12 век является самым значимым и насыщенным в истории богомильства. Это век социальной и политической борьбы за независимость болгарского народа, окрашенный в религиозные цвета богомильства. В это время появляется один из самых видных деятелей богомильства - Василий. Подобно Иисусу, он распространял своё учение вместе с 12 учениками. Его деятельность являлась серьёзной угрозой для императора Алексея I Комнина, который начал активную антибогомильскую политику. Василий был схвачен и сожжен, его соратники брошены в тюрьму (некоторые помилованы). Однако император понимал социальную проблему, приведшую к распространению богомильства, а именно - непрекращающийся процесс закрепощения крестьянства и нехватка земли. Поэтому он решил сделать из бывших еретиков свободных земледельцев. Наряду с повсеместным крещением, он создал город Неокострон, близ Пловдива. В этом селении каждый получил в наследование дом, участок пахотной земли, виноградник.[4] Но это не привело к решению проблемы. Богомильство пользовалось прежней популярностью. Поскольку в большинстве продолжались насилия и злоупотребления.
Даже более того, в это время богомильство проникает в монастыри, где под влиянием этой ереси, возникают стремления изменить церковные обряды и всю церковную организацию. Причиной распространения богомильства в церковной среде можно считать его аскетическую, сдержанную форму. Очевидно, что между высшими церковными чинами и низшим клиром к этому времени сложился ряд непонимания. Низший клир мало чем отличался от простых людей, именно по этому, им не были чужды социальные проблемы государства. На самом деле реформа местной церкви - была прогрессивной мерой, если бы король пошел на этот шаг. Сближение официальной церкви и богомильской сгладило бы пропасть противоречий между простым народом и царской властью. Слияние этих двух религий привело бы к пониманию обеих сторон положений друг друга. Тем более, что в церковь стали проникать только философские и внешние атрибуты богомильства, догмы оставались нетронутыми. Но король не видел такого варианта развития событий. Будучи ярым противником богомильства, он не мог помыслить о слиянии. С богомилами ведется ожесточенная борьба. Их сжигают в огромном количестве, что говорит об угрозе для власти, которую создали богомилы.
Процесс закрепощения крестьян - не был локальной проблемой. Это была мировая тенденция, поэтому богомильство проникает в другие страны. главным образом в средневековую Сербию, где оно нашло много приверженцев в различных слоях населения, что побудило великого жупана Рашки Стефана Неманя; бывшего вассалом Византии, созвать собор против еретиков. Одновременно богомильство продолжало распространяться в северной Италии и южной Франции, где издавна существовали еретические братства, поддерживавшие тесные связи с балканскими, главным образом болгарскими богомилами
В соборе 1126 года участвовали представители всех общин и братств Малой Азии, Фракии, Македонии, северной Италии и другие. На нем были названы следующие богомильские общины, существовавшие в то время на Балканском полуострове:
1) Романа (ecclesia Romana);
2) Драговичия (ecclesia Dragometia);
3) Мельник (ecclesia Meliniqua);
4) Болгария (ecclesia Bulgaria);
5) Далмация (ecclesiaDalmatia) Первая из этих общин (Романия, как ее называют западные источники), вероятно, находилась во Фракии. Главным центром ее был Пловдив. Dragometiaнаходилась где-то между Солунью и Сером, где некогда жило славянское племя драговичей и где до настоящего времени сохранились названия того же корня (pa.,oorp^ziaz) Что же касается ecclesiaBulgaria, то она также находилась в Македонии и была известна, по терминологии того времени, под названием фема Болгария (сюда не входила область около Солуни и Сера). Центром ecclesiaeMeliniquae был город Мельник. EcclesiaDalma-tia была расположена в северо-западной части Балканского полуострова, где богомильство в то время получило широкое распространение.
Распространение богомильства в этот период относится к правлению царя Колояна. Причиной тому служит объединение севера и юга, где и находились главные очаги богомильского течения. В период правления Колояна отношения богомильства с властью складываются весьма успешно. И хотя мы не имеем точных сведений об отношении царя к этому течению, однако можно с уверенностью предположить, что отношение было равнодушным. В это время государственная церковь не играет главенствующей роли, Колоян пытается привлечь на свою сторону все антивизантийски настроенные группировки и не препятствует еретическим течениям. Всё это дает возможность распространиться богомильству на север страны. Однако отношение с властью меняется с приходом на престол царя Борила. Царствование Борила, отмечено консолидацией сил светских и церковных феодалов Болгарии и усилением эксплуатации широких слоев крестьянства, было крайне благоприятным для возрождения богомильства и для превращения его в мощное движение социального протеста с ясно выраженными антицерковными и антигосударственными тенденциями. Вновь возникли предпосылки, некогда, в эпоху Симеона и Петра, вызвавшие к жизни широкое народное движение.
