Но и эта грамота не принесла монастырю спокойствия. Борьба ожесточилась после заключения унии (1596). Желая добиться права патроната над монастырем, архиепископ Герман (Загорский), вступив на полоцкую кафедру, посетил Могилев. Но, как свидетельствуют документы, он «не только ничего не достиг, а еще и претерпел немало от мещан, которые заперли его в монастыре, били и окровавили», называя «отщепенцом, слугою антихристовым и папежцем проклятым, уже купно с папою на соборе Берестенском». Не были удачными и попьп-ки завладеть монастырем преемника Германа Гедеона (Брольницкого). Даже известный своими фанатическими жестокостями при насаждении унии Полоцкий архиепископ Иосафат (Кун-цевич), имевший королевский привилей на подчинение себе всех православных церквей в пределах епархии, не сразу сумел овладеть могилевским монастырем и храмами.
Согласно «Запискам» игумена Ореста, «..в 1618 году, при посещении своих униатских церквей, поехал (Иосафат) в Могилев и когда, того же года октября 9 дня, начал под Могилев подъезжать, то Могилевские граждане, узнав о приезде Иосафатовом, зазвонили в вечевой на ратуше колокол тревогу и учинили бунт, позамыкали городские ворота и на валах вокруг города и вежах расставили народ с оружием. Магистратские чиновники, бургомистры, ратманы, лавники и все мещане в великом множестве с разными орудиями и с цеховыми хоругвями, как бы против неприятеля вооружась, толпами вышли из города против Иосафата и с великим криком ругали его бесчестными словами и проклинали, угрожая убийством, возбранили ему въезд в Могилев, называя его отступником Православной Веры и архизлодеем, намерены были стрелять в него и убить».В конце 1618 г. Иосафату Кунцевичу все же удалось завладеть Спасским монастырем. На протяжении всех последующих лет не прекращались попытки горожан вернуть обитель в православие. Иногда это принимало довольно острые формы. Так, в 1633 г. игумен Гервасий (Гостиловский) жаловался магистрату на мещанина Федора Кононовича, что под его влиянием взбунтовались жители Луполова (часть города, расположенная на другом берегу Днепра, напротив административного центра - Замковой горы) и «побили чернецов Спасских и всю прислугу монастырскую, посланную в церковь Св. Василия (за Днепром) за колоколами, перенесенными сюда из Спаса во время войны с Москвой». По этому делу было привлечено к суду около 100 человек.
В исторической литературе нет единого мнения о том, когда же Могилевский Спасский мужской монастырь вновь стал православным. В XIX в. господствовала точка зрения, что монастырь находился в руках униатов с 1618 по 1674 г. Игумен Орест писал: «1674 года униатские монахи Базилиане, жившие 56 лет в Могилевском Спасском монастыре, при настоятеле униатском игумене Никодиме по указу королевскому удалены из онаго». Иной позиции придерживались митрополит Макарий в «Истории Русской Церкви» и автор брошюры «Спасский монастырь в Могилеве» Ф. Жудро. Опираясь на документы, они убедительно доказали, что возвращение Спасского монастыря в православие произошло значительно раньше. В1654 г., когда Могилев был взят русским царем Алексеем Михайловичем, при монастыре уже был православный епископский наместник «черный поп Иеремия», который советовал жителям города сдаться Москве. Сохранились челобитные Иеремии царю, которые свидетельствуют, что еще раньше монастырем владел православный епископ Иосиф Горбацкий (ум. в 1653 г.).
Вероятнее всего, возвращение монастыря в православие произошло в 1650 г. По диплому, изданному королем в названном году, согласно Зборовскому договору с казаками (1649), Могилевская православная епархия должна была получить половину имений Полоцкой униатской архиепископии, и среди них «Спасский монастырь со своими принадлежностями». Положения этого документа вызвали тогда недовольство высших чинов и полностью реализованы не были. Что же касается Спасского монастыря, то, судя по другим документам, он был передан православным. Это прежде всего записка униатского митрополита Антония Селявы (1651). В ней, ссылаясь на привилеи короля Сигизмунда III (1623) и Владислава ГУ (1633; 1635), которыми определялись права униатов, Селява пишет:«...Но почему же он (король) поступает (в дипломе 1650 г.) вопреки оным Владиславовым пунктам, привилегиям и самой конституции, отнимая у нас церковныя имения и бенефиции, принадлежащия нам по тем пунктам и привилегиям? И почему дело это, уже конченное и конституциею с привиллегиею утвержденное, должно подвергнуться еще пересмотру? На каком, наконец, основании и по какому праву должна принадлежать схизматику (т.е. православному епископу) половина имений полоцкого владычества, с такого давняго уже времени составляющих владение униатов».
