До ВСО ЄХБ не увійшло 25 незалежних баптистських громад, 35 громад Ради церков ЄХБ, 33 громади євангельських, християн.
Активний процес будівництва церковного союзу відбувається у п'ятидесятництві. Так, у 1991 р. офіційно оголошено про створення Союзу християн віри євангельської (п'ятидесятників) України, що об'єднав майже всіх християн віри євангельської (у західних областях) та більшість християн євангельської віри (на сході й півдні). У 1995 р, він налічував близько 800 громад, майже 100 п'ятидесятницьких осередків України залишились поза Союзом як автономно зареєстровані.
При 400-х осередках Союзу відкрито недільні школи, у Києві створено Український заочний біблійний інститут, що має дві філії (у Рівному і Львові). Як і в євангельсько-баптистському братстві, у п'ятидесятницькому об'єднанні створено молодіжний осередок, низку місій, благодійних товариств. У Рівному 1993 року відкрито видавничий центр Союзу. Крім біблійної та навчальної релігійної літератури, він випускає декілька періодичних видань. Упродовж 1991-1995 років п'ятидесятницьке братство в Україні видало десятки тисяч примірників часопису "Вестник" (Львів), журналів "Вісник єднання" (Київ) та "Євангельський голос" (Кременець). П'ятидесятницька місія у Рівному друкує щомісячник "Свет Євангелия".
Подібно до евангельсько-баптистського осередку, Союз ХВЄ на федеративних засадах донедавна входив до спільного для більшості п'ятидесятницьких громад колишнього СРСР Об'єднаного союзу християн віри євангельських-п'ятидесятників.
Окремий церковний осередок створили також адвентистські громади України — Українську уніонну конференцію церков адвентистів сьомого дня (УК АСД). До її структури входять понад 400 громад .(крім 15 громад адвентистів-реформістів), УК АСД існує як складова Євро-Азіатського дивізіону Генеральної конференції адвентистів сьомого дня. При Українському уніоні організовані відділи молоді, служіння жінок, суботньої школи, з питань євангелізації, управління ресурсами та видавничий. Останній керує видавничим центром "Джерело життя" (Київ), де виходять українською мовою журнал "Ознаки часу" та газета "Вісник миру", інша адвентистська література.
Загалом, будова внутрішнього життя адвентистського об'єднання і його позарелігійна діяльність — типові для пізньопротестантських течій. Церкви АСД опікуються створенням навчальних закладів; окрім традиційних шкіл для дітей, що існують при кожній громаді, діють курси вчителів суботніх шкіл, під Києвом — Стаціонарні інтенсивні пасторські курси для пресвітерів, проповідників, їхніх помічників. У межах Української уніонної конференції організовані місії, основна форма діяльності яких — євангелізаційні кампанії. Вони охопили всі регіони України.
Процес інституціоналізації сучасного протестантизму спричинює витворення у рамках існуючих об'єднань нових спільнот, ініційованих, переважно, молодими віруючими, котрі прагнути радикальніших змін у релігійній та позарелігійній практиці своїх церков. Виходячи з фундаментальних засад пізньопротестантського вчення, вони, натомість, сповідують лібералізацію церковного життя, прагнуть активнішого оновлення його духовного клімату. Серед цих молодих спільнот вирізняється Собор незалежних євангельських церков України (на початку 1996 р. нараховував близько 40 громад у різних регіонах країни), що складається з недавніх членів євангельсько-баптистських, п'ятидесятницьких, пресвітеріанських громад. Абсолютна більшість прихильників Собору — молодь, причому, віруючі у першому поколінні. Значний відсоток має вищу освіту. Коло інтересів — культурологія, наука, мистецтво; структурне ядро — біблійні класи, гуртки молоді, місії; форма діяльності — проповідь та євангелізація; позарелігійна практика спрямована у філантропічну та культурно-освітню сферу.
