Пасьля вывазу мітрапаліта Панцялеймана ў Ляды, царкоўнымі справамі пачаў кіраваць ягоны заступнік арх. Філафей. Беларускі актыў спадзяваўся цяпер хуткага правядзеньня аўтакефаліі і беларусізацыі царквы. Але, калі не рабіліся ніякія захады ў азначаных справах, то, па некаторым часе, за сутэстыяй беларускага актыву, была склікана ў мітрапалітальным доме нарада. Апрача ўспамінаных раней беларускіх актывістых, арх. Філафей запрасіў на нараду асоб з прорасейскай арыентацыей, супраціўных беларусізацыі і аўтакефаліі царквы на Беларусі, як: прат. Віталі Багаткевіч, інж. Аўген Малевіч і інш. На гэтай нарадзе бальшыня высоўвала патрэбу праводжаньня беларусізацыі і аўтакефаліі Беларускай Царквы. Супроцьставячыся гэтаму выступалі запрошаныя арх. Філафеям русафілы. Сам арх. Філафей заняў становішча захаваньня існуючага стану ў царкве, бо, як ён гаварыў, маюцца розныя і процілежныя погляды, таму належыць лепш запазнацца з цэласьцяй спраў і не сьпяшацца са зьменамі ў царкоўным жыцьці.
Справы беларусізацыі і правядзеньня аўтакефаліі Беларускай Праваслаўнай Царквы ўздымаліся на паседжаньнях Цэнтральнай Рады Беларускай Народнай Самапомачы, да якой належыў і арх. Філафей. Аднак, арх. Філафей заўсёды даваў вымінаючыя адказы, адкладваючы на пазьней пытаньні царквы, а часамі – проста апушчаў паседжаньні рады, калі царкоўныя пытаньні ўспомненага вышэй характару ўзьнікалі на нарадах БНС.
Пераканаўшыся ў лявіраваньні арх. Філафея па аснаўных справах Беларускай Царквы. беларускія актывістыя пачалі дзеіць больш настойліва. У хуткім часе імі былі пададзеныя арх. Філафею два мэмарандумы. У першым з іх прапанавалася назначэньне сьвятароў беларусаў сябрамі Менскай Духоўнай Кансысторыі і замена русафільскай часткі менскага духавенства на ведамых беларускіх сьвятароў, прозьвішчы якіх былі пададзеныя ў мэмарандуме.
У другім мэмарандуме высоўваліся наступныя пастуляты: 1) аформіць мітрапалітальную раду; 2) неадкладна камандыраваць япіскапаў на епархіі: Сеўбу ў Смаленск, а Навіцкага ў Магілеў; 3) высьвяціць архірэя для Полацкай епархіі; 4) арганізаваць духоўныя кансысторыі пры архірэях – па 3 сьвятары беларусы; 5) правесьці рэгістрацыю ўсіх благачынных па мітраполіі да 10 ліпеня, з мэтай перамяшчэньня іх, звальняючы расейцаў і прызначаючы беларусаў; 6) арганізаваць пры архірэях рады з асобаў духоўных і сьвецкіх, нацыянальна сьведамых беларусаў; 7) у кожнай епархіі арганізаваць пастырскія курсы для падрыхтоўкі кандыдатаў беларусаў у сьвятары; 8) камандыраваць духавенства з заходніх абшараў Беларусі на ўсходнія і арганізаваць благачыньні на ўсходзе; 9) вызначыць камісыю для перагляду і магчымай перапрацоўкі статуту, запрапанаванага Гэнэральнаму Камісару Беларусі; 10) вызначыць камісыю для перагляду гаспадарчай справы мітраполіі; 11) вызначыць рэдакцыю для духоўнага воргану і выдаваць яго месячна.
