В 1778 -1779 годах была учреждена Орловская губерния, территория которой значительно превосходила нынешнюю Орловскую область — она включала в себя часть современных Брянской и Липецкой областей.
В это же время встал вопрос и о создании самостоятельной епархии. Однако в первое время Орловская губерния распадалась в церковном отношении между тремя епархиями — Севской, Воронежской и Крутицкой.
6 мая 1788 году последовал именной императорский указ Екатерины II о разделении епархий Российской Церкви в соответствии с новым территориальным делением. На этом основании Святейший Синод, указом от 17 мая того же года, открыл самостоятельную епархию, на базе существовавшего Севско-Брянского викариатства, и передал в ее состав все монастыри и церкви, которые были в пределах Орловского наместничества.
Владыки именовались Орловскими и Севскими: Орловскими — по главному городу губернии, а Севскими — из уважения к бывшей кафедре севских архиереев. Местопребывание архипастырям велено было иметь «впредь до особого распоряжения в Севском Спасском монастыре (Указ Святейшего Синода от 17 мая 1788 года), где находились все необходимые помещения для Архиерейского дома, существовали Семинария и Консистория, которые переносить в Орел по недостатку средств было невозможно». Таким образом, до 1819 года, Орловские архиереи имели постоянное местопребывание в городе Севске.
Первым Орловско-Севским епископом стал Преосвященный Аполлос, а его преемником — Досифей (сыгравший роль неумолимого гонителя в судьбе нашего земляка — известного потом митрополита Киевского и Галицкого Филарета).
Севская духовная семинария была переименована в Орловскую, но по-прежнему оставалась в городе Севске.
Первоначально в пределах новообразованной Орловской епархии насчитывалось 824 церкви: 560 церквей были отчислены из Севской епархии, 196 — из Воронежской и 68 — из Крутицкой. С учреждением в Орле губернии и епархии почти все древние церкви были перестроены и заменены новыми, более обширными.
15 апреля 1797 года, когда совершалось коронование императора Павла I, преосвященный Аполлос заложил в городе Орле собор во имя Павла исповедника, патриарха Цареградского.
Церемония совершалась в присутствии всех чинов и орловского дворянства, на средства которого и была предпринята постройка. Павловский собор был окончен лишь к 1841 году и 6 декабря освящен Преосвященным Евлампием. Впоследствии он был переименован в Петропавловский. Не прошло и 10 лет, как в нем обнаружились трещины, и он был запечатан Преосвященным Смарагдом. После починки в храме стало совершаться соборное богослужение летом, а в Борисоглебском храме — зимой.
В архитектуре храмов, возводимых в 1800-1810-е годы, наметился переход от форм раннего классицизма к зрелому. От этого периода сохранилось несколько церквей, имеющих традиционные объемные композиции. Четверик, перекрытый сомкнутым сводом, представлен храмами в Ямском и Шумове, церковью Кирилла и Афанасия в Болхове. Все они выдержаны в переходном стиле. Место четвериков с сомкнутыми сводами занимают купольные постройки с низкими барабанами; путь к этому идет через храмы в селах Моховое и Бредихино. От начала XIX в. сохранились два подобных памятника-храма: в Спасском-Лутовинове — во имя Преображения Господня (был построен в 1808-1809 годы помещиком Иваном Ивановичем Лутовиновым — двоюродным дедом писателя И. С. Тургенева) и в Глазунове. Обе церкви — усадебные, что во многом объясняет их небольшие размеры и своеобразную павильонность.
Одна из лучших построек зрелого классицизма в Орловской области — Успенская церковь (Михаило-Архангельский храм), возведенная в 1817 году в центре Орла на правом низком берегу реки Орлик, в бывшей Посадской слободе. Обширное строительство началось и в монастырях. В конце XVIII — начале XIX вв. совершенно изменился облик Мценской Петропавловской обители. Были возведены огромная колокольня (1807), кирпичная Знаменская церковь над Святыми воротами (1813-1821), обновлены или перестроены почти все постройки монастыря, переложена монастырская ограда. Подвергся переделкам и древний Покровский собор.
В 1800 году умеренные орловские старообрядцы изъявили согласие присоединиться к православной церкви на правах единоверия. В том же году им было разрешено построить каменную единоверческую часовню. Возле неё находилась ещё дубовая часовня, в которой собирались не желавшие присоединиться к единоверию.
