Первым Орловско-Брянским епископом стал архиепископ Фотий (Тапиро Борис Александрович), из епископов григорианского раскола после принесенного покаяния в звании монаха присоединенный к Московской Патриархии в июле 1943 года.
Он стал одним из самых заметных церковных лидеров своего времени. Владыке поручались церковные миссии в Австрии и Чехословакии (для воссоединения Русских церквей с Патриархией в октябре 1945 года), во Франции (в качестве представителя Патриархии при Западно-Европейском экзархате в августе-октябре 1946 года; для ознакомления с состоянием Западно-Европейского экзархата в июне-июле 1948 года). Во время своего первого пребывания во Франции в качестве представителя Патриархии архиепископ Фотий присутствовал на похоронах митрополита Евлогия (Георгиевского) — лидера так называемой Евлогиевской Церкви (популярной среди русских эмигрантов во Франции).
В этот период, когда возникала необходимость как-то реагировать на приглашения к участию в международных церковных встречах, среди иерархов РПЦ выездными были фактически только митрополит Николай (Ярушевич) и архиепископ Орловский Фотий. В 1949 году он, будучи уже архиепископом Виленским и Литовским, занимает пост экзарха Западной Европы (вместо отстраненного митрополита Серафима).
Архиепископа Фотия сменил Владыка Антоний (Марценко), в прошлом эмигрантский священник польского происхождения, хиротонисанный в 1923 году в викарные епископы Люблина и утвержденный в должности Константинопольским Патриархом Мелетием IV. После покаяния в 1946 он был принят в общение Московским Патриархом и получил Орловскую кафедру.
В 1946 году Совету по делам РПЦ при Совете Министров СССР было разрешено представлять к наградам архиереев и священников, которые особо отличились в проведении церковно-патриотической работы в период войны. Так, в 1947 году священники Николай Антонович Лыков, Иван Тимофеевич Кузнецов из села Клейменово Орловского района и Терентий Петрович Печкарев из села Архарово Малоархангельского района были награждены медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941 — 1945 г.г.»
С 1948 года политика в отношении к РПЦ вновь ужесточается. Уполномоченные получили право не регистрировать духовенство, имевшее судимость по 58 статье (в соответствии с распоряженим Совета от 23 ноября 1948 года № 1090с). В 1948 году из 39 священников и 11 диаконов, служивших в церквях области, 16 человек имели судимость по 58 статье, а ещё 16 человек хотя и не были судимы, но считались неблагонадежными, поскольку возвратились на церковную службу во время оккупации.
Печальная участь постигла священников И.Г.Пятина из села Добрынь Кромского района, С.П.Вельмар-Долгорукова из Орла, псаломщика Бунина из Мценска, а также монахиню, имя которой осталось неизвестным, работавшую церковным сторожем в Ливнах. В 1949 году они были арестованы и осуждены за антисоветскую деятельность.
В борьбе с инакомыслием в послевоенные годы широко стали использовать психолечебницы. Так, в конце 40-х годов этой акции неоднократно подвергался юродивый Афанасий Андреевич Сайко, которого верующие области почитали как святого человека. Впоследствии он был освобожден, реабилитирован и переехал в Брянскую область, где и скончался в середине 1960-х годов. Афанасий Андреевич Сайко похоронен на Крестительском кладбище Орла.
Для того, чтобы ограничить влияние Церкви и устрашить духовенство, уполномоченные Совета по делам РЦП практиковали снятие священников с регистрации, что означало лишение их средств к жизни. Так, в июле 1950 года был снят с регистрации настоятель Воскресенской (Афанасьевской) церкви Орла Козьмодемьянский за совершение всенощной под открытым небом. В результате он не смог устроиться на служение ни в Тульской, ни в Курской епархии.
МГБ бдительно следило за популярностью того или иного священнослужителя среди прихожан. Как только авторитет священника возрастал, по предложению МГБ его тут же переводили в другой приход.
После смерти Сталина надежды на улучшение положения Церкви не оправдались. Влияние «оттепели» оказалось лишь кратковременным явлением.
В этот период на Орловскую кафедру назначается епископ Иероним, поменявшийся по определению Священного Синода от 31 мая 1956 года своей Куйбышевской кафедрой с Орловским епископом Митрофаном (Гутовским), занимавшим Орловскую кафедру несколько месяцев 1956 года.
Начиная с 1958 года, под предводительством Н. С. Хрущева, развернулось генеральное наступление на религию. Происходило массовое закрытие действующих православных храмов, молитвенных домов, мечетей, зачастую сопровождавшееся их разрушением. В ходе этой «военной» кампании только в Орловской области с 1960 по 1969 годы количество действующих церквей сократилось с 23 до 15, недействующие же постепенно уничтожались.