Арх. Філафей уважаў сваё становішча пэўным у нямецкіх уладаў. Ён пашоў па лініі задаваленьня дробных спраў, абмінаючы асноўныя пытаньні парушаныя ў мэмарандумах, як: беларусізацыя і афармленьне аўтакефаліі Беларускай Царквы. Ён прызначыў сьв. М. Лапіцкага сябрам менскай кансысторыі і настаяцелям чыгуначнай царквы ў Менску; сьв. Н. П, з вышэйшай багаслоўскай асьветай, ён звольніў з настаяцельства чыгуначнай царквой, абяцаючы назначыць яго настаяцелям прыходу на правінцыі, калі будзе вольны прыход, а тым часам пакінуў зусім бяз прыходу і бяз прызначэньня. Гэта былі шыканы сьв. П. за тое, што ён найболып настойліва са сьвятароў дамагаўся зьменаў у царкоўным жыцьці. На рэшту дамаганьняў арх. Філафей адказаў, што ён іх выканаць ня можа, бо яны належуць да кампэтэнцыі мітрапаліта, а ён не зьяўляецца мітрапалітам. Аднак, такая аргумэнтацыя не пераконывала актыву, бо згодна дэкрэту мітр. Панцялеймана арх. Філафей выконываў абовязкі мітрапаліта ў іх поўным абсягу, як заступнік. Ад гэтай пары было ясным, што папярэдняя барацьба паміж арх. Філафеям і мітр. Панцялейманам, збо-ку першага, мела асабісты амбіцыйны характар – асягнуць кіраўнічае становішча ў царкве, а ня была вынікам нацыянальнай ідэолёгіі. Арх. Філафей абапіраўся на русафільскім духавенстве, як і мітр. Панцялейман. Па выезьдзе сьв. М. Лапіцкага з Менску, на яго мейсца зараз-жа быў прызначаны арх. Філафеям русафіл сьв. Віталі Багаткевіч. Сьв. В. Багаткевіч прыехаў у Менск і распачаў працу ў кансысторыі ды службу ў чыгуначнай царкве. Аднак, ён хутка зарыентаваўся аб настаўленьні і ўплывах на справы беларускага нацыянальнага актыву ў Менску і не захацеў тут заставацца. Па ягоным хуткім выезьдзе арх. Філафей прызначыў на тыя самыя становішчы сьв. М. Сеўбо, неактыўнага на грамадзкім грунце. Аднак, і гэты духаўнік не захацеў застацца на даўжэй у Менску.
Па непраўдзівых даносах з расейскіх крыніцаў сьв. Н. Пыск быў арыштаваны немцамі і пасаджаны ў Вялейскую турму, а па некаторым часе дэпартаваны праз СД у Асіпавічы, на Ўсходняй Беларусі, дзе прабываў пад сталым наглядам СД, без права выезду.
3 гутарак нацыянальнага актыву з яп. Апанасам вынікала, што япіскап Апанас абмінаў пытаньне шырокай беларусізацыі царквы, цьвердзячы, што ён прапаведуе пабеларуску, ды іншыя духаўнікі ўжываюць беларускую мову, а большага нічога зараз зрабіць нельга; адносна афармленьня аўтакефаліі яп. Апанас уважаў, што фактычна Беларуская Царква зараз існуе, як самастойная і гэтага хапае, а афармленьне аўтакефаліі належыць праводзіць па ўнармаваньні палітычнага палажэньня па сканчэньні вайны. Найважнейшым зьяўляецца ўтрымліваньне царквы ў поўнай згодзе з канонамі; а з бягучых спраў яп. Апанас уважаў за найважнейшую неабходнасьць – паварот мітр. Панцялеймана ў Менск для кіраўніцтва царквой. Праводжаньне расейскага напрамку ў Беларускай Царкве праз мітр. Панцялеймана – існуе толькі ўва уяўленьні нецаркоўных нацыяналістых, якія наагул не павінны ўмешвацца ў царкоўныя справы, цьвердзіў яп. Апанас.
22 чэрвеня 1942 г. была устаноўленая Гэнэральным Камісарам Беларусі інстытуцыя беларускіх мужоў даверу пры аддзелах Гэнэральнага Камісарыяту: культуры і палітыкі, асьветы і прапаганды, з галоўным мужам даверу пры Гэнэральным Камісары, якім быў прызначаны д-р Іван Ермачэнка.
Праграма дзейнасьці Беларускай Народнай Самапомачы была пашыраная і яна атрымала магчымасьць праводзіць працу палітычнага характэру. Акруговыя кіраўнікі БНС былі ўстаноўленыя дараднікамі пры акруговых камісарах. БНС атрымала магчымасьць агранізаваць Беларускую Самаахову – збройныя сілы для барацьбы з бальшавіцкімі бандамі на Беларусі.
Беларускі муж даверу пры аддзеле культуры і палітыкі меў у сваім абсягу і царкоўныя справы. Дзеля поўнай ігнарацыі ўладыкамі справы афармляньня аўтакефаліі Беларускай Праваслаўнай Царквы і немагчымасьць ўплынуць на іх па нутраной беларускай лініі, – муж даверу пры аддзеле культуры і палітыкі Гэнэральнага Камісарыяту, інж. I. Касяк. зрабіў па гэтаму пытаньню даклад кіраўніку палітычнага адзелу Юрдзе. На прозьбу Юрды гэты-ж муж даверу падрыхтаваў і даручыў яму плян правядзеньня аўтакефаліі згодна з канонамі праваслаўных цэркваў, шляхам усебеларускага праваслаўнага сабору, пры ўдзеле япіскапату і выбраных прадстаўнікоў ад духавенства і вернікаў ад існуючай царквы на ўсім абшары Беларусі; сабор меў прыняць адпаведную пастанову, статут царквы і звароты да Мацеры Царквы Беларускай у Канстантынопалі і да ўсіх праваслаўных самастойных цэркваў, з просьбай аб прызнаньні і прыняцьці Беларускай Царквы ў малітаўнае сужыцьцё. Па атрыманьні прыхільных адказаў мела адбыцца ўрачыстае абвешчаньне аўтакефаліі Беларускай Праваслаўнай Царквы. Сабор мелі папярэдзіць працы прэдсаборнай камісыі, якая павінна падрыхтаваць асноўныя матар'ялы для сабору.
