Уже в 1939 году, после прихода Советских войск и установления Советской власти на территории Западной Украины, УГКЦ стала объектом пристального внимания НКВД. В то время НКВД открыто не препятствовала ее деятельности при условии, что УГКЦ не будет проводить антисоветской агитации, однако уже в 1939 УГКЦ попала в разработку НКВД, когда было заведено несколько оперативных дел. Так в 1939 году в Станиславской (теперь Ивано-Франковской области) УНКВД завело оперативное дело "Чума", по которому проходило около 20 украинских греко-католических священнослужителей и верующих. Во Львовской области в 1939 году заведено оперативное дело "Ходячие", в рамках которого под разработку НКВД попали более 50 человек, в их числе руководство УГКЦ - митрополит Андрей Шептицкий, епископы Иван Бучко и Мыкыта Будка, прелаты Л. Куницкий и А. Ковальский, каноник В. Лаба и архимандрит ордена "Студитов" Клементий Шептицкий, архиепископ Иосиф Слипой и другие. Также был проведен ряд арестов священнослужителей, некоторые из которых были осуждены на срок 6 лет (Й. Яримовыч, Настасов, С. Хабурский, Кудинович, Н. Иванчук, Иванчан).
В начале 1939 года во Львовской епархии группа священников, во главе с Климентием Шептицким, обсуждала вопрос об отходе от унии и создании "украинской народной церкви". Членами группы были священники Ковальский, Костельник, Притма и другие. Согласно замысла, главой церкви должен был стать митрополит А. Шептицкий, который был информирован о работе группы. О работе группы было известно и НКВД, который использовал это в своих целях.
Первоначальный план оперативной разработки и ликвидации УГКЦ был разработан НКВД еще в 1940-41 и 11.01.1941 утвержден Наркомом Внутренних Дел СССР Л. Берия. Первичной задачей был отрыв УГКЦ от Запада и в первую очередь от Ватикана путем создания автономной или автокефальной украинской церкви с последующим ее присоединением к РПЦ. После войны от промежуточной фазы создания украинской церкви НКВД отказалось и приступило к непосредственной ликвидации УГКЦ через ее объединение с РПЦ. В целом план был частью общей деятельности направленной на борьбу с УПА и ОУН, и любыми проявлениями украинского сепаратизма.
Сотрудничество с НКВД Г. Костельник начал в 1941 году, когда после обыска и последующего ареста своего сына, проведенного НКВД под видом милиции, Г. Костельник был вынужден пойти на контакт с УНКВД. Зная о натянутых личных отношениях с митрополитом А. Шептицким и И. Слепым, представители НКВД обсуждают с Костельником возможность создания автокефальной украинской церкви независимой от Рима. По заданию НКВД, Г. Костельник пишет ряд статей и реферат на данную тему.
В рамках мероприятий НКВД 1940-1941, планировалось спровоцировать раскол внутри церкви (между сторонниками восточного и западного обрядов), всячески дискредитировать руководителей церкви фактами их личной жизни, обвинить в нарушении канонических законов и злоупотреблении церковным имуществом, активизировать православных церковников на борьбу за присоединение униатов к РПЦ, в Верховном Совете УССР поднять вопрос о назначении уполномоченных по делам культов при облисполкомах. Отдельным положением в рамках мероприятий НКВД по отношению УГКЦ, начальнику 2-го отдела ГУГБ НКВД, комисару госбезопасности 3-го ранга Федотову было поручено организовать вместе с Наркомфином СССР налоговую схему для использования против духовенства УГКЦ - налогообложение духовенства в Западных областях УССР должно проводиться "по согласованию с местным аппаратом НКВД".
Первоначальные планы по ликвидации УГКЦ, путем создания украинской церкви с последующим присоединением ее к РПЦ, создавались НКВД в 1940-41, осуществлению планов помешала война. После 1945 года, ликвидацию УГКЦ уже планировлось провести без промежуточного создания какой-либо украинской церкви. Для придания собору легитимности и каноничности НКГБ рекомендовало Центральной Инициативной группе разослать приглашения на собор наиболее видным деятелям оппозиции, в том числе и брату умершого метрополита Андрея Шептицкого - настоятелю Студитских монахов Клименту Шептицкому. Всего таких приглашений было разослано 13, однако, не информруя об этом Центральную Инициативную группу, НКГБ приняло меры, чтобы противники воссоединения получили эти приглашения к концу работы собора. Все епископы УГКЦ, отказались участвовать в этом соборе. Большинство епископата УГКЦ впоследствии подверглись репрессиям.
иудаизм свобода совесть украина
Создание, так называемой Центральной Инициативной группы, во главе с д-ром Г. Костельником, по "воссоединению" греко-католической церкви с русской православной церковью было инспирировано НКГБ а рамках плана по ликвидации УГКЦ.
