Поза межами Союзу ЄХБ у повоєнний період існувало ще дві легальні протестантські структури. Перша — автономно зареєстровані п’ятидесятницькі громади, які отримали на це дозвіл тільки на початку 70-х років і впродовж наступних десяти років діяли переважно у східних і південних регіонах України. Саме вони відображали "парадне обличчя" течії в Україні, оскільки їхня кількість подавалась як офіційна цифра всіх п'ятидесятників. Наскільки ж вона була далека під реальності, засвідчують хоча б такі дані. За станом на 1 травня 1989 р. з 652 п'ятидесятницьких громад, діючих у республіці, більшість (300 громад) були зареєстровані як баптистські, 186 діяли без реєстрації (нелегально) і лише 166 (тобто очевидна меншість) були зареєстровані. Отже, офіційна статистика охоплювала тільки четверту частину всіх п'ятидесятиицьких громад України.
Третє після СЄХБ місце у легальному протестантизмі посідали громади адвентистів сьомого дня (АСД). До кінця 80-х років кількість віруючих у них, за офіційними даними, становила а Україні близько 20 тис. осіб. Внаслідок штучного припинення у 30-х роках їхнього членства у Генеральній конференції адвентистів сьомого дня (що офіційна пропаганда подавала як зв'язок "сектантів" з міжнародним імперіалізмом), адвентистські громади в Україні діяли у повоєнний час окремим осередком, маючи статус Республіканського об'єднання церков АСД. Останнє працювало у спілці з іншими республіканськими об'єднаннями, підпорядковуючись загальному органові — З'їзду (або нараді) церков АСД в СРСР. На з'їзді обирали церковну раду та її голову. У грудні 1980 р. у с. Заокському Тульської області створено адміністративно-навчальний центр, що об'єднав усі громади АСД колишнього Радянського Союзу в єдину Всесоюзну церкву адвентистів сьомого дня.
Протестантське підпілля в Україні за різноманітністю та кількістю віруючих не поступалося легальним осередкам. Воно об'єднувало частину євангельських християн-баптистів (громади РЦЄХБ), п'ятидесятників (окрім громад християн віри євангельської та християн євангельської віри, також п'ятидесятників-сіоністів і п'ятидесятників-суботників), всіх адвентистів-реформістів та свідків Єгови. (Адвентисти-реформісти донедавна діяли в межах Всесоюзної церкви вірних і вільних адвентистів сьомого дня, яка не підпорядковувалася жодній зарубіжній церкві). Нелегальний статус вказаних осередків, їхня "непідзвітність" місцевим органам влади і цілком природне бажання неоприлюднення конкретної інформації про себе не дає можливості докладно з'ясувати кількісний склад протестантського підпілля. Водночас з цими незареєстрованими осередками у 50-80-х роках в Україні діяла низка менших сект і навіть просто груп (іноді — декілька десятків віруючих), визначеної або напіввизначеної конфесійної орієнтації. Однак вони не мали серйозного впливу на розвиток протестантизму та загальну релігійну ситуацію в Україні.
На початку 90-х років більшість протестантських громад країни стала легальними. З цього часу, по суті, розпочався новий етап еволюції конфесії. Його можна назвати етапом подальшого формуванням сучасних протестантських церков. Уже в 20-30-х роках цейпроцес у деяких течіях розвивався досить активно, однак згодом був штучно призупинений. Радикальні політичні зміни в колишньому СРСР, утворення нової держави України дали змогу протестантам відкрито здійснювати релігійну та позарелігійну практику. Сьогодні перехід більшості протестантських течій у церковний статус зносу пожвавився. Це, зокрема, виявляється у структурних змінах, в явищі інституціоналізації, що відображає просування релігійної спільноти до стійкості, стабільності, створення формалізованої структури, розгалуженої організації.
Спочатку — про течії, які найбільш наблизились до церковного статусу. Це євангельське християнство-баптизм, деякі п'ятидесятнитські течії, адвентизм сьомого дня. Йдеться поки що про наближення, оскільки частина пізньопротестантських осередків ще зберігай рудименти організації сектантського типу. Це, наприклад, громади, що діють у сільській місцевості, нечисленні, з незначним відсотком молодих віруючих. У недалекому майбутньому такі громади або взагалі припинять існування як малоперспективні, або приєднаються до інших, у найближчих населених пунктах. Власне, подібний процес вже відбувається у великих індустріальних містах, що постійно розростаються і "поглинають" навколишні села, а з ними — й існуючі громади. Сьогодні можна з впевненістю констатувати: центр діяльності протестантизму остаточно перенесено до міста. У 1985 о. на 10 тис. міського населення припадало 29 протестантів, сільського — 13[98;210]. На початку 90-х років у містах зосередилась більшість великих, життєздатних громад, що визначають характер пропагандистської та місіонерської практики протестантизму. Це стосується, передусім, євангельського християнства-баптизму (половина його громад діє в містах), адвентизму (60%), п'ятидесятництва (три чверті від загальної кількості громад). Лише єговізм поширений у селах більше, ніж у містах. Динаміка сучасного протестантизму, як бачимо, відображає загальну тенденцію урбанізації.
