В ночь с 31 мая на 1 июня 1843 года во время пожара в Орле сгорела дотла Введенская обитель. После пожара монастырь был перенесен на новое место, на юго-восточную окраину Орла, где и продолжил свое существование. В обители имелось теперь четыре храма: соборный, в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, Трапезный, во имя Тихвинской иконы Божией Матери, и Воскресенский. Управлялась обитель игуменьей. В XIX веке Введенский монастырь славился золотошвейными работами. Художественные изделия монахинь пользовались признанием за границей.
В этот период впервые в крае появляются новые монастыри. В 1853 году основывается женская община в Болхове, преобразованная в 1875 году в Богородично-Всехсвятский общежительный монастырь. Он располагался в полуверсте от Болхова. В обители было три храма: каменный Всехсвятский, деревянные в честь иконы «Живоносный Источник» и Ризоположенский. Два раза в год (в неделю Всех Святых и в день празднования иконы Богоматери «Троеручицы») свершались крестные ходы.
В 1879 году образована женская община в селе Посошки возле Кром. При ней имелось два храма: во имя Казанской иконы Божией Матери и в честь Иоанна Предтечи.
В 1884 году, на средства помещицы Марии Охотниковой, основывается женская обитель Марии Магдалины в селе Никольском Ливенского уезда. Она располагалась на ровном открытом участке на северной окраине села. В начале XX в. монастырь представлял из себя развитый архитектурный ансамбль, главной доминантой которого являлся массивный Марии-Магдалининский собор, построенный в 1884-1886 годы. С 1887 г. при обители существовало училище для девочек.
Источники отмечают появление в этот период чудотворных икон. В 1858 году в Орле прославился своими чудесами список с чудотворной иконы Божьей Матери Балыкинской, ставший главной святыней Введенско-Христорождественского женского монастыря в Орле. Почитался образ Богородицы Троеручицы, хранившийся в Богородично-Всехсвятском монастыре г. Болхова.
Обновляются старые и возникают новые места почитания. Так, наряду с существовавшим Святым колодцем близ деревни Фроловка, почитается и еще один - другой «явленный» колодец.
Во второй половине XIX в. Орловско-Севская епархия стала местом деятельности многих подвижников и святых. Большим уважением среди верующих пользовался епископ Поликарп. Он был известен смирением и благотворительностью. В частности, по его инициативе в 1862 году был учрежден приют для сирот духовного звания на 40 девочек при кладбищенской Крестительской церкви. В 1867 году Орловский духовный приют был переведен в новый трехэтажный корпус, устроенный для него на месте бывшего Введенского девичьего монастыря. Позже, преосвященнейшим Макарием, епископом Орловским и Севским, этот приют был преобразован в Женское епархиальное училище. Благодаря стараниям епископа Поликарпа в 1865 году, наряду со светскими периодическими изданиями (такими, как «Орловские Губернские Ведомости» и «Орловский Справочный Листок» при военной гимназии), в городе Орле при Духовной семинарии стали издаваться «Орловские Епархиальные Ведомости».
Признание стяжал своей ученостью и подвижнической жизнью архимандрит Болховского Троицкого Оптина монастыря Макарий (Глухарев). Согласно отдельным источникам, по земле Орловщины ступала нога святого Серафима Саровского.
В конце XIX в. появляется несколько церковно-просветительских научных обществ и братств. Во Мценске учреждается Братство в память священномученика Кукши. В 1872 году вновь назначенный благочинный церквей города Мценска Илья Стефанович Попов обратил внимание на каменную церковь Богоявления Господня, располагавшуюся на кладбище неподалеку от Стрелецкой слободы и вмещавшую 50-60 человек, а с пристроенной в позднейшие времена трапезной до 75 человек. По мере увеличения города церковь осталась без прихода и причта, и, лишенная средств, пришла в упадок, а колокольня покосилась и угрожала падением. Попов решил возвратить церковь к жизни путем создания «Братства священномученика Кукши», оно было учреждено 28 февраля 1876 года. Его первым председателем стал военный врач Николай Васильевич Уточкин. В соответствии с уставом Братства, в числе его целей назывались «возобновление и поддержание в первобытном устройстве и надлежащем благолепии разрушающегося храма Богоявления Господня», забота о возобновлении и поддержании других ветхих храмов. По мере накопления средств, Братство рассчитывало создать богадельню для бедных и открыть школу по программе сельских школ, с присоединением ремесленного образования. Предполагалось оказывать помощь тем беднякам, которые не решались открыто просить пособие. В 1876 году был освящен правый придел Богоявленского храма и назначен причт. Устраивается новый каменный трапезный храм и возводится колокольня. Левый придел получает наименование святого Кукши.
