В своих показаниях Ильинов С. Л. заявлял об ориентации на Германию — страну, которая сумеет свергнуть Советскую власть. Она "способна" руководить страной и дать возможность "культурному процветанию" 30.
В годы Великой Отечественной войны положение существенно изменилось. Стало очевидным, что противопоставление верующих неверующим, непонимание (или не желание понять) того, что церковь способна внести в борьбу с агрессорами патриотический вклад, могло лишь отрицательно отразиться на борьбе народа против гитлеровских захватчиков.
Справедливости ради следует отметить, что еще 11 ноября 1939 г. при непосредственном участии И. В. Сталина было принято постановление Политбюро ЦК ВКП(б) "Вопросы религии", в котором говорилось: "По отношению к религии, служителям русской православной церкви и верующим, ЦК постановляет:
1. Признать нецелесообразной впредь практику органов НКВД СССР в части арестов служителей церкви, преследование верующих.
2. Указание тов. Ленина В.И. от 1 мая 1919 г. за №13666/2 "О борьбе с попами и религией", адресованное Председателю ВЧК Дзержинскому Ф. Э. и все соответствующие инструкции ОГПУ НКВД, касающиеся преследования служителей церкви и православных верующих, – ОТМЕНИТЬ.
3. НКВД СССР произвести ревизию всех осужденных и арестованных граждан по делам, связанным с богослужебной деятельностью. Освободить из-под стражи и заменить наказание, не связанное с лишением свободы осужденных граждан по указанным мотивам, если их деятельность не нанесла вреда Советской власти.
4. Вопрос о судьбе верующих, принадлежащих к другим конфессиям, ЦК примет решение дополнительно.
Секретарь ЦК И. В. Сталин" 31.
В 1941 году прекратил свое существование Союз воинствующих безбожников, насчитывавший 3 млн. членов, объединенных в 96 тысяч ячеек. Это было воспринято многими не как изменение форм антирелигиозной работы, а как сигнал к ее сворачиванию вообще.
С наступлением Великой Отечественной Войны Советская власть прекратила гонения не только на Православную Церковь, но и на секты, хотя в "черном списке" все еще находились свидетели Иеговы, пятидесятники, адвентисты седьмого дня, остатки хлыстов, Истинно Православная Церковь и Истинно Православные Христиане. Верующие разных конфессий были освобождаемы из заключения, им разрешалось заниматься религиозной деятельностью.
В 1942 году, после того, как Курск заняли немцы, жительница дома на пересечении улиц Троицкой и Красноармейской пригласила собираться у нее общине баптистов. Но надо было иметь разрешение на то, чтобы проводить служения в этом доме. Молодой баптист Артющенко Борис Тимофеевич и еще несколько членов братства обратились с просьбой в полицейский участок за разрешением. Немцы разрешили собираться в этом доме. Кроме баптистов, в этом доме собирались евангельские христиане, и вскоре эти две общины объединились в одну.
С 1943 года евангельские христиане и баптисты ушли с улицы Красноармейской после того, как в освобожденный Курск вернулись хозяева дома. Они начали собираться на улице Раздельной (сейчас ул. Малых) у баптисткиАнастасии Иосифовны Рязанцевой. Она отдавала большую комнату в своем доме под собрание верующих.
В это время собрания посещала пожилая женщина, лет 70 - наставница Елена Владимировна. Она переехала в Курск с Украины. Там она несла служение учителя воскресной школы.
В этом году в пресвитера был рукоположен Петрухин Степан Иванович. Община евангельских христиан и баптистов насчитывала семь диаконов: Кондашова Николая Фёдоровича, Пузанова Ивана Дмитриевича, Роколина Михаила, Волгина Степана, Каширцева Алексея Григоровича, Тоболина Макара Викторовича и Шевелёва Константина Ивановича.
Надо сказать, что во время второй мировой войны среди баптистов и евангельских христиан вновь усиливается стремление к единству. В 1944 году представители общин евангельских христиан: М. А. Орлов, А. Л. Андреев, Я. И. Жидков, А. В. Карев и В. Н. Урштейн и баптистов – М. И. Галяев, И. А. Левиндато и П. И. Малин собрались вместе и решили созвать в октябре 1944 года в Москве объединительный съезд обоих течений. С 26 по 29 октября в Москве состоялся съезд представителей религиозных объединений евангельских христиан и баптистов. Присутствовало на съезде 47 человек (28 евангелистов и 19 баптистов). После длительных переговоров было принято решение о создании объединенного Союза евангельских христиан и баптистов с Всесоюзным Советом, как руководящим органом, с пребыванием его в Москве.
В состав Всесоюзного Совета вошли наиболее видные руководители евангельских христиан и баптистов: председатель – Я. И. Жидков, его заместители: М. И. Галяев, М. А. Орлов, члены – И. А. Левиндато, Ф. Г. Патковский, А. Л. Андреев, П. И. Малин и секретарь Совета - А. В. Карев.
