Жизнь батюшки Серафима подходила к концу. Сестрам, которых уже было семьдесят три, он говорил: «Искал я вам матери, искал и не мог найти. После меня никто вам не заменит меня. Оставляю вас Господу и речистой Его Матери!.. Придет время, многие захотят называться вам отцами. Но прошу вас: ни к кому не склоняйтесь духом. Мать вам Сама Царица Небесная и по Ней все управят!» Духовное окормле-ние батюшка завещал отцу Василию Садовскому. Материальная и юридическая поддержка поручалась Николаю Александровичу Мотовилову, ставшему доверенным батюшки после исцеления в 1831 году. Третьим попечителем остался Михаил Васильевич Мантуров.
После кончины батюшки в 1833 году на осиротевшую обитель обрушились несчастья, обернувшиеся, впрочем, во славу Божией Матери и преподобного Серафима. Саровский послушник Иван Толстошеев еще при жизни отца Серафима стал помышлять о захвате власти в Дивееве. Не раз батюшка прикровенным образом обличал намерения Толстошеева, но тот не остановился. Сестры, живо еще помня заветы преподобного и приказание его никого не допускать чужого в управление обителью, единогласно заявили Толстошееву свое несогласие на его попечительство. Рассвирепев, он обещал стереть с лица земли Мельничную общинку.
Выдавая себя за ученика преподобного, Толстошеев в 1842 году при помощи властей добился соединения Казанской и Мельничной общин. Он запечатал храмы, ломал постройки, отменил правило о приеме в общину одних девиц. Епархиальный архиерей был на стороне смутьянов. Но все-таки в 1848 году, 5 июня, совершилась закладка собора, задуманного отцом Серафимом, и именно на указанном им месте. Это был первый радостный день дивеевским сиротам за все 15 лет после кончины его. В начале 1860-х годов Н. А. Мотовилов отправился в Москву к митрополиту Филарету, изложив ему все через наместника Сергиевой Лавры архимандрита Антония, которому отец Серафим предсказывал: «Придет время, не оставь моих сирот дивеев-ских». Митрополит Филарет доложил императору Александру II. В результате ревизии Толстошеева совершенно отстранили от участия в обители; возвращена была начальницею Елизавета Алексеевна Ушакова, снятая по интригам Толстошеева, ее противницы были удалены. Ушакову постригли в монашество с именем Мария и возвели в игумений. Сбылись слова преподобного Серафима: «На 12-й начальнице устроится монастырь!»
Обитель стала расцветать духовно и материально. К началу XX века число монахинь доходило до двух тысяч.
В Дивееве было более 30 хозяйственных построек и корпусов для сестер, а также пруд, фруктовый сад и многое другое.
19 июля (1 августа по новому стилю) 1903 года по инициативе императора Николая II состоялось прославление преподобного Серафима в лике святых. Подобного Саровским торжествам тогдашняя Россия не знала. Во время крестного хода великие князья во главе с царем несли на своих плечах великого угодника Божия. Мощи источали потоки чудес и исцелений.
На протяжении четырнадцати лет после этого Дивеевская обитель благоденствовала. А потом грянула революция. 17 декабря 1920 года в Сарове большевики кощунственно вскрыли мощи святого Серафима и увезли их в неизвестном направлении. В 1927 году на праздник Рождества Богородицы начался разгон Дивеевского монастыря. Батюшка Серафим предсказывал: «Придет время, и мои сиротки в Рождественские ворота посыпятся как горох». Недоумевали сестры: «Какие же это ворота будут?» Теперь поняли. На литургии в этот день епископ Серафим (Звездинский) говорил: «Монастырь закрывается, но монашества с вас никто не снимает. Сейчас каждой из вас поднесена Чаша, и кто как ее выпьет, насколько достойно? До сих пор вы горели одной общей свечой, а теперь разделяетесь на отдельные маленькие свечечки. Нужно сохранить этот огонь».
Сестры на время рассеялись, но молитвенная дивеевская жизнь не прекращалась. Инокини постепенно собирались вокруг обители, устраивались на работу. Службы совершались тайно по домам, случались и постриги.
21 июля 1991 года было объявлено решение Священного Синода о возобновлении Серафимо-Дивеевского монастыря. 29 июля в Дивеево торжественно прибыли святые мощи преподобного Серафима, чудесно обретенные в Санкт-Петербурге в Казанском соборе — тогда Музее атеизма и религии. 17 ноября 1991 года митрополит Нижегородский и Арзамасский Николай торжественно, при большом стечении народа, посвятил в сан игумений Серафимо-Дивеевского монастыря монахиню Сергию (Конкову). «Не хлопочите, и не доискивайтесь, и не просите монастыря, —- говорил батюшка Серафим первым дивеевским сестрам. — Придет время, без всяких хлопот прикажут вам быть монастырем, тогда не отказывайтесь».
