Но первые насельники не унывали. Священноархимандрит Юрьевой обители архиепископ Новгородский Лев (Церимцкий) был твердо убежден, что когда дело касается российских святынь, безнадежности быть не может. И эту уверенность он передал братии.
В обители была восстановлена богослужебная жизнь. В первое время службы проходили не в храме, а в трапезной. И—удивительно — уже в начале 1990-х годов в монастырь на праздники приезжало множество паломников. Число причастников доходило до 40 человек.
Теперь в Юрьевом монастыре уже нет ощущения той заброшенности, что поражала гостей в первой половине 90-х годов прошлого века. Хотя братия монастыря и малочисленна, но обитель поддерживается в образцовом порядке, богослужения идут своим чередом. В 2004 году возобновило свою деятельность Новгородское духовное училище — учебное заведение с богатыми традициями. Оно нашло свое пристанище в Свято-Юрьевом монастыре.
Ежедневно обитель посещают сотни людей. Каждый приходит сюда «по-разному». Те, кого привозят на туристических автобусах, Свято-Юрьев монастырь осматривают бегом, «заодно» с памятниками деревянного зодчества, собранными в Витославлицах, попутно слушая, что рассказывает экскурсовод об отношениях архимандрита Фотия и графини Орловой. Кто-то приезжает как паломник. Отрадно, что привозят в монастырь детей — учеников воскресных школ. В путешествии по монастырю (а для юных паломников это подлинное путешествие, которое останется в их памяти надолго) их сопровождает послушник, обстоятельно рассказывающий об истории обители. После экскурсии детей обычно ожидает чаепитие в трапезной духовного училища.