Окрім Київської колегії, Петро Могила відкрив у 1634 році ще одну — Вінницьку, а у 1636 році — Кременецьку.
Слід зазначити, що становище православ’я в Україні у першій половині XVII ст. було надзвичайно складним. Утиски й гоніння на православних стали звичним явищем. Їх усували з різних посад, забороняли відправляти богослужіння, церковні треби та святі таїнства. Православні храми закривалися або ж навіть руйнувалися.
Та після сорокарічного гніту православні врешті здобули право сповідувати свою віру, відправляти служби, обирати пастирів. Обставини цього часу вимагали, щоб православну Церкву очолив ієрарх енергійний, розсудливий, обдарований, який би своїм авторитетом зміг захистити її в непростий період випробувань.
Звісно, кандидатура Петра Могили була найдостойнішою.
У квітні 1633 року він розсилає православному населенню грамоти, запрошуючи чільних представників громад прибути до Львова на його висвяту в чин митрополита. Місто це було обрано не випадково, адже тут його добре знали і поважали.
Після двомісячного перебування у Львові Петро Могила наприкінці червня вирушив до Києва.
Вся діяльність Петра Могили після вступу його на митрополичу кафедру була спрямована на відновлення повнокровного життя православної Церкви. Новий митрополит висунув перед пастирями суворі, але справедливі вимоги. Стосувалися вони передовсім обов’язкової загальної і богословської освіти, ретельного дотримання канонічних правил. У своїх грамотах і посланнях ревний святитель і подвижник православ’я щораз концентрував увагу священнослужителів на необхідність своїм життям і діяльністю служити прикладом для мирян, виконуючи заповіді Божі, невтомно піклуватися про паству, сумлінно оберігаючи своє достоїнство від найменших проступків.
Для православної Церкви та всього православного народу були вкрай необхідні богослужбові й повчальні книги. На церковному соборі 1642 року в Яссах, у присутності представників Українсько-Білоруської, Грецької та Молдавської Церков, було розглянуто, виправлено і схвалено подане українськими богословами ”Православне сповідування віри”.
До Петра Могили наша Церква ще не мала такого Требника за багатством та цінністю змісту.
Ще була у святителя одна заповітна мрія — видати повне зібрання житій святих, вшановуваних православною Церквою. Згодом це завдання виконав вихованець колегіуму св. Димитрій (Туптало) Ростовський.
Стан православної Церкви за митрополитства Петра значно поліпшився. Софійський кафедральний собор у Києві та приписані до нього храми, Видубицький, Михайлівський, Пустинно-Миколаївський монастирі інші монастирі та храми перейшли у відомство православного митрополита.
Відновлення Софійського собору, яким уніати володіли близько 37 років, розпочалося у 1634 році й тривало впродовж десяти років.
Митрополит Петро наказав розчистити з-під нашарувань землі залишки Десятинної церкви, під руїнами якої було віднайдено мощі святого рівноапостольного великого князя Володимира.
Лише чотирнадцять років судилося митрополитові пробути на Київській кафедрі, але це був час відданого, ревного служіння найвищим ідеалам життя. Напруження і виснажлива праця підірвали сили подвижника. Ледве сягнувши п’ятдесятилітнього віку, він відчув наближення смерті.
За кілька днів до смерті первосвятитель склав духовний заповіт, оголошуючи Києво-Братську колегію першою спадкоємицею свого майна. Їй він заповідав бібліотеку, нерухоме майно, коштовності.
Розділивши решту свого майна поміж собором, Лаврою, бідними церквами та монастирями, архіпастир мирно відійшов до Господа в ніч на 1(14) січня 1647 року, і цього ж року 3(19) березня тіло покійного, згідно з його волею, було перенесено й покладено у Великій церкві Києво-Печерської лаври.
Фігура видного церковного діяча першої половини XVІІ століття, митрополита Київського і Галицького св. Петра Могили користається заслуженою любов’ю в усьому православному світі протягом от уже трьох з половиною століть. З його ім’ям зв’язується поява етапних для слов’янського православ’я Катехізису (”Православного сповідання віри”) (1643, 1649, 1662, 1696), ”Требника” (1646) і ”Служебника” (1629, 1639). Факсимільне перевидання в декількох томах ”Требника”, здійснене нещодавно Києво-Печерською лаврою, призначалося зовсім не для істориків і археографів, а для священиків, що служать, що говорить про щиру нетлінність духовно-письменницької роботи Петра Могили.
Кілька років назад відзначалося 400-річчя з дня його народження, у зв’язку з чим на Україні, де пройшла велика частина його життя і діяльності, було видано кілька цікавих наукових монографій і збірників статей про Могилу, а сам митрополит наприкінці 1996 року був прилічений до лику святих.