Объединение состоялось на следующих условиях:
1. Из двух Союзов - Союза евангельских христиан и Союза баптистов - на всей территории СССР образуется один союз: Союз евангельских христиан и баптистов.
2. Руководящим органом Союза евангельских христиан и баптистов является ВСЕХиБ.
3. Из среды членов ВСЕХиБ избираются: председатель, два его заместителя, секретарь и казначей, составляющие президиум Совета.
4. ВСЕХиБ имеет свою печать с надписью: "Всесоюзный Совет евангельских христиан и баптистов" со словами внутри круга: "Один Господь, одна вера, одно крещение".
5. Евангельские христиане и баптисты, существовавшие до слияния союзов раздельно, отныне сливаются в единые общины. Общины, существовавшие отдельно, как общины евангельских христиан или как общины баптистов, отныне входят в один Союз.
6. Каждая община, входящая в Союз евангельских христиан и баптистов, носит наименование: (такая-то) община евангельских христиан и баптистов.
7. Все общины евангельских христиан и баптистов должны, по возможности, иметь рукоположенных пресвитеров и диаконов.
8. В каждой общине крещение, хлебопреломление и бракосочетание совершается рукоположенными пресвитерами. Но при отсутствии таковых эти действия могут совершаться и не рукоположенными членами общины, однако только по поручению собрания.
9. Крещение и бракосочетание, совершаемые как с возложением рук, так и без возложения их на крещаемых и брачущихся, имеют одинаковую силу. Но для достижения полного единства в практике общин рекомендуется совершение крещения и бракосочетания с применением возложения рук, рассматривая это действие как род торжественной молитвы о благословении, причем возложение рук на крещаемых, если таковых более двух лиц, совершается путем поднятия рук над ними с произнесением соответствующей молитвы.
10. Вечеря Господня или хлебопреломление может совершаться как путем разламывания хлеба на множество мелких частей, так и путем разламывания на две, три или несколько крупных частей. Хлеб и вино принимаются членами общины стоя, выражая этим свое благоговение.
В августе 1945 г., состоялось объединение христиан веры евангельской (пятидесятников) с евангельскими христианами баптистами, т. к. первые не смогли организовать свой самостоятельный союз. 19-25 августа в лице своих представителей: Д.И. Пономарчука, А.И. Бидаша, И.К. Панько и Вашкевича они подписали соглашение о единении. Тогда же состоялось присоединение баптистов и евангелистов Эстонии, Латвии и Литвы.
С 1945 года Страшим Пресвитером (епископом) по Курской области стал приехавший из Москвы Василий Тихонович Пелевин, плодом его деятельности стало восстановление общин ЕХБ, которые были разрушены в годы репрессий. С того же года члены курской общины ЕХБ ушли с улицы Раздельной и начали собиратьсяв бывшей Казацкой слободе у женщины по фамилии Удаловой. В 1947 году евангельские христиане и баптисты собирались на ул. Красноармейской, а с 1954 года – по адресу ул. Красная Линия, 26.
С 1943 года постоянная комиссия по рассмотрению культовых вопросов была преобразована в Совет по делам Русской Православной Церкви, а в 1944 году в дополнение к. нему создается Совет по делам религиозных культов (СДРК) при Совете Министров СССР. На местах также работают по два уполномоченных этих Советов. Совет по делам религий при Совете Министров СССР и Совет по делам Русской Православной Церкви осуществляли контроль над правильным соблюдением законов о культах центральными и местными органами власти и прочими организациями в стране, а также религиозными объединениями всех вероисповеданий. Эти государственные организации были связующим звеном между Правительством СССР и религиозными объединениями по вопросам, требующим разрешения Правительства СССР; занимались решением практических вопросов, связанных с созданием нормальных условий для удовлетворения религиозных потребностей верующих; вносили на рассмотрение соответствующих государственных органов предложения о необходимых изменениях и дополнениях действующего законодательства о культах 32.
В это время начинают происходить нестроения в рядах евангельских христиан баптистов. Новый союз (ВСЕХБ) воспринимался ими очень неоднозначно, и его законность представлялась многим сомнительной, да и участие властей в его создании было слишком уж явным. Некоторые группы, вступив в союз, через некоторое время полностью разочаровались и вышли из него. Другие же, напротив, благодарили Господа за то, что церкви вновь открываются и можно снова беспрепятственно молиться Богу.
Отказ в регистрации и снятие с нее зачастую был связан с не угодностью местным властям избранных общиной служителей. Поставление и утверждение пресвитеров или их снятие происходило с одобрения властей (уполномоченных СДРК). Так же происходило и утверждение или снятие старших пресвитеров ВСЕХБ, что являлось прямым вмешательством государства во внутренние дела ЕХБ.