В первой половине и середине 1660-х годов общее настроение в монастыре было крайне беспокойным. Иноки и миряне, наслышанные о реформе церковной службы, не очень хорошо знали, в чем суть исправлений, но готовы были ревностно отстаивать "предание святых отцов Зосимы и Савватия". Показательным стал конфликт в связи с так называемым "делом Геронтия", случившийся зимой 1663 года.
В конце января архимандрит Варфоломей отправился по монастырским делам в Москву. Именно в его отсутствие произошло обострение ситуации в обители. 7 февраля в Благовещенской надвратной церкви служили священники Геронтий и Варлаам и дьякон Иов. У обедни стояли слуги и трудники. После службы по монастырю разнесся слух, что Геронтий изменил обряд, нарушил установленный порядок богослужения. Мгновенно весь монастырь пришел в состояние крайнего возбуждения. Дело дошло до того, что Геронтия хотели побить камнями. Ему пришлось спрятаться в своей келье, но и там предполагаемому отступнику не дали покоя (ему замазали окошки калом). Движение в монастыре возглавили миряне - Григорий Яковлев Черный, Сидор Хломыга, Федот Токарь и другие. 13 февраля соборные старцы Дионисий и Илларион провели подробное расследование и выяснили, что некоторые мелкие нарушения службы произошли по нерасторопности пономаря, так что никакого отношения к церковной реформе эта история не имела. В этом конфликте важны не конкретные обстоятельства дела, а сама суть. События показали, что достаточно малейшего повода, одной искры, чтобы в монастыре вспыхнул открытый протест. Широкие массы рядовой монастырской братии и мирян готовы были подхватить призыв к борьбе.
Сам Геронтий считал, что конфликт возник не случайно, а был хорошо подготовлен келарем Савватием Обрютиным, ближайшим человеком архимандрита Варфоломея. Когда конфликт уже пошел на спад, вернулся в монастырь настоятель, который так и не смог добраться до материка, две недели его носило среди льдов. 16 февраля Варфоломей собрал малый черный собор, подтвердивший отсутствие целенаправленных изменений службы и временно разрешивший споры между Геронтием и келарем Савватием.
Несмотря на то, что данный конфликт разрешился без серьезных последствий ситуация в монастыре постепенно накалялась. К 1666 году оппозиция пришла к выводу о необходимости сместить монастырские власти и, в первую очередь, архимандрита Варфоломея, который фактически был главным представителем Москвы, а значит и сторонником введения реформы (он, действительно, добился некоторых небольших изменений). В феврале 1666 года настоятель отправился в Москву на церковный собор. Вдогонку ему собор направил краткую Первую соловецкую челобитную о вере - в ней братия просила не менять монастырский и церковный уклад. Варфоломей челобитную принял, но подписи на ней не поставил, на церковном соборе в Москве он убедился в решительности намерений властей ввести реформу и представил челобитную как свидетельство беспорядков и неблагополучия во вверенной ему обители.
А тем временем в монастыре была составлена обширная челобитная против архимандрита. Автором ее был Герасим Фирсов, собравший некоторое количество подписей. Главные обвинения были связаны с хозяйственной деятельностью Варфоломея и его неспособностью управлять делами монастыря, в частности следить за ссыльными. Среди прочего настоятеля обвиняли и в дурных словах о государе, в утверждении, что “Бог высоко, а царь далеко”, поэтому мол в монастыре Варфоломей полновластный владыка. Несмотря на то, что заговорщики обсуждали свои дела в кельях, о челобитной пошли слухи, которые вызвали беспокойство келаря Савватия. Он добился уничтожения первого варианта челобитной, но не смог помешать Герасиму Фирсову представить царю второй вариант – самого старца вызвали на собор. После долгого разбирательства в Москве было принято радикальное решение: Герасима Фирсова обвинили в сопротивлении реформе и в августе сослали в Иосифо-Волоколамский монастырь, где год спустя он умер, а Варфоломея пока задержали в Москве.
Условия для заговоров были в монастыре благоприятными: с одной стороны: все находились в тревожном ожидании и уверенности, что вера в опасности, уклад жизни давал возможность собираться небольшими группами и обсуждать планы. Устав Соловецкого монастыря позволял монахам покупать отдельные кельи полностью или по частям. У некоторых, особенно пожилых, старцев оказывалось отдельное хозяйство и немалые суммы “собинных” денег. Соборные старцы часто имели слуг. Звание соборного старца иногда давалось за заслуги, иногда – при условии особенно большого вклада при пострижении. У каждого старца были послушники, монахи распоряжались работами трудников-мирян, поддерживали тесные связи внутри своего круга.
Для расследования на Соловки сначала направили ярославского архимандрита Сергия, затем – поскольку конфликт разрастался (к царю поступила Втора-Третья соловецкая челобитная о вере, новые жалобы на Варфоломея и его сторонников) – целую следственную комиссию во главе со стольником Алексеем Севастьяновичем Хитрово. С января по март 1667 года Хитрово, находясь на берегу в Сумском остроге, сумел добиться выезда из монастыря на следствие почти всех руководителей оппозиции и ближайших сторонников Варфоломея. Основные обвинения против настоятеля и его помощников подтвердились, но выяснились и глубина идеологического противостояния обители нововведениям. В результате Варфоломей был смещен с поста архимандрита, но на его место 23 июля 1667 года поставили не Никанора, как просили все изветчики, а умеренного Иосифа. Руководители оппозиции, как и некоторые сторонники настоятеля, были взяты под стражу и разосланы по другим монастырям. Фактически, власти не тронули только Никанора, которому было разрешено вернуться на Соловки вместе с новым настоятелем Иосифом и бывшим архимандритом Варфоломеем. В Москве решили, что теперь дела в монастыре пойдут на лад.