После постройки Рождественских церквей отец Серафим поручил Елене Васильевне Мантуровой купить участок земли неподалеку от Казанской церкви. Брату ее, Михаилу Васильевичу, батюшка завещал хранить эту землю, несмотря ни на какие обстоятельства. Она была предназначена для постройки пятиглавого собора.
5/18 июня 1848 года собор был заложен на месте, указанном преподобным. Первоначально предполагалось освятить собор в честь иконы «Умиление» Божией Матери, но в 1875 году собор был освящен в честь Святой Троицы.
День освящения совпал с праздником иконы «Умиление» Серафимо-Дивеевской — 28 июля (10 августа). В честь этой иконы 2/15 июня 1880 года освятили правый нижний придел. 3/16 июня 1884 года освятили справа на хорах престол во имя иконы Божией Матери Владимирской-Оранской, а на следующий день — левый придел на хорах в честь Третьего обретения главы Иоанна Предтечи. Левый нижний придел игумения Мария оставляла неосвященным в течение 28-ти лет, с верой ожидая прославления батюшки Серафима. 22 июля (4 августа) 1903 года, сразу после прославления преподобного, придел был освящен.
Спроектировал собор архитектор А. И. Резанов, ученик академика К. Д. Тона, завершавший строительство храма Христа Спасителя в Москве после кончины учителя.
В октябре 1989 года Троицкий собор был передан церковной общине. Богослужения в нем возобновились в субботу Похвалы Пресвятой Богородицы в апреле 1990 года, когда был освящен главный придел.
Батюшка Серафим заповедал построить второй собор в конце Канавки на одной линии с Троицким. Но после кончины преподобного на этом месте возвели Тихвинскую церковь, а собор заложили у начала Канавки.
Во время закладки собора в 1907 году блаженная Паша сказала: «Собор-то собор, а я усмотрела, черемуха по углам-то собора выросла, как бы не завалили».
В 1916 году строительство в основном завершилось. Освящение отложили на год, чтобы устроить отопление, но с началом революции освятить собор не удалось.
Долгие годы в соборе царило запустение, на кровле росли деревья, как и предсказывала блаженная Паша.
В 1991 году собор был передан возрожденному монастырю. Освящение главного престола в честь Преображения Господня состоялось 3 сентября 1998 года (в старом монастыре деревянная Преображенская церковь находилась на кладбище в восточном углу Канавки — там, где сейчас расположена средняя школа.) В том же году были освящены правый придел — в честь собора Архистратига Михаила и прочих Небесных сил бесплотных, и левый — в честь Всех святых (такие приделы были ранее в Тихвинской церкви).
Строительство колокольни было завершено незадолго до прославления преподобного Серафима. На ней установили большие часы, которые отбивали каждый час: «Пресвятая Богородица, спаси нас». Позднее они сломались, но неожиданно снова зазвонили перед разгоном обители в 1927 году. В северном и южном флигелях располагались мастерские. В советское время на колокольне, лишенной купола и креста, был установлен телевизионный ретранслятор, а Святые врата приспособили под гараж. Они были освобождены в июне 1991 года, перед перенесением мощей преподобного Серафима в Дивеево. В настоящее время колокольня полностью восстановлена, во флигелях колокольни размещаются административные и жилые помещения монастыря. На колокольне установлены новые часы с боем.
Слева от колокольни находится большое двухэтажное здание голубого цвета, построенное в 1885 году, когда монастырем управляла игумения Мария (Ушакова). Это бывший игуменский корпус. В 1902 году в восточной части игуменского корпуса была устроена домовая церковь во имя святой равноапостольной Марии Магдалины. В 1903 году, когда император Николай II приезжал в Саров на прославление преподобного Серафима, по его просьбе была отслужена литургия в храме святой равноапостольной Марии Магдалины. Он попросил найти священника, который мог бы совершить службу всего за один час, но неспешно и с благоговением. Служил младший священник Петр Соколов. Царь остался доволен и наградил его золотым крестом с драгоценными камнями. Летом 1996 года усердием сестер обители был приведен в порядок наружный фасад корпуса, а над церковью сделан купол. 27 сентября 1996 года, в праздник Воздвижения Креста Господня, на купол водрузили крест.