С 1452 г. Касимов стал столицей зависимого от Москвы Касимовского царства, в котором поселялись, получая поместные наделы, служилые татары-мусульмане со своей челядью. В 1467 г. в Касимове была построена Ханская мечеть (сохранился ее минарет - единственная мусульманская культовая постройка, возведенная до ХVIII в., дошедшая до нашего времени). В качестве автономной единицы Касимовское царство просуществовало лишь до конца ХVII в., однако и по сей день живущие на этой территории касимовские татары сохранили свою приверженность исламу.
В ХVII в., несмотря на объявленные ранее запреты, в России происходило строительство новых мечетей. Особенно много мечетей появилось в татарских селах Башкирии, что связано с массовым переселением сюда казанских татар во второй половине ХVI в., после разгрома Казанского ханства. Например, сохранилась деревянная мечеть в деревне Старо-Тушкырово Балталевского района, которая датируется концом ХVII в. В ХVII в. существовала мечеть и в Астрахани, упоминаемая в связи со взятием в 1670 г. города войском Степана Разина.
Вместе с тем московское правительство в ХVII - начале ХIII в. принимает ряд мер по ограничению прав служилых мусульман: в 1628 г. им было запрещено иметь слуг православного вероисповедания, а в 1713 г., уже в царствование Петра 1, особым указом аннулировались права “татарских служилых людей” на владение вотчинами и поместьями в случае их отказа принять крещение. Последующими правительственными указами мусульманам, принявшим крещение, сокращались подати и рекрутские наборы и увеличивались аналогичные повинности сохранившим верность исламу.
При Петре 1 делаются первые попытки изучения ислама: в 1716 г. впервые осуществляется перевод Корана на русский язык, выполненный доктором философии В. Постниковым, - “Алкоран о Магомете, или Закон турецкий”. Однако для “просвещенных” социальных верхов того времени характерно резко негативное восприятие ислама, возможно связанное с военным противостоянием с Турцией.
В правление Анны Иоанновны Указом от II февраля 1736 г. запрещалось строительство новых мечетей в Башкирии, а за пять лет до этого, а 1731 г., в Свияжске (Казанской губернии) была учреждена Комиссия для крещения казанских и нижегородских мусульман и других инородцев. В 1740 г., уже в царствование Елизаветы Петровны, она была переведена в Казань и преобразована в Новокрещенскую контору во главе с епископом Лукой Канашевичем.
Данное учреждение было наделено широкими полномочиями не только в миссионерской деятельности, но и в насильственном принуждении к крещению. Указом сената от 19 ноября 1742 г., например, предписывалось “все имеющиеся в Казанской губернии новопостроенные за запретительными указами мечети... сломать и впредь строить отнюдь не допускать, и от того Казанской, Астраханской и Воронежской губерниям накрепко предостерегать: ежели где татары жительство свое имеют в отдалении от новокрещенных жительств... в них мечети для неминуемой жителей татарских законной нужды оставить надлежит”. В соответствии с этим указом Новокрещенская контора только в 1742 г. в пределах Казанской губернии из 536 мечетей уничтожила 418. сохранилась только небольшая часть старых мечетей, уцелевших со времен Казанского ханства, причем лишь в тех селах, где не было новокрещенных жителей.
В целом вплоть до начала царствования Екатерины II положение мусульман в России было тяжелым.
Результаты христианизации мусульман в России за два века были весьма незначительными. Хотя в Поволжье и сложилась особая этноконфессиональная группа татар-кряшен, она не составляла большинства среди тюркских подданных Российской империи. К тому же новокрещенные при первой возможности вновь возвращались в ислам.
В период царствования Елизаветы Петровны правительство было вынуждено разрешить строительство новых мечетей, поскольку именно в мечетях живущие в России татары, согласно их законам, приводились к присягам. В 1756 г. специальным указом было разрешено строительство новых мечетей для татар, живущих особыми деревнями в Казанской, Воронежской, Нижегородской, Астраханской, симбирской губерниях.
Правительственная политика по отношению к мусульманскому населению Российской империи коренным образом меняется лишь в царствование Екатерины II, которая взяла курс на покровительство исламу, за что получила среди татарского населения почетное звание “Эби пашта’’ (Бабушка-царица). Обнародованный в 1773 г. ее Указ "О терпимости всех вероисповеданий и о запрещении архиереям вступать в дела, касающиеся до иноверных исповеданий и до построения по их закону молитвенных домов, предоставляя все сие светским правительствам" не только положил конец принудительной христианизации, но и окончательно снял запрет на строительство мечетей.