За даними аналізу релігійної ситуації станом на 1994р. протестанські церковні структури об'єднували понад 90% прихильників конфесії в Україні. 40% громад належало до євангельсько-баптистського братства, 28 — до п'ятидесятницького, 10 — до адвентистського 9% загальної кількості протестантських спільнот становили реформати, лотерани, а також малочисельні громади меннонітів, методистів, чеських братів, пресвітеріан тощо. На сектантському ступені в інституційній еволюції протестантизму залишилося більшість громад свідків Єгови (13% загальної кількості об'єднань), які продовжують дотримуватися позиції неприйняття "цього злого світу", обмеження мирських інтересів віруючих, залишаючись невід'ємною складовою міжнародного Товариства свідків Єгови. Останнім часом, однак, спостерігається певне налагодження діалогу керівників цих осередків з державою, більш відкрите ставлення віруючих до оточуючого середовища. Це зумовило навіть ліберальні прояви у середовищі свідків Єгови, де на початку 90-х років відтворена діяльність Місійного руху "Єпіфанія" (переважно у західних областях), зорієнтованого, зокрема, на перегляд окремих засад віровчення єговізму, подолання його суспільної ізоляції. Впродовж 1992-1993 років відбулася легалізація єговістських громад в Україні, яку на міжнародному конгресі Товариства у Києві у 1993 р. оцінено як факт позитивний, як свідчення нових можливостей течії. Подібний шлях, до речі, у 70-80-х роках пройшли громади свідків Єгови у більшості колишніх соціалістичних країн. Тепер, наприклад, у Словаччині, за даними К.Кагана, течія діє як "впливова, активно діюча релігійна структура з високим рівнем інституціоналізацїі. Вихід з ізоляції спостерігається й в інших сектантських угрупованнях (скажімо, адвентистів-реформістів чи п'ятидесятників-сіоністів). Незначна частина їхніх прихильників вже перейшла в існуючі церковні об'єднання. Консолідація протестантського середовища, поступове подолання внутрішніх протиріч, що накопичувались десятиліттями і не можуть бути вирішені водночас, є закономірним наслідком процесу оцерковлення[50;306-308].
В Усеукраїнському союзі об'єднань євангельських християн-баптистів у 2000 р. було 2236 громад (помісних церков, як називають їх самі баптисти) і 131950 членів [14;38], тобто в середньому по 59 чоловік у громаді. В Усеукраїнському союзі християн віри євангельської в 1999 р. нараховувалася 901 громада з 88227 членами; у 424 недільних школах училося 24309 дітей [129;11].
Таким чином, питома вага протестантів у загальній масі віруючих різних церков України набагато менше питомої ваги створених ними громад у загальноукраїнській конфесіональній конфігурації. Якщо порівняти, скажемо, офіційні повідомлення Всеукраїнського Союзу ЕХБ, Уніонної конференції АСД України і верховного архієпископа УГКЦ, то на одну баптистську громаду приходиться 59 членів, на одну адвентистську – 106, а на один прихід Івано-Франківської єпархії УГКЦ – відповідно до церковного (нехай і серйозно завищеної) статистикою – 1072 вірних, Львівський архієпархії – 2462, Тернопільско-Зборовскій – 757 [20;83-86-89]. Це, як бачимо, цифри різного порядку, навіть якщо погодитися, що для дуже багатьох осіб декларування своєї приналежності до церков більшості – досить формальний акт. У 1985 р. на 10 тис. міського населення України припадало 29 членів протестантських громад, на 10 тис. сільського – 43. В наступні роки ситуація, звичайно, змінювалася, але не радикально. Наприклад, протягом 4 років (1994–1997 р.) кількість громад ВСОЕХБ виросло на 579, тобто майже в півтора рази. Збільшення ж членів братерства було менш динамічним – з 105807 до 120346, тобто на 20%.
Причому в деяких областях (Харківська, Кіровоградська, Чернігівська і Тернопільська) їх навіть стало менше. Серед причин називаються перехід в інші конфесії й еміграція [31;12-13].
Конкретно-історичне тло еволюції протестантських спільнот в Україні спричинило до формування в їхній архітектоніці певних спільних рис. Це специфічний тип організації, яка ґрунтується на строго фіксованому і неформальному членстві, суворій дисципліні, ригоризм. психологія винятковості, несхожості; особливі претензії на істинність, обраного шляху; жорсткий контроль громади за усіма сферами життєдіяльності віруючих, обов'язковість усіх її приписів для всіх членів-збереження елементів "критичної дистанції" щодо "світу"; наявність яскраво виражених ознак групової самосвідомості, психології, пам'ятіспрямованість на спасіння світу через поширення власного віровчення і навернення до нього інаковіруючих та невіруючих. Такі ознаки (реформати Закарпаття та інші ранні протестанти під цей опис не підходять) давали дослідникам підстави відносити спільноти, що розглядаються, до релігійно-соціальних організацій сектантського типу [69;28] І хоча, скажімо, Союз євангельських християн-баптистів або Церква Адвентистів сьомого дня вже досить давно практично подолали деякі з вищезгаданих характеристик, церковні ідеологи усвідомлюють їхню реальну наявність у своїх громадах. "У наші дні, дні благословенних можливостей і змін, особливо боляче усвідомлювати, що деякі сектантські прояви у нашій церкві не дають змоги їй повною мірою здійснювати своє служіння" [89;65], - пишеадвентистський автор. "Очевидно, знадобиться чимало часу, поки ми признаємося собі у тому, що традиції, які склалися у помісних церквах. і дух євангельського вчення - не ідентичні поняття, - розмірковує) баптистський богослов. - Жодна християнська деномінація не уникне різноманітних традиційних нашарувань. Засмучені обличчя, замкнений спосіб життя, зневажене ставлення до етики, відторгнення культур спадщини - все це є серйозною перепоною для багатьох людей, шукають істину" [25;3].