Для того чтобы четко определить компетенцию территориальной прокуратуры, необходимо прежде всего выяснить полномочия военной прокуратуры: она осуществляет надзор за исполнением законов в Вооруженных Силах. В упомянутом приказе Генерального прокурора в числе поднадзорных военной прокуратуре субъектов не выделено само Министерство обороны РФ, хотя по Закону о прокуратуре Российской Федерации оно наряду с другими министерствами ей поднадзорно. Главный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры надзирают за исполнением законов Министерством обороны, его структурными подразделениями (управлениями, отделами, секторами), а также всеми подчиненными ему органами военного управления (командованием округов, гарнизонов, краевыми, областными, городскими, районными военными комиссариатами). Надзор распространяется на воинские части, соединения, различные учреждения, подчиненные Министерству обороны, на всех военнослужащих, граждан, находящихся на воинских сборах, работающих в воинских организациях по трудовому договору, а также на различные воинские формирования, не входящие в состав Министерства обороны: Главное управление охраны, Пограничную службу, Службу внешней разведки, Федеральное агентство правительственной связи и информации, Федеральную служба железнодорожных войск, а равно и на все подчиненные им органы.
Кроме того, воинские подразделения находятся и в подчинении других министерств, ведомств, надзор за соблюдением законности которыми реализует территориальная прокуратура, а за исполнением законов воинскими образованиями — военная. Например, в составе МВД РФ находится Главное командование внутренних войск МВД (Главкомат ВВ МВД РФ). Надзор за исполнением законов самим Министерством внутренних дел и всеми подчиненными ему органами — компетенция территориальной прокуратуры, а надзор за соблюдением законности во внутренних войсках — компетенция военной прокуратуры.
Министерству по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствийподчиняются определенные воинские соединения. Здесь надзорные функции распределяются так же: в отношении военных их выполняет военная прокуратура, а в отношении самого министерства и его органов — территориальная.
От военной прокуратуры обособлены прокуроры войсковых частей. Они подчиняются Второму управлению Генеральной прокуратуры РФ, и деятельность их связана с обеспечением законности в закрытых административно-территориальных образованиях, особо важных и особо режимных объектах. В этих зонах работа выполняется воинскими формированиями, при которых созданы прокурорские органы. Их должностные лица именуются прокурорами войсковых частей и располагают двумя видами полномочий: полномочиями военной и территориальной прокуратур. Как военные прокуроры они надзирают за соблюдением законности в самих воинских частях, органах управления, занятых на строительстве, эксплуатации особо важных и особо режимных объектов. Как территориальные — за исполнением законов органами местного самоуправления, предприятиями, учреждениями, организациями, органами контроля закрытых административно-территориальных образований, особо важными и особо режимными объектами. Само же Второе управление Генеральной прокуратуры осуществляет надзор за исполнением законов федеральными министерствами, ведомствами, представительными и исполнительными органами субъектов РФ в части, касающейся режимных территорий и объектов. Прокуроры же войсковых частей надзирают за соблюдением законности подчиненными им органами, расположенными на их территориях.
В упомянутом приказе Генерального прокурора РФ «О разграничении компетенции территориальных прокуроров и прокуроров специализированных прокуратур» компетенция транспортной прокуратуры определена наиболее полно. В нее входит надзор за исполнением законов учреждениями государственного таможенного комитета, предприятиями, организациями, общественными объединениями, должностными лицами системы Министерства путей сообщения, Министерства транспорта, Федеральной авиационной службы, Федеральных служб морского и речного флотов, Межгосударственного авиационного комитета.
При определении компетенции транспортной прокуратуры имеет значение место совершения правонарушений. Если они совершены на территории транспортных предприятий (на вокзалах, пристанях, платформах, в полосе железных дорог и т. д.), то независимо от категории правонарушителей меры по их выявлению, привлечению виновных лиц к ответственности принимают транспортные прокуроры.
Можно выделить два ограничения полномочий транспортных прокуроров. Первое касается учреждений, предприятий и организаций автомобильного транспорта, осуществляющих междугородные и международные перевозки. За соблюдением ими законов надзирает территориальная прокуратура по месту их нахождения. Второе относится к учреждениям, предприятиям, организациям городского, внутрирайонного транспорта (трамвайно-троллейбусные депо, автотресты, иные объединения), которые поднадзорны прокурорам районов, городов.
Деятельность природоохранной прокуратуры связана с обеспечением строгого и точного исполнения природоохранного законодательства, направленного на создание благоприятной экологической обстановки в стране. Перед государством и обществом возникла сложная задача: предотвратить экологическую катастрофу, сохранить на Земле животный и растительный мир.
С этой целью была образована природоохранная прокуратура, основное назначение которой — проведение последовательной и решительной борьбы с нарушениями законов, направленных на охрану лесов, вод, воздуха, земли и т.д. К компетенции этой прокуратуры относится надзор за исполнением законов прежде всего природоохранными органами государственного управления, различными инспекциями, санитарно-эпидемиологической, ветеринарной службой и т. д. Необходимо активизировать их деятельность по борьбе с нарушениями природоохранного законодательства, усилить надзор за исполнением последнего руководством заводов, фабрик, комбинатов и других предприятий, представляющих повышенную опасность для окружающей природной среды. Перечень таких предприятий определяется прокурором республики, края, области, автономного округа. Например, в акватории Волги данный перечень устанавливается Волжским природоохранным прокурором по согласованию с прокурорами республик, областей.
Последний вид специализированной прокуратуры — прокуратура по надзору за исполнением законов при исполнении уголовных наказаний. Ее органы создаются в местах сосредоточения исправительных учреждений. Практически они не образуют систему и действуют на том же уровне, что и районные прокуроры, подчиняясь соответственно прокурору республики, области, края, на территории которых находятся. Если в том или ином регионе имеется одно исправительно-трудовое учреждение, то надзор за исполнением им законов осуществляет прокурор района, города. Специализированная же прокуратураобеспечивает соблюдение законности в исправительных колониях всех режимов, воспитательных учреждениях, тюрьмах, следственных изоляторах и т.п. Этот надзор касается как администрации мест лишения и ограничения свободы, так и находящихся в них граждан. Прокуроры, с одной стороны, реализуют функцию уголовного преследования (все осужденные должны подвергнуться воспитанию и перевоспитанию в духе добросовестного отношения к труду, соблюдения правил социального общежития), а с другой — выполняют правоохранительную функцию (охрана прав осужденных, неприкосновенность личности граждан, если они содержатся в исправительных учреждениях без законных оснований).
Несмотря на различия в компетенции всех видов прокуратур, существуют места их соприкосновения. Это суды, их три вида: военные, общие, арбитражные. В военных судах могут участвовать только военные прокуроры. В двух остальных — все прокуроры (в зависимости от характера рассматриваемых дел). Территориальные, военные, транспортные, природоохранные прокуроры при исправительных учреждениях могут поддерживать обвинение в районных, областных, краевых судах по уголовным делам, за расследованием которых они надзирают. Им же предоставлено право опротестования незаконных и необоснованных приговоров, определений, постановлений судов, вынесенных по данным уголовным делам.
Все прокуроры при выявлении нарушений законности, устранение которых подведомственно областным, краевым, арбитражным судам, могут обращаться к ним с исками и участвовать в рассмотрении последних. При необходимости они вправе опротестовывать незаконные и необоснованные решения, определения, вынесенные судами по гражданским делам, возбужденным по их инициативе. Территориальные прокуроры кроме того могут участвовать в рассмотрении судами любых уголовных и гражданских дел, а также приносить протесты на незаконные и необоснованные судебные акты в вышестоящие инстанции.