Посетив Казань в 1766 г., Екатерина II лично дала разрешение купцам Юнусовым на строительство в городе каменной мечети. Юнусовская мечеть, построенная в 1767-1771 гг., впоследствии получила наименование мечеть Марджани - по имени татарского просветителя Шигабуддина Марджани, бывшего ее имамом. Она стала первой каменной мечетью, построенной в Казани после ее присоединения к России. Вслед за ней в Казани была воздвигнута Апанаевская мечеть в стиле русского барокко на средства купца Ибрагима Султанаева. В екатерининские времена начинается строительство мечетей и в других городах России: в 1768 г. воздвигнуты двухминаретная мечеть в Татарской слободе Яицкого городка (ныне г. Уральск в Казахстане) и новое здание Ханской мечети в Касимове.
Наиболее значительным памятником мусульманского культового ХIХ в. является мечеть Караван-Сарая в Оренбурге, построенная в 1837-1846 гг. по проекту петербургского архитектора А. Брюллова в духе романтической трактовки средневековой восточной архитектуры.
В царствование Екатерины II численность мусульманских подлинных Российской империи существенно увеличилась. Это произошло вследствие присоединения Крымского ханства. В Манифесте по случаю присоединения Крыма к России от 8 апреля 1783 г. Екатерина II обязалась “охранять и защищать храмы и природную веру, коей свободное отправление со всеми законными обрядами пребудет неприкосновенно”
В связи с этим предпринимаются усилия по интеграции мусульман в сословную структуру Российской империи. В 1784 г. татарским мурзам и башкирским старшинам предоставляются права российского дворянства, в том числе право владения населенными имениями. Тогда же были даны значительные льготы мусульманским купцам, ведущим торговлю с Туркестаном, Персией, Индией и Китаем.
В 1782 г. в Уфе был учреждён муфтият, и мусульманские священнослужители выделились в особое духовное сословие, а вскоре мусульмане России получили собственную конфессиональную организацию: именным Указом Екатерины II от 22 сентября 1788 г. было создано Оренбургское магометанское Духовное собрание с местопребыванием в Уфе. Ему были подчинены все мусульманские приходы России, за исключением Таврической губернии (Крым). Создание же Таврического духовного правления крымских татар, намеченное на 1794 г. было подтверждено лишь 23 декабря 1831 г. Указом императора Николая 1.
В ведении Оренбургского магометанского духовного собрания находилось утверждение избранных мусульманскими общинами приходских имамов и ахунов. Ему подчинялись как средние духовные управления - мухтасибаты, объединяющие по несколько десятков общин, так и низшие - мутаваллиаты.
Таким образом, мусульманская община России по существу получила организацию, аналогичную церковной, хотя исторически институт церкви в исламе отсутствует. Это привело к последствиям, далеко выходящим за пределы намерений российского правительства: произошло оформление мусульманского духовенства России в качестве организованной национально-политической силы, результатом чего стало усиление интегративных функций ислама. В дальнейшем правительство Российской империи стало всерьез опасаться усиления политического влияния мусульманского духовенства и консолидация мусульманских народов России под знаменем ислама. Вследствие этого оно препятствовало распространению юрисдикции Оренбургского магометанского Духовного собрания на мусульман вновь присоединенных к России областей Кавказа, Закавказья, Казахстана, Туркестана, где местные священнослужители были непосредственно подчинены общему гражданскому управлению.
В 1910 г. созванное премьер-министром Столыпиным “Особое совещание по выработке мер для противодействия татаро-мусульманскому влиянию в Приволжском крае и о преобразовании Оренбургского магометанского Духовного собрания”, констатировав, что “духовное собрание, прикрываясь своим официальным положением государственного учреждения и принадлежащими ему по закону правами, сыграло значительную роль в создании и поощрении противогосударственного движения в мусульманской среде”, рекомендовало в целях уменьшения его влияния территориально сократить компетенцию Духовного собрания в разделить подведомственные ему территории между несколькими аналогичными учреждениями под контролем правительства.
Несмотря на улучшение со времен Екатерины II отношения российских властей к исламу, вплоть до Манифеста о свободе вероисповеданий от 17 апреля 1905 г. мусульмане в повседневной религиозной жизни сталкивались со многими трудностями и ограничениями.
После Февральской революции 1917 г. общественное движение российских мусульман заметно активизировалось. В Москве в мае 1917 г. прошел Всероссийский мусульманский съезд, собравший свыше 900 делегатов из различных регионов России.