Розвинуті ознаки церковної будови мають, здебільшого, ті протестантські спільноти, що існують в обласних центрах (зокрема, у Донецьку, Дніпропетровську, Харкові, Львові, Рівному, Одесі, не кажучи вже про Київ) і налічують близько 2-3 тис. або й більше віруючих. Наприклад, у Львові тільки дві п'ятидесятницькі громади у 1990 р. мали близько 5 тис. членів. Сьогодні їх 6 тис.; окрім цього, у 1994 р. утворилась нова п'ятидесятницька церква з 1 тис. осіб. У підпорядкуванні цих осередків знаходяться майже всі п'ятидесятницькі громади, що діють на території Львівської області. Кожна така громада бере участь у розв'язанні загальних питань місцевого п'ятидесятницького братства, причому ступінь її участі залежить від кількості членів (більша громада має право на більше представництво), авторитету пресвітера.
Найінтенсивніше відбувається процес оцерковлення протестантизму у західних областях України, де конфесія зберегла чимало резервів для видавничої, освітньої, місіонерської практики. Скажімо, у Рівному, Луцьку, Тернополі існують великі баптистські церкви, які мають не тільки значні за розмірами культові споруди і чимало віруючих, а й численні гуртки, видавництва, місії з євангелізації, ансамблі, хори тощо. Вони стали своєрідними осередками паломництва протестантської молоді з багатьох міст України і з-за кордону, тут часто бувають віруючі інших конфесій, проводять міжрелігійні симпозіуми, біблійні конференції, концерти і вистави, молодіжні вікторини. При церквах відкрито недільні школи, а також кореспондентські, регентські, дияконські курси, влаштовано навчання керівників молодіжних груп та гуртків за інтересами (фотосправи, автолюбителів, народних промислів). Безумовно, така діяльність не має нічого спільного з релігійною сектою. Стосовно церкви, то вона не приховує прагнення до розширення сфер впливу в суспільстві. Саме тому будь-який церковний інститут намагається об'єднати віруючих і на нерелігійній основі: у жіночих, молодіжних, дитячих групах, гуртках і громадське орієнтованих організаціях (місіях, філантропічних групах, пропагандистських агітбригадах), щоб, передусім, самі віруючі не відчували обмеженості життя у своєму релігійному колективі. Процес інституціоналізації сучасного протестантизму активізовано також деяким оновленням у його керівництві. На зміну консервативній генерації в кінці 80-х — на початку 90-х років прийшло чимало молодих лідерів. їх кількість продовжує зростати. У багатьох церквах керівниками стали віруючі, які у 1985-1990 роках завершили навчання у закордонних богословських закладах. Ці сучасні лідери остаточно вибрали шлях релігійного оновлення, екуменізму й соціального служіння. Одним із головних кроків на цьому шляху стало об'єднання розрізнених протестантських громад України, створення їх центрів.
Найрозгалуженішим протестантським центром церковного типу є сьогодні Всеукраїнський союз об'єднань євангельських християн-баптистів (ВСО ЄХБ), який у 1995 р. налічував близько 1,5 тис. громад — абсолютну більшість баптистів та євангельських християн країни. Союз діє як самостійна, незалежна у своєму внутрішньому житті структура, що водночас підтримує тісні контакти з міжрегіональним об'єднанням, створеним на основі колишнього Союзу ЄХБ, — Євро-Азіатською федерацією союзів ЄХБ. Нещодавно до складу ВСО ЄХБ увійшли українські євангельсько-баптистські церкви діаспори.
Вищий орган ВСО ЄХБ — з'їзд. Він обирає правління, голову і його заступників, а також розв'язує проблеми релігійної та позарелігійної практики братства. У структурі Союзу створено низку біблійних закладів: наприклад, Київська біблійна семінарія, Ірпінський коледж, Львівська біблійна школа, Найбільший заклад — Одеська біблійна семінарія, її слухачі — баптисти та євангельські християни також і тих громад, які поки що залишаються поза Союзом. Чотирирічний курс семінарії передбачає підготовку проповідників й учителів недільних шкіл; при закладі існує видавничий центр. Він видав історико-богословський альманах "Богомыслие", навчальну літературу, брошури, збірки духовної поезії тощо. Впродовж 1992-1993 років центр випустив 750 тис. примірників різних релігійних видань.
При ВСО ЄХБ створено молодіжний союз — Всеукраїнське євангельсько-баптистське об'єднання молоді, а також жіночий відділ, які мають свої статути і керівні органи. У межах Союзу і при його матеріальній підтримці діє низка місій з питань євангелізації, створених майже в усіх великих містах України. У їх функції входить проповідування Євангелія невіруючим, пропаганда ідей баптизму невіруючим і віруючим інших конфесій, місійні поїздки по Україні і допомога місцевим громадам ЄХБ, сприяння відкриттю нових громад, будівництву культових споруд. ВСО ЄХБ видає кілька журналів і газет у різних регіонах: наприклад, двомовний журнал "Жажда" (Володарськ-Волинський Житомирської області), газети "Християнське життя" (Київ), "Слово Вери" (Донецьк, окремі статті друкуються українською), "Предвестник" (Київ).