применялась иная тактика. Инквизитор делал вид, что сочувствует пленнику, говорил, что не желает ему вреда, что он, смотрит на пленника как на заблудшее дитя и желает, чтобы он возвратился на путь истинный. Для этого необходимо покаяться, и тогда узник снимет бремя греха со своей души, почувствует облегчение и получит прощение церкви. Но искреннее раскаяние предполагает ненависть к ереси. Поэтому покаявшийся должен назвать имена других людей, совершающих грех втайне. Покаявшиеся должны и другим дать возможность покаяться. Этот прием действовал достаточно успешно. Если это не помогало, заключенного снова вызывали к инквизиторам, которые подвергали его перекрестному допросу, быстро задавая вопросы до тех пор, пока утомленный и сбитый с толку узник не начинал противоречить самому себе. Тогда ему говорили, что он лжет, и уводили. После этого его должны были отправить в камеру пыток.
Со времен Торквемады пытки стали важной частью деятельности инквизиции. Прежде они применялись не часто. Согласно статье 15 “Указаний” Торквемады, инквизиция имела право применять пытки в случае, когда грех ереси считался “полу доказанным”. Пытка состояла из нескольких этапов, причем благочестивые инквизиторы именовали ее не пыткой, а допросом. Первой стадией было запугивание применением пыток. Вторым этапом был визит в камеру пыток, где инквизиторы демонстрировали пленнику все орудия пыток, находившиеся в их распоряжении. Этот этап считался очень важным. На третьем этапе, который должен был еще больше запугать арестованного, его раздевали и готовили к началу пытки. На четвертой стадии ему демонстрировали то орудие пытки, которое должно было быть к нему применено. Если он и на этот раз не каялся в ере си и не называл сообщников, то пытка начиналась.
Согласно закону, запрещалось повторять пытку, и человек, после первого испытания настаивавший на своей невиновности, не должен был подвергаться повторным испытаниям. Поэтому инквизиторы стремились обойти закон, не “повторять”, а продолжать пытку как можно дольше, давая жертве лишь краткие передышки. Чаще всего в тюрьмах инквизиции применялись дыба “подъемник”, и пытка водой. “Подъемник”: жертве связывали руки за спиной и начиная медленно поднимать с помощью блока, так, чтобы все тел держалось на руках. Через несколько минут человека опус кали вниз и предлагали покаяться. Если же он отказывался, его поднимали снова, а если и после этого он не признавал себя виновным, могли привесить к ногам гири. Когда, человек терял сознание, его снимали, давая ему передышку, чтобы через некоторое время повторить все сначала. Распространена была в тюрьмах инквизиции и пытка водой. В этом случае жертву привязывали к наклонной лестнице, так, чтобы человек не мог пошевелить ни руками, ни ногами, рот насильно держали открытым, ноздри закрывали деревянными затычками, а рот прикрывали куском ткани. Затем жертве медленно наливали воду в рот из кувшина. Человек автоматически делал глотательные движения, и вместе с водой в горло попадала ткань. Потом полуживому от удушья арестанту давалась передышка, чтобы через некоторое время все повторить вновь.
Такие ужасные пытки, как закапывание живых людей в землю, применялись инквизицией в Нидерландах во время свирепых карательных операций с целью превращения протестантской страны в католическую.
Если обращение инквизиции с тысячами узников вызывает негодование, то способ вынесения им приговора мог бы вызвать смех. Эти благочестивые церковники, пытавшие заключенных, не могли вынести смертного приговора, потому что христианин не должен проливать кровь ближнего! Поэтому инквизиторы, полные решимости отправить своих жертв на костер, предпочитали, чтобы это выполнил кто-нибудь другой. Тогда они могли умыть руки и сказать: “Мы сделали все от нас зависящее, чтобы вернуть этих людей в лоно церкви. Нам не удалось этого добиться, так что теперь мы можем лишь оставить их светской власти”.
Эти люди тщательно выбирали выражения и употребляли слово “оставить”, а не “передать” (также как о пытке говорили не “повторялась”, а “прерывалась”). Таким образом, они, очевидно, надеялись убедить Бога, как они себе Его представляли, в своей правоте. Этой же цели служило и поспешное “отпущение грехов” в случае внезапной смерти допрашиваемого. Желая показать, что не виновны в убийстве, инквизиторы заявляли: “Церковь больше не может вам помочь. Она отвергает вас и оставляет светской власти, впрочем ходатайствуя о том, чтобы она обошлась с вами милостиво, без пролития крови и по возможности не предавая вас смерти”.