Никон помер в 1681 р., не примиреним ні з царем, ні з архієреями, ні з Церквою.
Позбавивши владу Никона, собор вибрав на його місце нового патріарха, Іоасафа, архімандрита Троїце-Сергієвої лаври. Потім приступили до рішення питань, викликаних церковною реформою.
Реформа була вигідна багато чим. Східним патріархам вона була вельми корисна, оскільки проводилася у згоді з грецькими новими книгами і закріплювала їх верховенство в питаннях віри і затверджувала духовний авторитет, на той час на Русі що зблякнув. Державна влада теж бачила свою геополітичну вигоду в реформі.
І Ватикан в реформі православної Церкви теж мав свій інтерес. До Москви наїхала безліч українських і грецьких ченців, вчителів, політиків і різних ділків. Всі вони були в сильному ступені заражені католицизмом, що не перешкодило їм, а може бути, навіть, і допомогло, придбати великий вплив при царському дворі.
Собор схвалив книги нового друку, затвердив нові обряди і чини і наклав страшні прокляття і анафему на старі книги і обряди. Двоєперстіє собор оголосив єретичним, а троєперстіє затвердив на вічні часи як великий догмат. Прокляв і тих, хто скоюватиме службу по старих книгах.
Щоб примусити російський благочестивий народ прийняти нову віру, собор поблагословив піддавати неслухів соборних визначень найтяжчим стратам: ув'язнювати їх у в'язниці, засилати, бити яловичими жилами, відрізувати вуха, носи, вирезивать мови, відсікати руки. Всі ці діяння і визначення собору внесли ще більшу смуту в розум російських людей і усугубляли церковний розкол.
Сучасна новообрядчеська церква визнала помилку, зроблену колишнім патріархом Никоном і собором 1666-67 рр., що привела до трагічного розділення російської Церкви.
Протягом 15 років після собору йшли сперечання між прихильниками старої віри і нової, між представниками стародавньої народної Церкви і представниками нової, царської. Протопоп Авакум слав царю Олексію Михайловичу одне послання за іншим і закликав його до покаяння. Цей протопоп-багатир гаряче і натхненно переконував царя, що в стародавньому православ'ї, яке так неприхильно проклятий собором, немає нічого єретичного.
Царя просили призначити всенародне змагання з духовними властями: хай бачать і чують все, яка віра істинна - стара або нова, але Олексій Михайлович не слухав. Після його смерті царський престол зайняв його син Феодор Олексійович. Захисники і сповідувачі стародавніх церковних переказів звернулися до нового царя з гарячим благанням “повернутися до віри благочестивих і святих предків". Але і це благання не мало успіху.
На все чолобитні церковних пастирів, що жадали миру і єдності церковного, уряд відповідав посиланнями і стратами. Страти послідували негайно ж після собору.
За наполяганням нового патріарха Іоакима пустозерські страждальники були зраджені спалюванню. Коли вогонь загаснув, народ кинувся збирати святі кістки, щоб рознести їх потім по всій російській землі. Муки і страти скоювалися і в інших місцях московської держави.
Соловецькі ченці вирішили продовжувати службу Божію по старих книгах. Вони написали государю протягом декілька років п'ять чолобитних (прохань), в яких благали царя тільки про одне: дозволити їм залишатися в колишній вірі. Соловецькі ченці були твердо переконані, що зрада старій вірі означала зраду Церкви і Самому Богу.
У відповідь на всі прохання і благання покірливих ченців цар послав в Соловецький монастир військову команду, щоб силою примусити убогих стариків прийняти нові книги. Розгромлена і розграбована обитель була заселена присланими з Москви ченцями, що прийняли нову урядову віру і нові книги.
Положення християн-старообрядців в Росії в 17 сторіччі багато в чому було схоже на положення християн у ворожо-язичницькій Римській імперії. Як тоді божі люди були вимушені ховатися в катакомбах, так і російським православним християнам довелося ховатися від державних і церковних властей.
За всю історію західної інквізиції смертні вироки були винесені восьми тисячам людей, але тільки за перші десятиріччя боротьби новообрядців із старою вірою було убито більше сотні тисяч дрівноправославних християн.
Переслідувані християни бігли в пустелі, ліси, в гори. Але і там їх відшукували, житла розоряли, а самих приводили до духовних властей для умовлянь, і, якщо вони не зраджували стару віру, зраджували мукам і смерті.
Більше двохсот років перебувала старообрядність в гоніннях. Вони часом то слабшали, то знову посилювалися, але ніколи не припинялися. За два століття старообрядність набула унікального досвіду виживання в неймовірних умовах.
Гонителям стародавнього православ'я вдалося позбавити старообрядну Церкву єпископів. Коли єпископ Павло Коломенській мужньо виступив проти затій Никона, то був зраджений мученицькій смерті. Решта російських архієреїв, боячись, зроби частішим Павла, вимушені мовчазно зносити нові церковні порядки. Таким чином, свята Церква тимчасово залишилася без благовірних єпископів, з одними священиками і дияконами.