Однак діяльність Могили завжди викликала багато питань і неоднозначних тлумачень: з одного боку, він соціально легалізував православ’я на Україні й у Білорусії, з іншого боку — багато хто його нововведення розглядаються як результат догматичного і літургічного впливу католицької церкви і культури. З одного боку, Могила був готовий йти на поступки в області догматів, але, з іншого боку — був непохитний в області збереження православного обряду і розвитку церковної ”інфраструктури” (його зусиллями був перебудований Софійський собор у Києві, багато храмів Києво-Печерської лаври, відновлена Десятинна церква).
Деякі історики православної церкви вбачають позитивний момент у діяльності Могили по ”модернізації” православ’я, співвіднесення його з ”реаліями часу”, його фігура розцінюється як безальтернативна. Однак така альтернатива існувала в особі київського митрополита ІсайІ Копинського, автора богословського трактату ”Лествица духовного по Бозе проживання”. Боротьба за київську мітрополиччю кафедру наприкінці 1630 років між Петром Могилою і Ісайей Копинським була по суті не стільки боротьбою між двома ієрархами-феодалами (а саме так її розцінювали позитивистські, марксистські і ліберально мислячі історики), скільки боротьбою різних тлумачень православ’я, різних релігійних світоглядів і світовідчувань, оскільки Фсайя був орієнтований на цінності святоотечеського богослов’я й на грецьку, а не західноєвропейську вченість. У цій боротьбі переміг Могила: в обмін на містичну витонченість православ’я на Україні знайшло твердий соціальний статус і було легалізовано в межах Речі Посполітої.
Православ’я на Україні в XVІ-XVІІ століттях витримувало сильну експансію з боку єзуїтського контрреформациійного католицизму — українська культура одночасно знаходилася в орбіті візантійсько-православної і римсько-католицької культур. Саме митрополит Петро Могила зафіксував і затвердив ту подвійність українського православ’я, що незабаром, після ”книжкової справи” і приєднання Лівобережної України, перекинулося і на Московську Русь. Типологічно конфлікт між Ісайєю і Могилою схожий на конфлікт між протопопом Авакумом і Сімеоном Полоцьким, між старообрядниками і ніконіанами. Перемога Петра Могили в цій боротьбі в значній мірі визначила і майбутній вигляд українського і загальноросійського православ’я: саме могилянська модель була запозичена Московською Руссю при Олексії Михайловичі й патріарху Никоні, у зв’язку з чим і відбувся розкол.
У сучасній Україні в останні роки відбувається пошук нової універсальної культурно-політичної і релігійної парадигми, тому почасти прозахідна орієнтація Петра Могили імпонує значної частини сучасної української ліберальної інтелігенції, що намагається бачити в ньому зразок ”демократизму”, релігійної толерантності і ледве чи не апостола вестернізму (фігура Могили нерідко використовується як аргумент на користь ”європейського”, прозахідного курсу нинішньої України).
Мітрополіт зробив дещо відокремлене від духу святоотеческого православ’я, із запозиченням західного (католицького) типу релігійного мислення і навіть нововведення у догматичній області (Могила, наприклад, визнавав існування чистилища — неприйнятний для православної свідомості католицький догмат).
З одного боку, Петро Могила і заснована їм Київська колегія, перетворена на початку XVІІІ століття в Києво-Могилянську академію (перший вищий навчальний заклад на східнослов’янських землях!), дозволили соціально легалізувати православ’я, увести його в загальноєвропейський культурний контекст, боротися за нього культурною мовою своїх конфесіональних супротивників (уніатів і католиків), однак, з іншого боку — вели до формалізації духовного життя на Україні й у Білорусії, віддаляли її від народної православної традиції, що Георгій Флоровський у ”Шляхах російського богослов’я” назвав ”псевдоморфозою релігійної свідомості”. В основі богословського дискурса, створеного Могилою, — антимістичні інтуїції, раціоналізм, арістотелізм, так звана ”друга” (контрреформаційна) схоластика. Культура ”Другого южнослав’янського впливу” з характерними мотивами перетворення людської душі, аскетизмом, символічною ускладненістю і спрямованістю до горнему світу після Могили для України і Білорусії виявилася вже малоактуальною.
Показово і порівняння Петра Могили з Никоном, що робить Мейендорф: якщо реформи Могили сприяли зміцненню православ’я і консолідації православного населення в рамках польської держави, те подібні багато в чому реформи Никона, навпаки, привели до розколу й руйни інтенсивності православного духовного життя в Росії.
І все-таки реформи Никона в Росії в значно більшому ступені, чим реформи Могили на Україні, сприяли профанізації вітчизняного православ’я, заміні справжнього духовного горіння безблагодатним моралізмом і зовнішнім благочестям, торжеству релігійності секулярного типу, порушенню ідеальних пропорцій суспільства і влади.