Япіскапы Апанас і Сьцяпан націскалі на справу павароту мітр. Панцялеймана ў Менск для кіраўніцтва царквой, а роўна – для старшынства на саборы. На новыя захады ўладыкаў па гэтай справе, гэнэральны камісар у сваім лісьце з 19 жніўня пісаў уладыкам: “Аб адчыненьні царкоўнага сабору мітрапалітам Панцялейманам ня можа быць гутаркі, бо ягоная прысутнасьць у Менску застаецца непажаданай. Саборам кіруе заступнік мітрапаліта архіяпіскап Філафей".
Нямецкія ўлады зьвярталі вялікую ўвагу на арганізацыйны бок Беларускай Царквы і асабліва чула адносіліся да ейнага статуту. Апрацаваны і зацьверджаны саборам япіскапаў у сакавіку 1942 г. статут быў прадстаўлены ў гэнэральны камісарыят, але ня быў там апрабаваны. У лісьце з 18 жніўня гэнэральны камісарыят пісаў: „Прадстаўленыя мне для апрабаты статуты не маглі атрымаць прошанай у мяне згоды. У сваіх паасобных пастановах яны ня толькі ня сумесны з пажаданым з боку дзяржавы праўным становішчам царквы, але няпрыдатныя наагул ува ўсім сваім уняцьці".
У іншым лісьце гэнэральны камісарыят пісаў у справе праекту статуту царквы: „Я адмаўляю ў маім дазволе на даручаны мне 3 верасьня 1942 г. праект статуту. Я пазбаўляю яго праўнай сілы для Беларускай Праваслаўнай Царквы і забавязваю Вас неадкладна прадставіць новы праект статуту. Прадстаўленаму праекту статуту павінна быць адмоўлена ў дазволе ўжо таму, што § 1 паказвае назву ня згодную з дзяржаўнымі прадумовамі Праваслаўнай Царквы на Беларусі. Статут павінен мець выразную акрэсьленасьць – для „Аўтакефальнай Беларускай Праваслаўнай Царквы" і іншы назоў царкоўнай арганізацыі недапушчальны. § 7 не бярэ пад увагу дзяржаўнай забароны хрышчэньня жыдоў і павінен быць адпаведна зьменены. Тытул мітрапаліта, устаноўлены у § 14, патрабуе зьмены дзеля таго, што ён павінен тытулавацца мітрапалітам Аўтакефальнай Беларускай Праваслаўнай Царквы. §? 67 і 70 павінны быць зьмененыя, каб у іх ясна паказалася, што юрыдычная сіла царквы ў шлюбных справах правамоцна толькі ў царкоўных дачыненьнях і не закранае забясьпечанага для сябе праз дзяржаву права юрыдычнага законадаўства ў шлюбных сггравах. 5 80 належыць зьмяніць, бо арганізацыя рамесьніцкіх прадпрыемстваў цэрквамі, ці манастырамі, кожны раз патрабуе асобнага дзяржаўнага дазволу. § 81 павінен грунтавацца на факце, што навучанне дзяцей рэлігіі адбываецца ня ў школах і па-за гадзінамі навучальнага пляну дзяржаўных школаў. § 83 належыць зьмяніць у тым сэнсе, што брацтва для сваей дзейнасьці так сама патрабуе асобнага дзяржаўнага дазволу. § 87 павінен даваць для царквы права адчыняць школы толькі рэлігійнага сэктару. § 90 належыць скрэсьліць, бо дзяржаўная дапамога можа быць дадзена для духоўнай акадэміі толькі па адумысловай прозьбе, але ня можа быць прынята за права царквы. Дзеля тэй самай прычьгаы належыць скрэсьліць § 96, а § 99 належыць зьмяніць, бо навучальная праграма так сама патрабуе дзяржаўнай апрабаты. § 108 належыць скрэсьліць". „§ б трэба адкінуць, бо ня можа быць і гутаркі аб дзяржаўным прызнаньні ўсіх царкоўных сьвятаў за дзяржаўныя сьвяты; наадварот, дзяржаўным уладам прадстаўляецца права пастанавіць, якія царкоўныя сьвяты будуць прызнаныя таксама і дзяржаўнымі днямі адпачынку. § 8 мае ў сабе абмяжаваньне зямельных надзелаў не да прыняцьця і дзеля таго патрабуе новай фармуліроўкі. Пры новым фармуляваньні § 10 гроба прыняць, што ўтрыманьне магільнікаў толькі для аднаго веравызнаньня магчыма толькі ў некаторых прыходах, гдзе ўсе прыхаджане належуць толькі да аднаго веравызнаньня; у той-жа час, у іншых прыходах, а перадусім у вялікіх гарадох, дзяржаўная ўлада пакідае за сабой права ўстанаўленьня магільнікаў па-за веравызнаньнямі – пад гарадзкім кіраўніцтвам. Пытаньне аб праве царквы на грашовую дапамогу павінна быць адкінена. § 16 належыць скрэсьліць".