За правилами Церкви, священики повинні бути в підкоренні у своїх єпископів. Але ті ж правила дозволяють священикам не підкорятися єпископам, якщо останні відхилилися в яку-небудь помилку, відкрито проповідують єресь або скоюють церковне розділення. Священики поступили тому абсолютно законно, вирішивши не йти за Никоном і іншими архієреями, що змінили святій Церкві.
Бували випадки, що помісні церкви позбавлялися всіх своїх єпископів унаслідок ухилення їх в єресь. Перебуваючи в єретичному суспільстві, вони продовжували священнодіяти, висвячувати єпископів, священиків. Уселенські і помісні собори православної Церкви ухвалили приймати цих поставлених в єресі духовних осіб, якщо вони відречуться від своїх помилок, зберігаючи за ними духовний сан.
Згідно цим стародавнім соборним правилам, старообрядна Церква також вирішила приймати духовних осіб, рукопокладених в новообрядна церкві, в сущому сані. Таких священиків, що повернулися до стародавнього православ'я, уряд називав “збіглими”, оскільки їм доводилося буквально бігти з своїх будинків і постійно ховатися від переслідувань.
Таємно від властей вони скоювали всі властиві їх сану таїнства і треби: хрестили, міропомазували, сповідали, причащали, вінчали, хоронили померлих і т.д. Для виконання треб в запасі у старообрядців було багато св. миру, освяченого ще благочестивим патріархом Йосипом, збереглося навіть миро, освячене патріархом Філаретом, були і стародавні антиминси, освячені благочестивими єпископами. На цих антиминсах старообрядні священики і скоювали божественну літургію.
Питання загального значення, що виникали в старообрядності, дозволялися соборно загальним голосом святій Церкві. На собор з'їжджалися ігумени монастирів, священноіноки і ченці, приходські священики, уповноважені від приходів мирські люди, що знали Священне Писання і церковні правила. Собори об'єднували в собі все церковне управління, встановлювали порядок в церквах, визначали старшинство між духовними особами, перевіряли їх діяльність, дозволяли всякі сумніви і непорозуміння. Собори збиралися в особливих духовних центрах старообрядності, що історично створилися.
Інший, не менше яскравою, значною фігурою цього історичного періоду, без якої картина розколу була б неповною, був протопоп Авакум. Глава поборників стародавнього благочестя, він був самим відомим непримиренним ворогом Никона. Як і Никон, Авакум народився в Ніжегородськіх землях, рано вивчився грамоті і вподобав до читання. Проте із самого початку їх життя, не дивлячись на зовнішню схожість, пішло по різних коліях. Никон з ранніх літ потрапив під владу мачухи, а Авакум провів дитинство звичайного сільського хлопчиську. Мабуть, в ці роки виникли відмінності в характерах і позиціях двох людей, яким судилося зіграти важливу роль в політичному і церковному житті Росії. Никон виявився крутий і непоступливий в церковних справах, проте в особистому спілкуванні він добр і навіть м'який. А Авакум не ділив своє життя на офіційне і неофіційне, однаково ревно відносячись до приватних і суспільних обов'язків. Він ніколи не прагнув зайняти високий пост, але, разом з тим, був готовий до останнього відстоювати слов'янську старизну в обрядах і священних книгах. Завдяки своїй енергії, дару переконання і богословській начитаності, Авакум зразу ж зайняв видній місце у впливовому кружку "ревнителів стародавнього благочестя". Це майже співпало за часом з початком реформ патріарха Никона, і Авакум відразу стає самим непримиренним супротивником нововведень патріарха, хоча раніше них об'єднували багато переконань на порядок богослужіння і на необхідність благочестивої поведінки священнослужителів і прихожан. Послідовно виступаючи проти церковних "новин", Авакум, проте, користувався розташуванням царської сім'ї, де цінували його щирість і переконаність.
Коли Авакум і його однодумці були заслані в Пустозерськ, де не маючи нагоди відкрито проповідувати, Авакум проявив себе як яскравий письменник і видатний полеміст. Не без впливу пристрасного вогненного слова Авакума піднялися і соловецькі старики. Протест, яких вилився у відкрите протистояння властям. Соловецкоє повстання тривало вісім років (1668 - 1676); і лише коли в живих залишилося всього шістдесят з п'ятисот чоловік, зрадник-перебіжчик відкрив хід в неприступний монастир. Після розгрому повстання старики прокляли царя Олексія Михайловича.
В XVII столітті російська православна Церква робила великий вплив на стан Російської держави, оскільки була невід'ємна пов'язана з ним.
Зі всієї роботи можна зробити висновок, що розкол російської церкви скоївся не відразу. Визначення собору були настільки приголомшуючими, в них було так багато безумства, що російський народ визнав їх за диявольську ману. Багато хто думав, що цар лише тимчасово обдурений приїжджими греками і західниками, і вірили, що він рано чи пізно розпізнає цей обман і повернеться до старизни. Що ж до архієреїв, що брали участь на соборі, то про них склалося переконання, що вони не тверді в своїй вірі і, боячись царську владу, готові вірувати так, як накаже цар.