Пройдя долгий и трудный путь, кыргызское войско достигает границ китайского государства. Оставив войско на привале, Алмамбет, Сыргак, Чубак и Манас отправляются на разведку. Проникнув вглубь территории врага, они угоняют многочисленные табуны. Китайские отряды устремляются в погоню за угонщиками. Завязывается битва, кыргызам удается разбить и рассеять многотысячное вражеское войско. Китайцы выплачивают им дань и заявляют о желании заключить мир. Манас великодушно решает пощадить Конурбая и остальных китайских вельмож. Но Конурбай не мог смириться с поражением и по одному убивает лучших кыргызских батыров. Погибают Алмамбет, Чубак и Сыргак. Тайно проникнув в боевую ставку Манаса, Конурбай наносит богатырю смертельную рану, ударив его в спину копьем, когда безоружный батыр совершал утренней молитвы багымдат намаз. Вернувшись на родину, Манас не может оправиться от раны и умирает. Каныкей хоронит богатыря в кумбезе. Трагическая концовка первой части трилогии достигает реалистичной достоверности. В предсмертном завещании Манаса говорится о родоплеменных распрях, ослаблении мощи объединённого Манасом кыргызского народа. Рождение сына Манаса — Семетея уже предопределяет в будущем отмщение за поражение отца. Так возникла вторая, идейно и сюжетно связанная с первой частью поэма, посвящённая жизнеописанию и подвигам сына Манаса Семетея и его сподвижников, которые повторяют героизм своих отцов и добиваются победы над иноземными захватчиками.
Не проходит и сорока дней после смерти Манаса, как Жакып начинает требовать, чтобы Каныкей была отдана в жёны одному из сводных братьев Манаса. На место Манаса приходит его сводный брат Кобеш, который притесняет Каныкей и стремится уничтожить младенца Семетея. Каныкей вынуждена бежать с младенцем к своим родственникам. Семетей растёт, не ведая о своём происхождении. Достигнув шестнадцатилетнего возраста, он узнаёт о том, что является сыном Манаса и выражает желание вернуться к своему народу. Он возвращается в Талас, где находилась ставка его отца. Враги Манаса, среди которых были сводные братья Абыке и Кобеш, а также предавшие его дружинники погибают от руки Семетея. Батыр женится на Айчурёк, с которой был помолвлен ещё до рождения, по обещанию Манаса. Он совершает набеги на китайскую территорию и в единоборстве убивает Конурбая, отомстив ему за смерть отца. Семетея предает Канчоро, вступивший в сговор с врагом Кыясом. Получив смертельное ранение от Кыяса, Семетей внезапно исчезает. Его преданный соратник Кюлчоро попадает в плен, а Айчурёк становится добычей врагов. Предатель Канчоро становится ханом. Айчурёк ждет ребёнка Семетея, но об этом никто не догадывается.
Героическая поэма «Семетей» — наиболее часто исполняемый цикл трилогии. Мужественные герои поэмы также становятся жертвами несправедливости, но виновниками их гибели оказываются не иноземные захватчики, а внутренние враги.
Эпическому повествованию о борьбе против внутренних врагов посвящена третья часть «Манаса» — «Сейтек». Она повествует о богатыре Сейтеке, внуке Манаса и является логическим продолжением предшествующих частей. В этой части присутствует та же идейная основа, связанная с желанием сохранить единство народа, избавиться от внешних и внутренних врагов и добиться мирной жизни. Сюжетную основу эпоса «Сейтек» составляют следующие события: воспитание Сейтека в стане врагов отца, не знающего о своем происхождении, возмужание Сейтека и раскрытие тайны его происхождения, изгнание врагов и возвращение Семетея к своему народу, объединение народа и наступление мирной жизни. В образах Семетея и Сейтека отражено стремление народа сохранить легенды о Манасе в героической жизни его потомков.
Эпос делится на 3 части: собственно «Манас», «Семетей» и «Сейтек».
Основное содержание эпоса составляют подвиги Манаса.