В 1894 году в Святейший Синод отправляется депутация с просьбой о перенесении мощей священномученика в Братскую Богоявленскую церковь. Несмотря на отказ, амчане, при содействии Орловского и Севского епископа Мисаила, обратились непосредственно к митрополиту Киевскому Иоанникию, и тот дал согласие на перенос части мощей во Мценск. В Киево-Печерской лавре заказывается икона из кипарисного дерева с изображением святого Кукши в полном облачении. В его правой руке находился покрытый слюдой ковчежец с мощами. Из Мценска за иконой отправился председатель Совета Братства архимандрит Иоасаф с небольшим сопровождением.
25 августа 1895 года, около 8 часов утра, скорым поездом икона была доставлена в Орел. Там ее торжественно встречали епископ Орловский и Севский, члены Братства Илья Попов и священник Илья Ливанский, вся платформа была занята горожанами. Икона была помещена в Троицкий храм Архиерейского подворья. Впоследствии такая же икона появилась в Болхове. В Киево-Печерской лавре готовили и вторую икону для Орла, на этот раз она должна была украсить Петропавловский Кафедральный собор.
2 марта 1887 года при кафедральном Петропавловском соборе было учреждено Орловское Православное Петропавловское братство. С 1899 года стал действовать Орловский отдел Православного Императорского Палестинского Общества.
В последней четверти XIX в. в епархии насчитывалось 998 церквей. В архитектуре этого периода происходит отход от классицизма. Большое число построек этого времени относится к византийскому или русскому стилям.
Три из них выстроены как крестовокупольные — в Жердеве, Никольском, Смоленская церковь в Орле, освященная в 1895 году. Аналогичным памятником является и церковь Иверской иконы Божией Матери в Орле. Храм был заложен недалеко от железнодорожного вокзала в октябре 1899 года в память коронования императора Николая II. Главный престол освящен 13 октября 1902 года.
В конце XIX века в духовной жизни России отчетливо выделяются тенденции, направленные на защиту традиционных ценностей, и, в первую очередь, Православия и культуры. Это связано, прежде всего, с проведением реформ, давших народу ряд ограниченных прав и обязанностей, в том числе в области образования, самоуправления, защиты в суде, смены рода занятий, свободы передвижения. Государство проявляло большую заинтересованность в подлинной церковности подданных Российской Империи. Среди народа начинает распространяться катехизаторская литература, печатается на русском языке Библия, в часть которой вошел перевод архимандрита Макария (Глухарева); создаются проповеди, доступные для простых людей, содержание их приближается к злобе дня, происходит их политизация, расширяется издание учительной литературы и церковных журналов. Особое внимание обращается на организацию приходских общин и миссионерскую деятельность, растет число православных церковных братств, развивается сеть церковноприходских и воскресных школ. Предполагалось, что церковноприходские школы будут «утверждать в народе православное учение веры, христианской нравственности и первоначальные полезные знания». Число церковно-приходских школ быстро росло: если в 1884 году их было более 4000, то в 1903-м насчитывались 44421 школа с 1909700 учениками обоего пола.
К концу XIX века особого расцвета достигает академическое образование. По мнению протоиерея А. Шмемана, «научный уровень и научная свобода профессоров русских духовных академий <...> ни в чем не уступали уровню западноевропейских и русских светских ученых, а очень часто и превосходили его». Всё это способствовало духовному расцвету Орловской епархии в начале XX века.
За период возникновения до начала ХХ века Орловской епархией управляли 14 архиереев, по всей Орловской области было построено 988 церквей, из них 42 — в самом городе Орле: кафедральный собор, 15 приходских, 5 кладбищенских, 12 домовых, 5 в Архиерейском доме, 4 в женском монастыре.
Возрос общественный интерес к отечественной истории, наметился поворот философской мысли к Православию — все это способствовало возникновению церковно-археологических комитетов.
28 сентября 1900 года Орловский церковно-археологический комитет (ОЦАК) был учрежден по типовому уставу под председательством И. Е. Евсеева, инспектора семинарии.
В 1901 году комитет обратился с просьбой о перемещении мощей священномученика Кукши в Орел. 27 августа 1905 года комитет был преобразован в связи с расширением состава и рода деятельности в Орловское церковное историко-археологическое общество (ОЦИАО). Возглавил его законоучитель священник Илия Ливанский. Общество избрало своим небесным покровителем святого Кукшу. Резолюцией епископа Кириона от 25 февраля 1905 года было установлено торжественное празднование памяти святого Кукши. Указ Святейшего Синода от 13 августа того же года разрешил подобное празднование 27 августа (9 сентября по н.ст.)