Как бы там ни было, Екатерина II также внесла свою лепту в благоукрашение обители, раки свт. Димитрия и надгробия свт. Иакова. Она пожертвовала два драгоценных покрова для мощей святителей, дорогие одежды на престолы и жертвенники соборного храма и церкви, священнические облачения из золотой и серебряной парчи, а также три тысячи денег.
Много жертвовали в обитель на украшение раки святителя Димитрия, а также и на украшение надгробия свт. Иакова также представители рода Шереметевых и графиня А.А. Орлова-Чесменская. В частности, в 1839 году она предоставила монастырю более половины суммы, необходимой для изготовления серебряной раки, которую установили над местом захоронения святителя Иакова. Остальные средства были собраны путем пожертвований. Рака эта, по свидетельствам современников, отличалась высокой художественностью, и архимандрит Иннокентий исходатайствовал для мастера Ивана Лаврова, изготовившего ее, особое благословение Св. Синода. В своем доношении в Синод архимандрит писал: «Мастер купец Иван Лавров, по добросовестности своей, устроил вышеозначенную гробницу свт. Иакову столь тщательно, изячно и отчетливо во всех отношениях, что московская публика всех сословий и все знатоки сего художества... непрерывно во множестве стекались в продолжение 10-ти дней в дом его, чтоб видеть превосходство и изячность отделки оной».
Увы, сейчас ни раки свт. Димитрия (собственно, к 1917 году их было уже две: еще одну установили в 1911 году в Димитриевском храме), ни гробницы свт. Иакова в Спасо-Яковлевском монастыре мы не найдем. Не обнаружим мы в нем и многих сокровищ искусства и святынь, составлявших украшение его ризницы. Это прискорбно, поскольку самые ценные предметы из нее имели непосредственную связь со святителем Димитрием. Прежде всего, среди таковых предметов следует упомянуть митру, в которой был погребен митрополит, атласные ризы малинового цвета и белое полотенце (его святителю прислали из Иерусалима).
Спасо-Яковлевский монастырь радует взгляд путешественника. Он красив и с севера, от ворот, и с юга — от озера. И с каждым годом обитель, возрождаемая трудом и молитвами братии, становится все краше.
Первое после долголетнего перерыва богослужение состоялось в Спасо-Яковлевском монастыре 7 апреля 1991 года. В том году Пасха совпала с Благовещением, и возобновление богослужебной жизни ознаменовалось, таким образом, слиянием двух великих праздников.
Восстановление монастыря не было ни быстрым, ни легким. Хотя обитель находилась в лучшем положении, чем многие монастыри епархии (например, Варницкий монастырь, расположенный всего в нескольких километрах от Ростова, был полностью разрушен, а на его месте находилась свалка), предстояло сделать очень много. Вот как вспоминал о тех днях первый наместник монастыря, архимандрит Евстафий: «Поначалу нас прибыло в Ростов и пришло в монастырь четверо, первые насельники. Вокруг царило полное запустение: облупившиеся стены храмов, обвалившаяся штукатурка, со стен и сводов церквей смотрели почерневшие от сырости лики святых. Первый вопрос был: с чего начать? Место новое, ни связей, ни знакомых. Кто поможет? Выделили нам одну небольшую комнатушку, которую освободило руководство располагавшегося здесь детского сада. С этого и начали мы, что называется, создавать новую историю монастыря».
Архимандрит Евстафий управлял Спасо-Яковлевским монастырем восемь лет. За это время обитель в полном смысле этого слова встала на ноги. Но, конечно, и преемникам первого наместника (со времени возрождения обители ее священноархимандритами являются ярославские архиепископы) осталось работы немало. В 2003 году наместником монастыря был назначен иеромонах Серафим, возведенный в 2005 году в сан игумена.
Возобновление монашеской жизни, налаживание хозяйства — со всем этим обитель справляется очень успешно. Помимо церковного послушания (вычитка братского правила и обязательное присутствие на богослужении), все насельники несут какое-либо послушание «по хозяйству». Огород, пашня, покосы, стадо коров (молоко, творог, масло, даже сыр — все это в монастыре свое, не покупное) требуют каждодневного тяжелого труда, от которого, в сущности, большинство людей успело отвыкнуть. Теперь мы уже с трудом можем представить себе, что хлеб насущный добывают в поте лица, а не покупают в булочных. У послушников, поступающих в Спасо-Яковлевский монастырь, есть прекрасная возможность вспомнить об этом. И, конечно, не для всех это просто. Но результат стоит того. Игумен Серафим не без гордости говорит: «Мы кормимся своим собственным урожаем». Между прочим, монастырскую «продукцию» — в частности, прекрасный хлеб, который выпекается в русской печи, — по достоинству оценили и миряне: ростовцы и приезжающие в монастырь паломники.
А паломников здесь с каждым годом становится все больше и больше. Приезжают и организованные группы — для них в монастыре всегда готовы провести экскурсию, показать наиболее известные святыни, — и «паломники-одиночки». Кто-то из них задерживается в обители на день — поклониться мощам святителей, помолиться за монастырским богослужением, отличающимся особой красотой и торжественностью. Кто-то остается пожить, поработать. Всех их в обители принимают радушно, и покидают они ее, увозя в сердце счастливое воспоминание о прикосновении к великой святыне.