Во исполнение декрета у Церкви сразу же было отобрано без малого 6 000 храмов и монастырей. «Как особо ценные памятники» истории или архитектуры, они подлежали переходу «под охрану государства». Были закрыты и все банковские счета религиозных организаций и обществ.
6(19) апреля 1918 г. советская печать оповестила об открытии специальной «ликвидационной» комиссии при наркоме юстиции для проведения в жизнь Декрета от 20 января для упорядочения деятельности местных властей в этой сфере.
И, наконец, постановление наркома юстиции о порядке проведения в жизнь декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви от 30 августа 1918 г.
В январе 1918 года Орловский епископ Макарий был отправлен на покой в Спасо-Преображенский (по другим данным, Свято-Предтеченский или Свято- Духовский) монастырь города Вязьмы Смоленской губернии. Однако вскоре владыка был арестован, а 4 сентября 1918 года чрезвычайная следственная комиссия по борьбе с контрреволюцией вынесла постановление о расстреле епископа. Архипастырь был казнён в числе 14 мучеников в пустынном месте. По рассказам очевидцев, в своей последней молитве он просил Бога простить убийцам их грех. Память его отмечается 22 августа. В настоящее время он реабилитирован.
В ответ на борьбу с религией и преследования православных священнослужителей в атмосфере полного произвола, 19 января 1918 года Патриарх Тихон выступил с посланием, в котором призвал всех православных встать на защиту Церкви, а тех, кто участвовал в беззакониях, жестокостях, расправах, грабеже церковного имущества, отлучил от Таинств и предал анафеме. Как отмечается в руководстве для действия Преосвященному Серафиму, епископу Орловскому и Севскому, от 15 (2) марта 1918 года, отлучение могло накладываться как на отдельных лиц, так и на целые общества и селения. В случаях нападения грабителей и захватчиков на церковное достояние, писал Патриарх Тихон, «следует призывать православный народ на защиту Церкви, ударяя в набат, рассылая гонцов и т. п.». Для защиты святынь предполагалось при всех церквях создать из прихожан и богомольцев союзы (коллективы). В крайних случаях эти союзы могли заявлять себя собственниками имущества. Кроме того, документ призывал «всеми мерами оберегать от поругания и расхищения» священные сосуды и другие принадлежности богослужения во избежание попадания их в руки неправославных или иноверцев.
В знак протеста против гонений на Церковь, 21 января в Петрограде и 28 января в Москве верующие провели Крестные ходы. По их примеру и в городе Орле был тоже устроен Крестный ход. Невзирая на холодную погоду и на то, что город в ночь на 2 февраля в Орле было объявлено военное положение, в Крестном ходе участвовало около 20 тысяч человек. Несмотря на выступления православных людей, защищавщих свои права, отношение правительства к религии не изменилось.
2 февраля, вероятно, в отместку за Крестный ход, солдаты под командой матроса ворвались в Орловское епархиальное училище и произвели обыск, который сопровождался неприличной бранью. При этом матрос сильно избил инспектора училища священника И. Д. Соколова и защищавшую его жену.
Разграблению подвергались монастыри Орловского края, имущество которых растаскивалось населением окрестных деревень.
С согласия властей 9 февраля в городе Орле был захвачен епархиальный свечной завод. 6 июля 1918 года в Орле чекисты произвели обыск в Архиерейском доме и арестовали епископа Елецкого Амвросия. В тот же день под угрозой расстрела было разогнано епархиальное собрание, а епископ Серафим и двое церковнослужителей были подвергнуты аресту.
В том же 1918 году, после принятия совнаркомом постановления о закрытии всех духовных школ страны, было закрыто епархиальное женское училище, а в его здании образована 8-я советская школа.
По приказу властей 1 сентября батальон караульной службы реквизировал здание Духовной Консистории и выбросил на улицу находившийся там архив, имевший большую историческую ценность. Бесценные документы погибли. Это ещё раз подтвердило мысль о. Сергия (Булгакова): «В России не было и нет культуры вне религии, и с разрушением её остается варварство».
Репрессии против духовенства и погромы не ослабли и после того, как Патриарх Тихон 8 октября 1919 года опубликовал послание «О прекращении духовенством борьбы с большевиками». В Орле также состоялся епархиальный совет, на котором были приняты решения, соответствовавшие посланию Патриарха. Всего, по неполным данным, к 1922 году в Советской России было закрыто 600 монастырей, замучено более 10 тысяч священников и мирян. Но самые тяжелые последствия были ещё впереди.