Нямецкая акупацыйная ўлада зводзіла царкву на падпарадкаванае сабе становішча, а пры гэтым пазбаўляла яе магчымасьці шырэй уплываць узгадаваўча на моладзь праз школы. Паводля нямецкай палітыкі, узгадаваньне моладзі павінна было знаходзіцца ў ру-ках школьных аддзелаў пад непасрэдным нямецкім кіраўніцтвам. Былі выпрацаваныя школьныя праграмы навучаньня і ўзгадаваньня моладзі паводля нямецкіх дырэктываў. Навучаньне рэлігіі і царкоўнае ўзгадаваньне са школаў былі поўнасьцю выэлімінаваныя. Заместа навучаньня рэлігіі і асноў хрысьціянскай маралі, школы прышчэплівалі моладзі неопаганскія погляды, супярэчныя хрысьціянству. У прадмеце гісторыі Беларусі і беларускай культуры роля Праваслаўнай Царквы насьвятлялася ня згодна з гістарычнай праўдай і на шкоду для царквы.
Беларуская Народная Самапомач аказывала дапамогу ў арганізацыйнай галіне падрыхтоўкі да сабору, асабліва па акругах і паветах. Акруговыя кіраўнікі БНС, як і паасобныя ейныя працаўнікі, шмат увагі і энэргіі прысьвяцілі справе падрыхтоўкі на мясцох, як: на Слонімшчыне – Рыгор Зыбайла, у Вялейшчыне – Канстанцін Касяк, у Баранавічах – Васіль Кендыш, у Наваградчыне – Канстанцін Якуцэвіч, у Глыбоччыне – Гінько і інш.
На вызначаны тэрмін пачалі прыбываць у Менск дэлегаты, выбраныя на сабор. Аднак, сабор ня быў адчынены ў вызначаным тэрміне. Уладыкі: Апанас і Сьцяпан рабілі захады аб прыбыцьці мітр. Панцялеймана. Калі ўсякая надзея на гэта была згублена, то ўладыкі пастанавілі паслаць да мітрапаліта дэлегацыю дзеля атрыманьня ад яго пісьмовага ўпаўнаважаньня для арх. Філафея старшынстваваць на саборы. Дэлегатамі езьдзілі прат. Балай і С. Мэнгель. Мітр. Панцялейман, па высьвятленьні справы, напісаў арх. Філафею наступны ліст: „У выніку маей немагчымасьці, па незалежных ад мяне абставінах, прыбыць на Сабор, на скліканьне якога, згодна Вашаму жаданьню, я даў сваю згоду, я даручаю Вам давесьці ўсю справу да канца і старшынстваваць на Саборы, калі ён адбудзецца, як Вы мяне аб гэтым просіце. Пакладаюся на Вашу япіскапскую сумленнасьць і мудрасьць, якія, спадзяюся, дадуць мне магчымасьць зацьвердзіць пастановы, выпрацаваныя на Сабраньні духавенства і міранаў пад Вашым старшынствам. Мітрапаліт Панцялейман, 29-га жніўня 1942 г. м. Ляды, Смалявіцкага раёну".
Дня 30 жніўня 1942 г. распачаліся паседжаньні аўтакефальнага Ўсебеларускага Праваслаўнага Сабору ў Менску. Сабор распачаўся малебнам у Прачысьценскім саборы жаночага манастыра. Перад малебнам арх. Філафей сказаў слова аб значаньні Сабору. Непасрэдна пасьля службы, у тэй-жа царкве адбылося адчыненьне паседжаньняў Сабору. Сабор адчыніў і быў яго старшынёй арх. Філафей. У Прэзыдыюм Сабору былі запрошаныя арх. Філафеям: яп. Апанас, ял. Сьцяпан, архім. Серафім, прат. Я. Балай, прат. Гарбацэвіч, судзьдзя П. Сьвірыд, магістар багаслоўя Дземьянчонак, прадстаўнік Галоўнай Управы БНС д-р Валькевіч. Сакратарамі Сабору былі: прат. А. Апанасэвіч і сьв. М. Сеўба.