Финансирование, подготовка к проведению и непосредственное проведение собора в г. Львове в 1946 году, осуществлялось согласно плана по ликвидации УГКЦ, разработанного и утвержденного НКГБ СССР:
По рекомендации НГКБ, работа инициативной группы, подготовка и проведение собора УГКЦ финансировалось Наркоматом финансов СССР, через Совнарком УССР и экзархат русской православной церкви на Украине - в общей сумме было выделено около 500 тыс. рублей, из них на оперативные расходы НКГБ 75 тыс. рублей. После унии с РПЦ, начался катакомбный период УГКЦ, сопровождавшийся преследованиями духовенства и мирян УГКЦ, депортацией их в Сибирь и северные районы СССР. До 1990 г. епископы, священники и монахи УГКЦ, остававшиеся на Западной Украине, продолжали служить нелегально. По некоторым данным, число их прихожан насчитывало до 4 млн человек, которые были вынуждены совершать богослужения в частных домах и квартирах или посещать римско-католические храмы. Значительная часть верующих, оставаясь греко-католиками, посещала православные храмы Русской православной церкви. ’
В феврале 1990 г. после встречи в Ватикане президента СССР Михаила Горбачёва и Папы Иоанна Павла II был снят запрет на создание греко-католических общин и дано добро на их регистрацию и проведение богослужений. Большая часть храмов УГКЦ на Западной Украине, отданных после 1946 г. Русской православной церкви, вновь возвращена УГКЦ.
Сегодня по численности приходов на Украине УГКЦ уступает лишь Украинской православной церкви (Московского Патриархата) - УПЦ (МП). По состоянию на начало 2002 г., их было почти 3300. При этом подавляющее большинство приходов сосредоточены на Западной Украине.
29 августа 2005 г. начался новый период истории УГКЦ, ознаменовавшийся возвращением резиденции её главы из Львова в Киев. В этот день Папа Бенедикт XVI присвоил Предстоятелю УГКЦ новый церковный титул - Блаженнейший Верховный Архиепископ Киево-Галицкий. До этого, начиная с 23 декабря 1963 г., глава УГКЦ именовался Блаженнейшим Верховным Архиепископом Львовским; ещё перед этим, начиная с 1807 г., - Высокопреосвященнейшим Митрополитом Галицким; первоначальный же титул главы УГКЦ, начиная со времён Брестской унии, - Высокопреосвященнейший Митрополит Киевский и всея Руси. Однако, начиная ещё с 1960-х гг., само духовенство и миряне УГКЦ именуют Предстоятеля своей Церкви Блаженнейшим Патриархом Киево-Галицким и всея Руси. Официальные ватиканские власти этого титула не признают, однако и не возражают против его использования. Одна из главных целей современного руководства УГКЦ - добиться официального признания патриархата Ватиканом.
УПЦ (МП) указывает на то, что украинское государство, по её мнению, специально поощряет рост влияния УГКЦ в стране, её экспансию на Восток [источник?]. Именно с этим, как считает руководство УПЦ (МП), связано решение синода епископов УГКЦ о переносе резиденции главы УГКЦ в Киев, где уже некоторое время ведётся строительство Святовоскресенского Патриаршего Собора УГКЦ, в то время как львовские власти не позволяют начать строительство кафедрального храма УПЦ у себя в городе. УПЦ (МП) также указывает на то, что чрезмерное количество греко-католических монастырей и их насельников, а также учащихся учебных заведений, при отсутствии мест для служения на западе Украины, свидетельствует о неизбежности миграции униатского духовенства на Восток (в том числе и за пределы Украины). С Украинской Православной Церковью Киевского Патриархата и Украинской Автокефальной Православной Церковью УГКЦ поддерживает дружеские и тёплые отношения, реализует общие проекты и даже проводит совместные богослужения.
В начале 2006 года стало известно, что УГКЦ планирует провести учёт имущества, которое принадлежало церкви до её ликвидации в 1946 году, после чего планируется начать переговоры с нынешними владельцами этого имущества относительно его возвращения или возмещения его стоимости. Имущество, о котором идет речь, - это в основном храмы и помещения, которые принадлежали УГКЦ, а затем были частично национализированы либо переданы в собственность РПЦ. Часть этих помещений после 1990 уже была возвращена.
По мнению Украинской православной церкви Киевского патриархата (УПЦ КП), эти планы могут привести к обострению конфликта между УГКЦ и православными конфессиями на Западной Украине, к "повторению ситуации начала 1990-х годов с насильственным захватом храмов, помещений и кровопролитием". По мнению УПЦ КП, "православные церкви тоже могут требовать возвращения храмов, которые им принадлежали до подписания Брестской унии, а теперь находятся в собственности УГКЦ", так что УГКЦ вправе проводить учёт своего имущества лишь "с целью моральной реабилитации и документального восстановления исторической справедливости".