В условиях гражданской войны в 1921 году страну поразил небывалый голод, особенно в Поволжье. Русская Православная Церковь сразу же откликнулась на народное бедствие. В августе 1921 года Патриарх Тихон основал Всероссийский церковный комитет помощи голодающим. Православное движение помощи голодающим набирало силу, что совершенно не входило в политические планы руководства партии большевиков. Его решением Всероссийский комитет был закрыт, собранные им средства реквизированы. Развернулась подготовка к кампании по массовому изъятию церковных ценностей. Собиравшиеся в течение тысячелетия церковные реликвии были изъяты и отправлены в государственные подвалы. Многие предметы церковной утвари, иконы, имевшие большую художественную ценность, были расхищены и безвозвратно утеряны. Официально изъятие ценностей в губернии продолжалось до 1 июля 1922 года. Только в Орле с 1 мая по 1 июля из церквей было изъято: более 169 пудов 22 фунтов серебра, 2 фунта 3 золотника 50 долей золота, 18 фунтов меди, 25 фунтов 93 золотника 40 долей — жемчужного шитья, 147 алмазов и т. д. По Орловскому уезду было собрано более 20 пудов серебра и 4 фунтов золота, по Ливенскому уезду - более 77 пудов серебра, по Мценскому уезду из 12 церквей изъято более 4 пудов серебра, по Кромскому уезду из 10 церквей - более 16 пудов серебра, из 23 церквей в Болхове и из 57 в уезде — более 153 пудов серебра, в Дмитровском уезде - более 223 пудов серебра.
Всего по губернии из православных храмов и монастырей было изъято 688 пудов 15 фунтов 9 золотников 61 доля серебра, 7 фунтов 10 золотников 66 долей золота и 15 пудов 32 фунта 75 золотников меди и большое количество камней. На всю эту операцию власти израсходовали более 90 тыс. рублей.
Советские власти закрывали церкви и монастыри. С 1917 по 1923 год в губернии было закрыто 26 православных храмов, из них 17 - в Орле. Храмы переоборудовались под культурно-хозяйственные нужды. Например, Введенскую церковь отдали под клуб «Кожтреста», церковь бывшей «малой семинарии» — под клуб 5-ой больницы, Иверскую — под железнодорожную школу, Петропавловский собор передан Окрархивбюро, Михаило-Архангельскую, ее летнюю половину, — музею религиозных искусств и т. д.
К марту 1923 года православное духовенство Орла и губернии почти целиком присоединяется к группе обновления. При поддержке ГПУ и местных властей 12 марта было переизбрано Епархиальное управление, в результате чего в Орловской губернии Церковь окончательно раскололась на два течения — обновленцев и тихоновцев. Представители первого течения стремились продемонстрировать новой власти свою лояльность. В ведении обновленцев г. Орла имелось 9 церквей, во главе обновленческого движения встал епископ Александр и уездные викарные епископы Успенский и Турбин. Совсем иначе вело себя второе течение. Будучи в меньшинстве, сторонники Патриарха Тихона продолжали активную пропаганду против обновленцев, которые начали терпеть поражение, и к осени 1923 года в значительном количестве начали возвращаться в Патриаршую Церковь. Из 718 храмов Орловской губернии к 1927 году только 61 принадлежал к течению обновленцев. 799 священников и 108 диаконов также принадлежали к обновленческой церкви.
Неудачные попытки раскола Православной Церкви и ее быстрой ликвидации способствовали усилению репрессивной политики властей. В феврале 1923 года, согласно секретному указанию В. И. Ленина, беспощадному преследованию ОГПУ должны были подвергнуться все злейшие враги народа, в том числе «епископы, священники православной и католической церкви, раввины, дьяконы, монахи, хормейстеры, церковные старосты и т.д.»
В бюллетене НКВД № 26 (245) от 1 октября 1927 года был опубликован циркуляр № 351 от 19 сентября 1927 года «О порядке закрытия молитвенных зданий и ликвидации культового имущества». Это указание заметно активизировало работу местных органов по закрытию церковных зданий. Для этого выдвигались разного рода причины, такие как «отсутствие служителей культа, отсутствие своевременного ремонта», а также «по постановлениям общих собраний граждан» и т. п.
Уже 9 апреля 1928 года в Орле закрывается Богоявленская церковь. 13 июля было решено разобрать колокольню Смоленской церкви и расторгнуть договор с Воскресенской церковью. Первого ноября президиум губисполкома и окрисполкома передал окрмузею часовню Георгиевской церкви, 4 ноября была отобрана часовня Михаило-Архангельской церкви и принята на учет в Госфонд церковь бывшего духовного училища. 15 октября 1928 года передали на учет в Госфонд бывший Кафедральный Петропавловский собор.
В 1928 году в Орле действовало 19 православных храмов. В результате постановления Президиума ВЦИК от 20 мая 1929 года закрыли Крестовоздвиженскую церковь и передали ее под клуб завода им. Медведева. Для использования в качестве столовой этого же завода была передана бывшая военная Покровская церковь. В Преображенском храме устроили антирелигиозный музей, в Борисоглебском — производственные мастерские педтехникума, а 25 мая 1929 года под клуб военных лагерей передали деревянную Лутовскую церковь.