Ярким свидетельством роста богомильского движения в то время и его влияния на народные массы является "Синодик Борила", составленный по распоряжению царя в 1211 году. Длинный перечень сектантов и их приверженцев, которые были преданы анафеме, свидетельствует о том характере, который носило в этот период богомильство, о степени его революционности и сходства с богомильством времен царя Петра и пресвитера Козьмы. Богомилы перестают выступать против Византии и вновь выступают против болгарской церкви и правительства, возглавляемого царем. Еретики, которые некогда готовы были описывать царствование Симеона и Петра в самых радужных красках и представлять его некиим золотым веком, теперь сходятся на тайные ночные собрания, готовят покушения на царя, пытаются насильственно захватить владения церкви, приобретенные ею в результате дарений. Словом, богомильство, каким его рисует "Синодик Борила", снова выступает в качестве движения социального протеста, направленного против царской власти, против всего привилегированного класса светских и духовных феодалов. Исторические условия, в силу которых богомилы некогда активнее, чем кто-либо другой, выступили против византийской тирании, теперь изменились. Теперь перед богомилами был иной враг, вышедший из среды самих болгар; против этого врага нужно было в первую очередь обратить оружие. Во имя социальной справедливости и равенства болгары вновь должны были выступить против болгар. Богомильское движение, исполненное духа непримиримой борьбы против церкви и государства, не могло, разумеется, оставаться незамеченным в царствование Борила. Новый правитель, незаконно захвативший власть, чувствовал, что смелые проповеди еретиков подрывают устои его власти и что слухи о ночных собраниях, о готовящихся на царя покушениях, о стремлении богомилов захватить имущество церкви и т.п. - это не пустые слухи. Борил прекрасно сознавал, что богомилы, защитники обездоленного народа, - это опасный враг, и поспешил, поэтому принять самые крутые меры, чтобы положить конец их деятельности. С этой целью 11 февраля 1211 года был созван собор в Тырнове. С этого момента вновь начинается ожесточенная борьба между государством и богомильством.
Закат богомильства приходится на 15 век, когда Болгария была захвачена турками, но начался он гораздо ранее. Собственно, царствование Борила - последний этап активного противодействия богомильства власти и церкви. Царствование Борила закончилось внезапно - его сместил законный принц Иван Асений II, захвативший власть в 1217 году. Своей лояльной, миролюбивой политикой он просто устранил основную идею, которая поддерживала Богомильство веками - идею противостояния. Находясь в постоянной борьбе, богомилы держали себя в тонусе, соблюдали те первоначальные принципы, которые собственно и привели к столь большой популярности течения, а именно: аскетизм и недовольство своим положением, желание противостоять угнетению свободы, экономическим и неэкономическим притеснениям, стремление вернуть и сохранить архаичные устои, традиции жизни. Но теперь всё изменилось. Сам объект их столкновения вдруг изменил свою политику. Главная ошибка богомилов заключалась в том, что они не сопротивлялись самому строю, а хотели лишь улучшить своё положение. Как только им позволили активно развиваться, тут же отпала нужда вести борьбу, поскольку появилась возможность улучшать свое положение. От богомильства начинают отделяться отдельные части, которые утрачивают свою революционную активную сторону, и в конце - концов оказываются не в состоянии противостоять экономическим проблемам, не потерявших свою актуальность. Острые социальные противоречия, столь характерные для болгарского средневекового общества, на некоторое время теряют свою актуальность в период завоевания Болгарии турками. Был положен конец также произволу феодалов и самодержца, тесно связанного с церковью, произвол, против которого в течение столетий боролись богомилы и их сторонники. Чужеземный поработитель, огнем и мечом прошедший по стране, принес с собой новую религию, с точки зрения которой все христиане в одинаковой степени считались "неверными", и между ними не проводилось никакого различия. Перед лицом опасности должны были прекратиться все те разногласия и конфликты, в, атмосфере которых жил болгарский народ в предыдущие столетия и которые в той или иной степени находили свое выражение в различных формах богомильства. Классовая ненависть, разделявшая население, пропасть между боярами и высшим духовенством, с одной стороны, и закрепощенными крестьянами - с другой, - все это в данный период отошло на задний план, в результате возникших новых общественных категорий и коренных изменений в политическом, социальном и культурном положении страны.