На пачатку была выбраная мандатная камісыя з духоўных і сьвецкіх дэлегатаў, якая спраўдзіла паўнамоцтвы ўдзельнікаў Сабору. Падчас спраўджаньня мандатаў быў зроблены: перапынак паседжаньня. Мандатная камісыя дала справаздачу са сваей працы па ўзнаўленьні паседжаньня. У Саборы прымалі ўдзел:
1. архіяпіскап Магілеўскі і Мсьціслаўскі Філафей, заступнік мітрапаліта ўсяе Беларусі;
2. япіскап Віцебскі і Полацкі Апанас;
3. япіскап Смаленскі і Бранскі Сьцяпан;
4. ад духавенства Наваградзка-Баранавіцкай епархіі было прысутных 17 дэлегатаў;
5. ад духавенства Менскай епархіі было 26 дэлегатаў;
6. ад міранаў Наваградзка-Баранавіцкай епархіі былі 22 дэлегаты;
7. ад міранаў Менскай епархіі былі 42 дэлегаты;
8. ад міранаў Смаленшчыны быў прысутны 1 прадстаўнік;
9. сябры Прэдсаборнай Камісыі прымалі ўдзел з дарадчым голасам, займаючы асобныя мейсцы збоку. Сябры Прэдсаборнай Камісыі, выбраныя дэлегатамі ад сваіх прыходаў, мелі права вырашальнага голасу.
На паседжаньнях Сабору былі прысутныя госьці і карэспадэнт „Беларускай Газэты" – У. Казлоўскі, якія былі назіральнікамі паседжаньняў.
На Саборы была прадстаўлена арганізаваная Беларуская Праваслаўная Царква, знаходзячаяся ў межах Гэнэральнага Камісарыяту Беларусі. Горадзенская епархія была адлучаная ад Беларусі, уключана ўва "Усходнюю Прусыю і ей было забаронена нямецкімі акупацыйнымі ўладамі зносіцца з Беларускай Мітраполіяй; таму Горадзенская епархія ня прымала ўдзелу ў аўтакефальным Саборы Віленшчына і Смарганшчына былі аддзеленыя ад Беларусі і прылучаныя да Літоўскага Камісарыяту з тым, што ў царкоўных дачыненьнях яны не падпарадкаваліся Беларускай Мітраполіі і таму ня мелі магчымасьці прымаць удзелу ўва Усебеларускім Саборы. Берасьцейская і Пінская епархіі былі аддзеленыя ад Беларусі і далучаныя да Дзяржаўнага Камісарыяту Ўкраіны і па тых самых прычынах не маглі прымаць удзелу ўва Усебеларускім Праваслаўным Саборы. Тотальныя вынішчэньні Праваслаўнай Царквы бальшавікамі ўва Ўсходняй Беларусі былі такія вялізныя, што за адзін год нельга было адбудаваць царквы на ўсходніх абшарах Беларусі, чаму перашкаджалі ваенныя дзеяньні і асаблівыя ўмовы ваеннай зоны; таму з гэтых абшараў нельга было мець прадстаўніцтва на Саборы, падобнага прадстаўніцтву ад арганізаванай Беларускай Царквы з заходняй часткі краю.
У першы дзень паседжаньня Сабору быў прачытаны прат. Я. Балаём рэфэрат на тэму: “Кананічныя асновы аўтакефаліі". У рэфэраце былі прадстаўленыя прэдпасылкі патрэбныя для правядзеньня аўтакефаліі згодна з канонамі Усяленскай Праваслаўнай Царквы; былі пададзеныя выпадкі арганізацыі самастойных цэркваў без дапільнаваньня ўсіх асноўных кананічных вымаганьняў; на заканчэньне былі насьветленыя абставіны, існуючыя ў сучаснасьці на Беларусі і зроблены выснаў, што цяпер маюцца ў наяўнасьці ўсе асновы для кананічнага правядзеньня аўтакефаліі Беларускай Праваслаўнай Царквы.
Наступна быў прачытаны прат. I. Кушнерам рэфэрат на тэму: „Пытаньне аўтакефаліі на Беларусі". У рэфэраце быў пададзены поўны гістарычны нарыс Праваслаўнай Царквы на Беларусі, з адзначэньнем тых пэрыодаў, калі яна існавала, як самастойная, аўтакефальная царква.