По возвращении в православие Спасский монастырь сделался местом пребывания могилевских архиереев, что было определено еще в 1632 г. при Владиславе IV. В «Статьях примирения обывателям коронным и Великого княжества Литовского из русского народа в Греческой вере находящегося» говорилось следующее: «В Великом княжестве Литовском должен быть епископ Мстиславский... который имеет именоваться епископ Мстиславский, неуниат, Оршанский и Могилевский, и жить ему в Могилевском Спасском монастыре».
Архитектурный комплекс монастыря формировался на протяжении нескольких веков. В 1478 г. была построена деревянная Спасская церковь. С конца XV в. при ней существовали также деревянные сооружения, где располагались монашеские кельи. В 1740-1742 гг. на месте сгоревшей в 1708 г. церкви строится каменная Спасо-Преображенская церковь, которая также сгорела в 1748 г. С 1756 г. святитель Георгий (Конисский; возглавлял Могилевскую кафедру 40 лет - с 1755 по 1795 г.) снова печется о ее возрождении. По благословению архиепископа известный архитектор Ян Крыштоф Глаубиц разрабатывает проект, в соответствии с которым в 1762 г. на высоком берегу Днепра возводится величественный собор, до 1802 г. являвшийся кафедральным. Это был крестово-купольный храм с традиционным для культуры барокко двухбашенным главным фасадом. Интерьер храма был богато украшен росписями, в выполнении которых принимали участие известные мастера Мирон Пигаревич и Петр Отижик.
Святитель Георгий (Конисский) распорядился установить на куполе колокольни Спасского монастыря вместо креста образ архангела Гавриила с мечом в правой руке, сделанный из меди и покрытый золотом, который, по свидетельству игумена Ореста, «стоя на шпале, обращался во все стороны от ветра». Данный образ стоял на Спасской колокольне более полувека, пока в 1826 г. не был заменен на крест Могилевским архиепископом Павлом (Моревым). Особенно же возвысил Спасский монастырь епископ Могилевс-кий и Полоцкий Афанасий (Волховский). Он повелел, чтобы ни в каких приходских храмах города не было колокольного благовеста ни к вечерне, ни к утрене, ни к литургии ранее Спасского благовеста под страхом телесного наказания розгами.
В начале XIX в. все постройки Спасского, или Архиерейского, монастыря были каменными: главный храм во имя Преображения Господня с двумя приделами (справа от алтаря находилась чудотворная икона Божией Матери Могилево-Братской, которая, как свидетельствует предание, появилась некогда на стене королевской крепости); церковь во имя 40 Севастийских мучеников, соединенная с кельями; архиерейский дом с церковью во имя Вознесения Господня (при нем располагался сад); кельи, часть из которых была занята помещениями консистории; колокольня. Монастырь был окружен каменной оградой (с двух сторон часть этой ограды составляли каменные купеческие лавки).
После октября 1917 г. монастырь был закрыт. В1918 г. в здании архиерейского дома разместилась Чрезвычайная комиссия. Позднее здесь располагалась воинская часть. Спасский собор монастыря, в котором почивали останки архиепископа Георгия был уничтожен. В настоящее время старинное здание архиерейского дома принадлежит Музею истории города Могилева, на нем установлена мемориальная доска с портретным барельефом Георгия Конисского, именем которого назван и сам городской вал. Здесь же в 1993 г. установлен памятный крест, к которому ежегодно 6 августа, в день прославления святителя Георгия Могилевского в лике святых за его колоссальную созидательную и просветительскую деятельность, из Свято-Никольского женского монастыря совершается торжественный крестный ход с праздничным молебным пением.