Видя, что Аввакум не хочет соединиться с никонианами, царь попросил протопопа, чтобы тот по крайней мере молчал об этом. Аввакум послушался. Жил он в то время у боярыни Фе-досьи Морозовой, своей духовной дочери. Многие приходили к нему и приносили подарки. Прожив так полгода, Аввакум снова послал царю письмо, чтобы он защитил Церковь от ереси Никона. И после этого Аввакума с семьей было приказано сослать на Мезень. Через полтора года его со старшими сыновьями, Иваном и Прокопием, вернули в Москву, а протопопица и младшие дети остались на Мезени.
Аввакума десять недель держали на цепи в Пафнутьевом монастыре. Потом привезли в церковь, расстригли и прокляли. Аввакум же в свою очередь проклял никониан.
Потом его снова отвезли в Пафнутьев монастырь. Келарь Никодим сначала был добр к узнику. Но когда протопоп попросил открыть дверь темницы в день Пасхи, келарь отказал. Никодим вскоре разболелся, и некто в образе Аввакума явился и исцелил его. Тогда келарь покаялся перед Аввакумом.
Протопопа посещали его дети с юродивым Феодором. Феодор же был великий подвижник: о молитве радел, по тысяче поклонов бил, на морозе в одной рубашке ходил. Этот юродивый чудным образом убежал из Рязани, где его держали в узах. Но потом Феодора удавили на Мезени.
После того привезли Аввакума в Москву, в Чудов монастырь, и поставили перед собором вселенских патриархов. Протопоп спорил с ними о вере и обличал их. Патриархи хотели его избить, но Аввакум устыдил их словом Божиим.
Царь отправил к протопопу своих посланников. Он просил его хоть в чем-то согласиться с вселенскими патриархами, но Аввакум отказался.
Протопопа сослали в Пустозерск. Оттуда он писал и царю, и всем православным. На Мезени же казнили двух его духовных детей, Феодора юродивого и Луку Лаврентьевича. Хотели повесить и сыновей протопопа, Прокопия и Ивана, да отроки с испугу покаялись. Тогда их с матерью закопали в земляную тюрьму.
Пришел приказ и в Пустозерск о том, чтобы посадить Аввакума в земляную тюрьму. Он хотел уморить себя голодом, да собратья не велели.
Потом власти схватили священника Лазаря, отсекли ему язык и правую руку. Отсеченная рука сложила персты для крестного знамения. А язык через два года у Лазаря вырос. Соловецкому иноку Епифанию тоже отсекли язык, и тоже чудесным образом он вырос. Это же произошло и с дьяконом Феодором. А в Москве многих противников Никона сожгли.
В те времена когда Аввакум был еще не протопопом, а попом, царский духовник Стефан подарил ему книгу Ефрема Сирина. Аввакум обменял ее на лошадь. Родной брат Аввакума, Евфимий, заботился об этой лошади больше, чем о молитве. Бог наказал Аввакума с братом: в Евфимия вселился бес. Аввакум изгнал беса, но Евфимий не исцелился, пока Аввакум не забрал обратно книгу и не отдал за нее деньги.
В темнице протопоп жил вместе с бесноватым Кирилушком, московским стрельцом. Он терпел все выходки бесноватого. Кирилушко умер в темнице, Аввакум исповедал и причастил его перед смертью. А в Москве протопоп изгонял беса из Филиппа, который уж долгое время был к стене прикован, потому что сладу с ним не было. Один раз Аввакум, придя домой, рассердился на жену и домочадицу Фетинью, которые рассорились между собою. Протопоп побил обеих женщин. И после того он не мог совладать с бесом, пока не попросил прощения у жены, Фетиньи и всех домашних.
Бесноватого Феодора Аввакум два месяца держал у себя дома в Тобольске, молился о нем. Феодор исцелился, но потом в церкви снова досадил Аввакуму, и тот велел приковать его к стене. Взбесившись пуще прежнего, Феодор убежал и стал всюду творить разные безобразия.
Протопоп молился о его исцелении, а перед самой ссылкой Аввакума в Даурию на корабль к нему пришел здоровый Феодор и благодарил его: бесноватому явился некто в образе Аввакума и отогнал бесов. Нападал бес и на домочадицу протопопа Офимью, Аввакум исцелил и ее.
В Тобольске у протопопа Аввакума была духовная дочь Анна. Она хотела, вопреки воле духовного отца, выйти замуж за первого хозяина, Елизара. Анна стала не слушаться Аввакума, и на нее начал нападать бее. Однажды девица заснула на молитве, спала три дня и три ночи. Проснувшись, поведала свой сон: ангелы велели ей во всем слушаться протопопа. Но когда его сослали из Тобольска, Анна все-таки вышла замуж за Елизара. Через восемь лет Аввакум ехал обратно. В это время Анна постриглась в монахини. Она во всем покаялась перед духовным отцом. Аввакум сначала сердился на Анну, но потом простил и благословил. Она потом тоже страдала за веру.
Еще Аввакум исцелял младенцев, страдавших грыжей. А в первые годы его служения Аввакума часто пугал бес, но священник преодолевал страх и отгонял беса.