Юрда высунуў думку правядзеньня аўтакефаліі абмінаючы скліканьне Усебеларускага Сабору, шляхам пастановы япіскапаў, на падабенства выкананай аўтакефаліі Праваслаўнай Царквы ў былой Польшчы. Муж даверу быў супроць непаважнага шляху па польскаму прыкладу і радзіў кананічны шлях праз скліканьне сабору.
У Гэнэральным Камісарыяце было пераконаньне, што Беларуская Царква ўжо поўнасьцю аформлена, як аўтакефальная. Даведаўшыся аб адваротным Юрда стаў дамагацца ад арх. Філафея афармленьня аўтакефаліі. Па гэтаму пытаньню адбываліся нарады япіскапаў. Пры гэтых нарадах япіскапы Апанас і Сьцяпан, як найважнейшую справу стаўлялі дамаганьне неадкладнага павароту мітрапаліта Панцялеймана ў Менск для кіраўніцтва царквой і гэта рабілі прадумовай для скліканьня сабору. Арх. Філафей быў супроць павароту мітрапаліта. Пасьля доўтіх дыскусыяў усе тры уладыкі, на пачатку ліпеня 1942 г., прынялі наступную саборную пастанову: 1) Зьвярнуцца з пісьмовай прозьбай да гэнэральнага камісара Беларусі, прымаючы пад увагу 34 правіла сьвятых Апосталаў і 9 правіла Анціяхійскага Сабору, дазволіць мітрапаліту ўсей Беларусі Панцялейману вярнуцца з адпачынку для выконваньня сваіх функцыяў мітрапаліта Беларускай Царквы, каб можна было склікаць Сабор Япіскапаў і Ўсебеларускі Сабор для вырашэньня справы аўтакефаліі Беларускай Царквы, згодна з канонамі. 2) Зьвярнуцца з пісьмоваю саборнаю прозьбаю да мітрапаліта Панцялеймана прыехаць у Менск для выконваньня сваіх абавязкаў, дзеля важнасьці і неадкладнасьці царкоўных спраў, а пераважна для вырашэньня справы аўтакефаліі". Гэту пастанову падпісалі: арх. Філафей і япіскапы: Апанас і Сьцяпан. Згодна з гэтай пастановай быў скіраваны ліст да Гэнэральнага Камісара за подпісам усіх трох уладыкаў, на што быў атрыманы вусны адказ, што ўсе справы сабору павінен падрыхтоўваць арх. Філафей, як заступнік мітрапаліта, разам з япіскапамі.
Незадаволеныя гэтым адказам япіскапы, дня 16 ліпеня, прынялі новую пастанову: “1) Зьвярнуцца да гэнэральнага камісара Беларусі з лістом, у якім зазначыць, што для правамочнасьці пастаноў Сабору Япіскапаў і Царкоўнага Сабору – іх павінен узгалаўляць сам мітрапаліт, згодна з канонамі Праваслаўнай Усяленскай Царквы; 2) адначасна прасіць дазволіць мітрапаліту Панцялейману часова жыць у Менску ў мітрапалічым доме падчас саборных спраў; 3) дазволіць мітрапаліту Панцялейману прыехаць у Менск на 17 ліпеня г. г. на паседжаньне Сабору". Згодна з гэтай пастановай, за подпісам трох ўладыкаў быў высланы ліст у гэнэральны камісарыят, на што быў атрыманы з палітычнага аддзелу наступны адказ: “Мітрапалітальная праваслаўная курыя ў Менску. Я не магу пагадзіцца з Вашай думкай аб кананічна-праўнай кампэтэнцыі сабраньня япіскапаў. Я не лічу неабходнай асабістую прысутнасьць мітрапаліта Панцялеймана ў Менску для правядзеньня неабходных пастаноў, кананічна ня выклікаючых супраціваў для абвешчаньня аўтакефаліі, і ўважаю сынод, у яго сучасным складзе, дастаткова правамоцным прымаць адпаведныя пастановы.