С середины 50-х годов развернулась борьба с паломничеством к святым местам и колодцам, которых, по нашим подсчетам, насчитывалось более 10. Несмотря на сопротивление верующих, властям удалось некоторые из них засыпать землей или забетонировать. Но борьба с переменным успехом продолжалась ещё долго — пока вновь не было разрешено их посещение. Апогеем хрущевского наступления на Церковь было вынужденное постановление Священного Синода и Архиерейского Собора 1961 г. о перестройке управления РПЦ, фактически отстранившее священнослужителей от экономической и хозяйственной деятельности православных приходов, превратившее их в простых наемных работников, исполнявших религиозные обряды. Это вызвало справедливое возмущение верующих как внутри страны, так и за рубежом. Среди духовенства и верующих распространялись анонимные письма и послания, в которых от имени «Комитета восстановления прав Церкви и борьбы за ее каноническую чистоту, правовое положение и устройство в Советском Союзе» разоблачалась антицерковная политика властей и осуждалось посягательство на права Церкви и верующих. В ответ на эти протесты власти обратились к политике репрессий, начались аресты за нарушения законодательства о религиозных культах. По всей стране организовывались показательные судебные процессы.
К середине 60-х годов на территории Орловской области вопросы государственно-религиозных отношений находились в ведении двух, а с 1966 г. — одного уполномоченного Совета по делам религий при Совете Министров СССР по Орловской области.
С 12 января 1962 года Орловской епархией управляет митрополит Антоний (Кротевич Борис Николаевич, 1889 — 1973). Как и многие церковные деятели той поры, в прошлом он также не избежал репрессий. В 1937 году, будучи благочинным Ухтомского и Раменского районов Московской области и настоятелем церкви в г. Перово, он арестовывается и по стандартному обвинению в контрреволюционной пропаганде приговаривается к пяти годам лагерей. Выйти на свободу ему удается лишь в 1942 году.
28 мая 1963 года Синод увольняет на покой владыку Антония по его прошению.25 мая 1963 года на Орловскую кафедру назначается архиепископ Палладий (Шерстенников Павел Александрович). С 1940 по 1947 год он находился в заключении, будучи архиепископом Калининским.
8 мая 1965 года в Орле на 2 года незаконно осудили сотрудников Епархиального управления — Павла Николаевича Самчука (в 1988-2008 — архиепископа Орловского и Ливенского Паисия) и Николая Сергеевича Сапсая (в 1994 — 1997 годах — епископа Петропавловского и Камчатского Нестора). Однако 23 декабря 1965 года решением Верховного суда РСФСР приговор был отменен, и невиновных освободили.
28 сентября 1966 года, участвуя в торжествах по случаю 400-летия Орла, архиепископ Палладий совершил литургию и рукоположил Н.С.Сапсая во иерея.
В апреле 1968 г. Президиум верховного Совета СССР принял Постановление «О сельском, поселковом Совете депутатов трущихся», которым обязал эти органы власти осуществлять контроль за соблюдением законодательства о религиозных культах.
В 1970-е годы многие уполномоченные по делам религий перестали считаться с местными архиереями, беззастенчиво вмешивались в церковную жизнь. Например, уполномоченный Совета по Орловской области С.Щедрин 2 февраля 1971 года без ведома правящего епископа снял с регистрации священника из Мценска П.М.Житко, а митрополита Палладия поставил только лишь в известность. Таким же образом 23 июня 1971 г. был снят с регистрации священник П.С.Сапач из села Лепешкино Орловского района. В марте 1971 года в соответствии с решением Ливенского горсовета была взорвана православная церковь в с. Беломестном. Произвол властей в отношении Церкви способствовал тому, что, почувствовав безнаказанность, в Пасхальную ночь с 8 на 9 апреля 1972 г. на территорию Никитского кафедрального собора Орла прибыли более сорока комсомольцев Железнодорожного района и перекрыли все входы в церковь, препятствуя верующим входить в храм. Во время совершения Крестного хода, по окнам здания неизвестными было произведено 2 выстрела.
В эти годы особый размах принимает борьба с «религиозной обрядностью». В 1976 году по распоряжению уполномоченного Совета по Орловской области А. А. Дарусенкова были составлены списки из 4 000 человек, крестивших своих детей, и переданы в райкомы КПСС и райисполкомы для принятия партийных и административных мер воздействия. Такие секретные списки составлялись вплоть до 1984 года. Кроме того, практиковался межобластной и межреспубликанский обмен списками крещеных детей. Орловская область считалась неблагополучной в вопросах религии. В результате проведенного среди сельского населения социсследования было установлено, что от 23% до 30% опрошенных жителей считали себя верующими. В сельской местности верующих, как правило, было больше, чем в городах. В городах верующих было больше среди тех, кто недавно пришел из села и среди проживающих на окраине города — людей, живших в условиях, схожих с сельскими, имевших подсобное хозяйство. Среди верующих в 1971 году преобладали люди пожилого возраста, пенсионеры, женщины с низким образованием или неграмотные.
Количество церквей в области за период 1961-1971 г.г. сократилось с 21 до 15 (из них одна — в селе Архарово Малоархангельского р-на - хотя и была зарегистрирована, но бездействовала из-за отсутствия священника).