В 1815 году был установлен второй по времени поместный крестный ход в честь победы в Отечественной войне 1812 года. Он проходил 20 июля в Ильин день из всех городских церквей в Ильинскую (Николо-Песковскую) церковь.
Значительные изменения в епархиальной жизни произошли при кратковременном служении преемника Досифея — епископа Ионы. В 1803 году вновь был поднят вопрос о перенесении архиерейской кафедры из Севска в Орел. Указом Святейшего Синода от 17 декабря 1803 года предписывалось Преосвященному Досифею «о учиненном Святейшим Синодом предположении касательно пребывания Архиерейских домов: Курского в Беле-Городе, Орловского в Севске препоручить гражданским Губернаторам, по сношению с Архиереями сих епархий, избрав в тех городах пристойные местоположения и нужные выгоды, сделать для водворения их в губернские города планы строениям и с сметами о сумме, на то потребной, не оставя без внимания и того, какое употребление можно сделать для пользы общей из остаточного строения нынешних Архиерейских домов, назначенных к переведению».
Орловский губернатор Яковлев отношением от 21 марта 1804 г. требовал от Преосвященного Досифея уведомления о том, «каким образом он располагает Высочайшую волю привести с своей стороны в исполнение осмотром местоположений и выгод для пребывания Его Преосвященства, также и для помещения Семинарии и Консистории удобных».
Но епископ Досифей медлил и тянул с ответом. Он предпочитал оставаться в Севском архиерейском доме, где у него, кроме различных жизненных удобств, был ещё и свой конный завод. Однако, во время посещения Орла Преосвященным, губернатор представил ему вторичное отношение, от 27 мая, интересуясь мнением епископа Досифея на тот счет, что «при городе Орле, кроме выгонной онаго земли, других казенных земель не состоит, также нет и оброчных казенных статей, мельницы и рыбной ловли в себе заключающих».
Между тем, ректор Севской семинарии архимандрит Филарет (Дроздов), впоследствии митрополит Московский, настаивал перед Преосвященным на перемещении семинарии в Орел, имея в виду, прежде всего, нездоровый климат города Севска, окруженного низинами и болотами. Однако «Преосвященный Досифей <…> сжился с Севском, где имел большое и короткое знакомство с тамошним обществом и в особенности с некоторыми домами, — вспоминал впоследствии прот. П. И. Турчанинов, известный церковный композитор. — Желание свое и самую надежду остаться по-прежнему в Севске он основывал на отношениях тогдашнего митрополита С.-Петербургского как к нему лично, так и к самому городу Севску. Последний и сам жил в Севске, бывши прежде епископом в ту именно пору, когда Преосвященный Досифей был ректором в Севской Семинарии. На этом основании Преосвященный Досифей писал Митрополиту Амвросию о своем нежелании расстаться со своей резиденцией и получил ответ в таком роде, что он может под какими-нибудь предлогами не спешить с исполнением распоряжения и таким образом проживать по-прежнему в своем месте.
Не зная ничего того, ректор Филарет простер свою ревность до того, что решился написать по этому делу письмо к С.-Петербургскому митрополиту Амвросию <…> который препроводил это письмо к Преосвященному Досифею <…> Как только получил Преосвященный Досифей возвращенное ему письмо, то так распалился гневом на Филарета, что велел просто-напросто схватить его и запереть в одну из башен архиерейского монастыря; но доброжелатели тайно высвободили его от такого заключения, тем более, что опасались, как бы Досифей не решился выполнить все угрозы, высказанные им в пылу первого гнева, именно — в роде расплаты батогами».
Преосвященный Досифей воспользовался советом митрополита Амвросия. Лишь 19 сентября 1804 года он ответил губернатору, что «к сделанию планов и фасадов для помещения Архиерейского дома, Семинарии и Консистории от него, Преосвященного, к губернскому архитектору замечание дано».
Почти через два года, 19 марта 1806 года, Орловский губернатор известил Преосвященного Досифея, что «планы и сметы на построение в Орле архиерейского дома, Консистории и Семинарии к нему представлены с удостоверением от архитектора, что планы сии были уже Его Преосвященством рассматриваемы и одобрены, и что теперь предлежит необходимость назначить для строений место, снять на план и по пространству сделать место на ограду вокруг строений, и что места нельзя нигде больше назначить, как на городской выгонной земле», о чем и просил от епископа Досифея согласия.