Долгое время папству, наученному опытом XV в. опасаться притязаний собора на верховную власть в церкви, удавалось затягивать его созыв, на котором настаивали не только протестанты, но и католики. Император надеялся использовать собор как средство борьбы с Реформацией, давления на папство, утверждения своего преобладания в Европе. Подготовка собора продолжалась почти десять лет. После всевозможных проволочек собор начал свои заседания в декабре 1545 г. в североитальянском городе Тренто (лат. Tridentum), входившим в состав империи. Тридентский собор, заседания которого продолжались 18 лет, призван был консолидировать все силы, остававшиеся верными Святому престолу. Его постановлениями католическая церковь определила свое отношение к протестантизму, осудив основные догматы новых учений.
В Тренто взяло верх консервативное, строго папистское направление. Этому способствовали значительное влияние иезуитов на выработку и принятие соборных постановлений, беззастенчивая и ловкая деятельность папских легатов, председательствовавших на соборе и присвоивших безраздельное право вносить предложения на его рассмотрение. Папство сумело отстоять собственную власть от покушений собора на верховенство и от притязаний епископов, требовавших независимости, и воспротивиться сколько-нибудь серьезным нововведениям и преобразованиям в церкви.
Решающее значение имела третья сессия собора, длившаяся с января 1562 г. по декабрь 1563 г. На этом этапе работы собора папство столкнулось с широкой оппозицией епископов, преобразовательными устремлениями могущественнейших светских владык и некоторых национальных церквей католической части Европы. Речь шла о реформе иерархии, богослужения, церковных порядков и нравов. Отсутствие единства дало возможность строгим ревнителям католической ортодоксии сохранить в неприкосновенности устои церкви. Декретом о мессе подтверждалось все, что было усвоено обычаем, отвергались лишь некоторые суеверия; были сохранены немые и заупокойные обедни; а также латинский язык при богослужении и совершении обрядов. Брак священников не допускался. Причастие под обоими видами, т. е. хлебом и вином, собор провозгласил божественным установлением, признав церковь вправе его регулировать по своему усмотрению, что давало удобный повод воспротивиться популярности требованию о предоставлении мирянам чаши. Ожесточенные дискуссии вызвал вопрос о епископской резиденции. Еще в 1547 г. был принят декрет против епископов, пренебрегавших своими пастырскими обязанностями. В 1562—1563 гг. большая группа прелатов высказалась за то, чтобы провозгласить божественными установление и права епископского сана. Это требование затрагивало самые важные принципы иерархии, подрывая верховную власть папы, авторитарный строй католической церкви. Дело кончилось компромиссом, выгодным папству. Иерархия была призвана необходимой, епископская власть — законной.
Общая реформа нравов и управления духовенством, декретированная собором, предусматривала правила назначения и определяла круг обязанностей кардиналов и епископов, предписывала ежегодное проведение епархиальных и раз в три года провинциальных синодов, усиление епископского надзора за подопечным духовенством, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов. Из постановлений, касающихся низшего клира, важнейшее повелевало в каждой епархии учредить семинарии для пестования молодых священников. Вводились также меры против злоупотреблений, сеявших в церкви смуту и подрывавших ее авторитет: упорядочивалось управление церковными имуществами, воспрещались торговля духовными должностями, всякого рода вымогательства, сосредоточение в одних руках нескольких бенефициев.
Принятием наспех составленных декретов о чистилище, индульгенциях, почитании святых, мощей и церковных образов собор завершил работу в декабре 1563 г. В январе 1564 г. Пий IV утвердил его постановления, оставив за Святым престолом исключительное право их толкования. Все дело собора было поставлено в полную зависимость от папы, власть которого признавалась высшей и непререкаемой. Победа римской курии — итог предшествовавшего развития церкви — отражала ситуацию, сложившуюся в ней по мере развертывания Контрреформации, когда верх взяли наиболее реакционные круги, приверженные идеалу папского главенства в церкви и господства церкви над государством.
Таким образом, Контрреформация представляла собой проводимую католической церковью политику активного противодействия прогрессивным преобразованиям в общественно-политической, религиозной и культурной жизни европейских народов XVI — XVII вв. Начатое Реформацией движение, угрожавшее привилегиям и положению католической церкви в обществе, заставило ее реорганизоваться применительно к сложившимся историческим обстоятельствам.