Монастырь вырос на месте отшельнического подвига прп. Нила, Столобенского чудотворца. В первые десятилетия своего существования Нилова пустынь была крайне бедна, но постепенно превратилась в одну из самых благолепных и посещаемых богомольцами обителей.
В 1528 году на пустынном острове Столобном, что на Селигере, поселился отшельник. До этого втечение тринадцати лет он жил в дремучем лесу на берегу реки Серем-хи, но там не мог спрятаться от людской славы. В первый год жизни на маленьком острове отшельник (читатель, возможно, уже догадался, что речь идет о преподобном Ниле Столобенском) выкопал в горе небольшую пещеру и перезимовал в ней. Весной он построил келью и часовню.
Пропитание прп. Нил добывал, возделывая землю под огород, а иногда принимал подаяние от местных жителей — молва о старце-анахорете быстро распространилась по всей округе. Не все окрестные поселяне, впрочем, относились к преподобному с почтением. Были и те, кто хотел «извести» его, считая, что он «не по праву» занял остров. Но это тема для отдельного рассказа.
7 декабря 1554 года преподобный Нил преставился ко Господу. Погребал его игумен Николо-Рожковского монастыря Сергий, его духовный отец. Через некоторое время над могилой святого появилась часовня, а в 1591 году на остров пришел иеромонах Герман, впоследствии прославленный Церковью как прп. Герман Столобенский, и построил здесь — при помощи нескольких человек (по-видимому, местных благочестивых крестьян) — деревянную церковь в честь Богоявления Господня с приделом во имя недавно прославленного святого — Василия Блаженного, Христа ради юродивого. Строительство длилось несколько лет, и после его окончания некоторые из помощников прп. Германа пожелали остаться на острове Столобном и жить здесь монашеской общиной. Преподобный и сам имел такое желание. Он обратился с прошением к Патриарху об основании на острове монастыря с общежительным уставом по чину древних обителей Палестины. 1594 год, когда «островитяне» получили благословенную грамоту Патриарха, считается годом основания Ниловой пустыни.
Уже на другой год после открытия обители сюда пришли монахи-иконописцы из Тверского Оршина Вознесенского монастыря Иов и Нифонт. Они написали — со слов местных жителей, еще помнивших, как выглядел отшельник, освятивший своим присутствием окрестности Селигера, — первую икону прп. Нила. Спустя несколько лет появилось житие святого. Авторами его были прп. Герман Столобенский и инок обители Живоначалыюй Троицы (Герасимовой пустыни) Филофей.
Нилова пустынь созидалась в трудное время. Неурожаи, голод, нашествие поляков, литовцев и шведов — вот лишь самые главные беды, которые приходилось претерпевать братии нового монастыря. К моменту кончины прп. Германа, первого настоятеля обители, она была совершенно разорена. Нынешние классицистские храмы и хозяйственные постройки Нило-Сто-лобенской пустыни не дают никакого представления о том, как она выглядела тогда, в 1614 году. В то время в ней имелись всего один деревянный храм, да часовня с гробом преподобного Нила, да колокольня, представлявшая собой «столб дубовый» с несколькими малыми куполами. И шесть келий-избушек. Иконостас в церкви был весьма скуден по части образов, книги держали в обители только самые необходимые (печатных книг не было вообще), а богослужебные сосуды — лишь оловянные. Таким принял под свое управление монастырь свт. Нектарий, второй настоятель Ниловой пустыни, с отроческих лет воспитанный прп. Германом. Именно ему суждено было привести обитель к благосостоянию. Но память о первых — подлинно нищих — летах своего иночества он сохранил надолго. В 1639 году в письме к одному из приближенных царя Михаила Федоровича он восклицал: «Како мне забыти труды и раны, и глад, и жажду, и наготу, и босоту? И до смерти мне надобно помнить: какова милость Божия надо мною грешным была в Пустыни, и что мы кушали: вместо хлеба траву папороть и кислицу, ухлевник и дягиль, и дубовые желуди, и дятлевину, и с древес сосновых кору отымали и сушили и, с рыбою смешав, вместе истолокши, а гладом не уморил нас Бог».
Игумену Нектарию удалось привлечь внимание знатных и богатых благотворителей к нуждам монастыря. Так, боярин Б. М. Лыков, в чьей вотчине находилась Нилова пустынь, подарил ей соседний остров Городомлю и полуостров Святицу (ныне — Светлица), а также рыбную ловлю на Селигере. Кроме того, до конца жизни он помогал обители хлебом и денежными вкладами. Сам государь Михаил Федорович, проникнувшись уважением к игумену Нило-Столобенскому, постановил ежегодно отпускать монастырю из своих доходов некоторое количество денег и снеди. Обратило внимание на трудности монастыря и церковное начальство: в 1620 году митрополит Новгородский Макарий освободил его от уплаты церковной дани. Благодаря разумным действиям свт. Нектария «материальная база» обители значительно укрепилась. На острове Столобном разбили два яблоневых сада, завели пашни на близлежащих пустошах, построили водяные мельницы. Тогда же в Осташкове открылось подворье монастыря (несколько позже появились подворья в Новгороде и Москве).