Пока власти принимали официальное решение, слухи о нем уже пришли в монастырь. Еще в июле большинство насельников определилось: Иосифа не принимать. К осени атмосфера накалилась до предела. 13 сентября Иосиф и Варфоломей прибыли в гавань на Заяцкий остров (Никанор отстал по дороге), а 15 сентября 1667 года в Спасо-Преображенском соборе состоялся один из важнейших черных соборов, фактически положивший начала открытому восстанию монастыря против церковной и светской власти: в присутствии братии и мирян были зачитаны послания от царя и патриарха. В ответ на недвусмысленную угрозу проклятия черный собор должен был принять не менее определенное решение. Решение о разрыве с властями, судя по всему, не было легким. На соборе в защиту старой веры выступил Геронтий, к тому времени - казначей. Он уже читал до этого монахам свои выписки в защиту веры, теперь, встав на стул, он начал читать всем насельникам "свои написные письма", которые были составлены заранее. После его выступления собор отверг новые книги, обряды и отказался принять архимандрита Иосифа. Оба настоятеля (Иосиф и Варфоломей) были отлучены от святынь и заперты в кельях, а несколько дней спустя высланы из монастыря.
Уже 15 сентября Иосифу вручили для доставки царю Четвертую челобитную о вере, написанную в предыдущие дни Терентием и одобренную собором: после категорического утверждения верности "преданию Зосимы и Савватия" восставшие требовали не присылать больше увещевателей, "и вели, государь, на пас свой меч прислан царьской, и от сего мятежнаго жития преселити нас на оное безмятежное и вечное житие; а мы тебе, великому государю, не противны". Это поразительное сочетание требования прислать "меч", то есть войска - и утверждения, что монастырь царю "не противен" отражает момент начала восстания, когда при всей решимости отстаивать веру и желании пострадать за веру основная масса насельников почитала царя и его власть. С другой стороны, объявив готовность пострадать и безропотно погибнуть от царского меча, авторы ставили себя в положение мучеников за веру, а царя - соответственно - в положение гонителя веры и ее поборников. Так что даже в этом как бы смиренном заявлении кроется внутренняя оппозиционность.
20 сентября прибыл и Никанор. Он ночевал под монастырем, а 21 сентября вошел в обитель. На нем был новый клобук, введенный Никоном. Это вызвало недоумение братии и мирян. На глазах у собравшихся он снял новый клобук и покаялся в том, что его в Москве силой заставили отречься от старой веры. Теперь он приносил в этом покаяние соловецким насельникам. Кое-кто вспомнил, что отъезжая в Москву Никанор хотел пострадать за веру. Архимандрит ответил кратко: "сами де поедете в Москву и про то отведаете". Больше вопросов к Никанору черный собор не задавал.
В эти же тревожные дни была составлена Пятая соловецкая челобитная — самый пространный памятник восстания, принятый собором и направленный в Москву. Там было представлено подробное обоснование готовности Соловецкого монастыря защищать, старую веру и приводились многочисленные доводы против реформы. Автором текста был снова Геронтий, заслуживший в сентябре 1667 года в обители славу "второго Златоуста".
На протяжении семи с лишним лет осады монастырь продолжал функционировать как нормальная хозяйственная система в соответствии с вековой традицией. Работали все внутренние службы, запасов продовольствия и основных необходимых материалов могло хватить на пять - десять лет осады. Основой полноценной деятельности обители стала мельница - сюда не только поступала вода из Святого озера, что даже при полной осаде решало многие проблемы, но и существовала возможность хранить большие запасы зерна, регулярно получать муку, поддерживать основной рацион питания. Помимо хлеба и каш монастырь имел достаточные запасы грибов, сушеной и замороженной рыбы, масла и других продуктов. Естественно, многие из них требовали ежегодного пополнения. В обычное время монастырские трудники под руководством мирян сами добывали необходимые припасы и собирали их в соловецких береговых вотчинах. Однако, после Четвертой и Пятой челобитных и категорического отказа монастыря подчиняться московским властям, был издан государев указ, описывающий вотчины от обители и запрещающий поморскому населению поддерживать мятeжнyю обитель. Подобные указы были развешаны на столбах и читались по всем поселениям близ Белого моря. Однако, несмотря на это, жители прибрежных вотчин на протяжении всех лет осады продолжали поставки. Кемские и шуерецкие, холмогорские и онежские жители, "кореляне" и обитатели Сороки везли в монастырь морскую и речную рыбу, масло, хлеб, лук, чеснок, тресковое сало и прочие необходимые припасы, а так же подошвенные кожи, холст, парусину и т п. Войска пытались перехватывать поморов на берегу и на воде но, во-первых, местные жители прекрасно ориентировались в море и поймать их было чрезвычайно трудно, во-вторых, сложно было выяснить, точно ли на Соловки везут продукты - рядом был более или менее лояльный Анзерский Троицкий скит, течения могли унести ладью далеко от запланированного пути. Обычно на это и ссылались задержанные.