В 1636 году игумен Нектарий вынужден был покинуть Нило-Столобен-скую пустынь — его возвели в архиерейский сан и назначили на Сибирскую и Тобольскую кафедру. Три года провел святитель вдали от родной пустыни, но, в конце концов, «выпросился» обратно.
При игуменстве свт. Нектария в монастыре была возведена вторая церковь — также деревянная — в честь Покрова Пресвятой Богородицы (1622). Тринадцатью годами позже пришлось возвести и новый Богоявленский храм, поскольку старый сгорел. Существенно пополнились в это время ризница и монастырская библиотека.
В 1665 году Нило-Столобенской пустыни довелось пережить суровое испытание — случился пожар, в котором сгорели дотла все постройки. Но очень скоро иноки поняли, что пожар этот имел для обители благодетельное значение. Когда началась закладка нового (на сей раз, каменного) Богоявленского собора, были обнаружены нетленные мощи прп. Нила Столобенского. Это событие произошло 27 мая 1667 года.
После обретения мощей святого внимание богатых жертвователей и простых паломников к монастырю удвоилось, что позволило отстроить заново сгоревшие храмы и хозяйственные здания. К началу XVIII века Нило-Столобенская пустынь подошла вполне благоустроенной. В 1764 году обитель стала одной из немногих, причисленных к первому классу. Очевидно, свою роль в этом сыграло недавняя канонизация преподобного Нила (она состоялась в 1756 году).
Уже в XVIII столетии Нило-Столобенская пустынь была едва ли не самым почитаемым монастырем во всем Верхневолжье. Братия монастыря прославилась в округе своим трудолюбием и богобоязненностью, а паломники особенно любили обитель за то, что здесь сохранился дух древних монастырей, а также и за долгие, благолепные богослужения. Показательно, что социальный и имущественный состав паломников был самый пестрый: на богомолье в Нилову пустынь шли и ехали как крестьяне, так и аристократы и представители интеллигенции (например, в 1820 году в обители побывал Александр I, а четвертью века позднее достопримечательности монастыря осматривал великий русский драматург Александр Островский).
Согласно правилу, установленному в 1766 году, каждый из тех, кто приходил в Нило-Столобенскую пустынь с намерением принять постриг, должен был научиться определенному ремеслу (выбор предоставлялся большой — в обители действовали сапожная, слесарная, столярная и многие другие мастерские), дабы оградить себя от праздности, столь вредной для инока. В целях же духовного возрастания новоначальных поручали под надзор опытным в духовной жизни монахам (это, впрочем, было обычной практикой в монастырях).
К началу второй трети XIX века обитель стала уже весьма многолюдна. По указу 1832 года полагалось, чтобы в ней проживали 60 насельников, но поскольку незадолго до этого в монастыре начались обширные строительные работы (в частности, именно тогда возводился новый Богоявленский собор), количество «жителей» острова было больше в разы — за счет трудников и наемных рабочих. Число их иногда доходило до 250 человек.
«Перенаселенность» главного монастырского острова сделала очевидной необходимость создания скита. Его устроили в начале XX века на соседнем острове, подаренном Нило-Сто-лобенской пустыни еще при игумене Нектарии. Здесь подвизались духовно опытные иноки.
Монастырь просуществовал до 1927 года, однако последние несколько лет были для насельников обители неимоверно тяжелы. В 1919 году большевики вскрыли мощи прп. Нила Столобенского. Немногим позднее они вывезли их в Осташков, где поместили в уже закрытом к тому моменту Знаменском монастыре (в описываемое время в нем поселился краеведческий музей). Так Нило-Столобенская пустынь лишилась мощей своего небесного покровителя, а сами они стали экспонатом, долженствовавшим развенчать «поповские сказки о якобы нетленных мощах так называемых угодников». В 1920-е годы, стремясь как можно скорее ликвидировать монастырь на Столобном острове, власти организовали судебный процесс над его братией. Процесс завершился «успешно»: обитель совершенно опустела, а упоминания о судьбах ее насельников сгинули в архивах НКВД. В 1928 году в монастыре, уже фактически не существовавшем к тому моменту, была отслужена последняя Божественная литургия.
Следующую литургию служили в Нило-Столобенской пустыни Рождественским постом 1991 года, 20 декабря. С этого дня порядок ежедневных богослужений уже не прерывался. Бог даст, теперь так будет всегда.
Возведение надвратной церкви прп. Нила относится к середине XVIII века. Однако в 1830-е годы она была перестроена, и теперь мало что напоминает о ее первоначальном облике. Так, например, первый вариант храма прп. Нила завершался восьмериком, увенчанным пятью главами. После возведения Богоявленского собора этот восьмерик разобрали — пышное пятиглавие надвратной церкви смотрелось странно рядом с массивным собором.
Интересно, что руководил перестройкой церкви преподобного Нила ямщик Никифор Гаврилович Пожарский, чьи родственники держали знаменитую гостиницу в Торжке, где останавливался, в частности, А. С. Пушкин. То, что Н.Г. Пожарский назван ямщиком, удивлять не должно: он был лишь приписан к ямщицкому сословию, на деле же зарабатывал строительными подрядами.