В 1789 г. был заселен Хортицкий округ Екатеринославского уезда и губернии. Вновь прибывшие в 1793—1796 годах 118 семейств частью расселились в существовавших уже колониях, частью в новых, в уездах Александровском и Новомосковском. Несмотря на огромные выгоды, предоставленные меннонитам, они, по донесению Контениуса (1799), находились в «недостаточном состоянии» от частых неурожаев, каменистой почвы и падежа скота во время суровых зим. Ввиду этого правительство переселило в 1800 г. 150 семейств на Молочные воды (Мелитопольского уезда Таврической губернии), дав им до 120 тыс. десятин, а Хортицкий округ (до 35 тыс. десятин) предоставило в распоряжение оставшихся колонистов, частью как надел, частью в виде запаса на прибылое население, с уплатой в казну 21/2 коп. за десятину. В том же году меннонитам было дозволено варить пиво и мед, курить хлебное вино, как для собственного употребления, так и для продажи, а посторонним «навсегда» воспрещено иметь в их колониях харчевни, питейные дома и шинки. Тогда же образованы меннонитские еврейские общины, с довольно широким самоуправлением (об административном устройстве колоний см. Поселения иностранцев в Российской империи).
До 1820 г. колонизация меннонитов распространялась почти исключительно пришельцами из-за границы; за это время число колоний увеличилось в Молочанском округе до 40, а в Хортицком — до 18. С 1820 г. впуск в Россию иностранных поселенцев был приостановлен.
С 1854 г. данцигские, мариенбургские и эльбингские меннониты стали селиться в Самарской губернии, сначала в Новоузенском уезде, а потом и в Самарском, и до 1874 г., когда прибыла их последняя партия, образовали 16 колоний, получив также по 15 десятин на душу. Все земли находились обыкновенно в вечно-потомственном владении целой колонии, без права отчуждения в посторонние руки. Распределялись они по угодьям и подворно или посемейно, без дробления. Двор переходил в единоличное пользование к одному из сыновей, признанному способным продолжать хозяйство, или к лицу из того же общества, купившему его с аукциона. Это повело, с одной стороны, к скоплению в одних руках обширных участков, с другой — к увеличению числа безземельных. О них впервые позаботился М. И. Корнис, бывший председателем молочанской комиссии сельского хозяйства. Он пытался устроить в 1841 г. торгово-промышленную колонию для безземельных, но успел поместить только 30 семейств; в 1866 г. правительством была закрыта сама комиссия. Между тем общественная экономическая неурядица росла; особенно жесток был раздор между хозяевами и безземельными Молочанского округа.
В 1869 г. изменен закон наследования, допущена дробность наделов; правительство стало раздавать безземельным запасные земли и ввело большую правомерность в составе сельских сходов.
Когда в 1874 г. все колонисты в России были признаны подлежащими воинской повинности, это было истолковано меннонитами как требование, несогласное с их религиозными убеждениями; значительная их часть решилась выселиться из России. Посланный «задержать» выселяющихся граф Э. К. Тотлебен был уполномочен обещать им льготы относительно отбывания военной службы, которые им действительно и предоставлены (см. ниже). Но эти льготы не вовсе прекратили переселение. Из одной Таврической губернии переселилось в Америку до 1876 г. около 900 меннонитских семейств и почти столько же из Екатеринославской.
Дальнейшие переселения, вызванные, между прочим, голодовками (например, в 1879—1880 гг.) были незначительны. Так, например, из Самарской губернии с 1880 по 1889 г. выселилось всего 71 семейство (390 душ обоих полов): 46 семейств в Хиву, где часть получила от хана 4-десятинный надел, а часть определилась в столяры, плотники и т. п.; 10 семейств — в Сыр-Дарьинскую область, где они основали 4 колонии, получив по 15 десятин на душу и правительственную ссуду на устройство школ и общественных мельниц; 13 семейств — в Америку (штаты Небраска и Арканзас), 1 семейство — в Оренбург, 1 семейство — в Омск. Меннониты, с самого водворения в России, разделились на два толка: фламандский и фрисландский. Принадлежащие к последнему отличаются меньшей строгостью в соблюдении обрядов.
В 1855 г. в колонии Эйнлаге (Хортицкого округа) появились сектанты — Hupfer’ы, державшиеся буквы Святого Писания, и вскоре после того «иерусалимские братья» — прогрессисты. Первые в 1860 г. образовали особую церковную общину и отвергли власть конвента, ведавшего делами духовного презрения и церковного благочиния. Отлученные за это конвентом от церкви, они составили, вместе с иерусалимскими братьями, главный контингент меннонитов, выселившихся на Кавказ в 1864—66 гг. (в числе 200 с лишним семейств).
Московское царство
В Россию лютеранство попадает вместе с немецкими пленными и ремесленниками. Русские цари видели в лютеранах врагов своих врагов (католиков). Уже в 1576 в Москве открывается первая лютеранская церковь. До этого немецкие проповедники даже пытались обратить Ивана Грозного в свою веру, но безуспешно. Лютеранам долгое время под страхом смерти запрещалось распространять свое учение среди русских.
В XVII веке открывается новый канал распространения лютеранства в Россию — через Ингерманландию. В 1611 зафиксирован евангелический приход в Лемболово. В 1641 году уже существовала лютеранская епархия скандинавской традиции с центром Нарве.
Тем не менее пленные немцы и шотландцы, расселённые по разным российским городам после Ливонской войны, получили от царя право свободного исповедания своей веры. В Москве немцы селятся в слободе Кукуй, где у них был не только свой пастор, но и кирха. Вообще при Иване Грозном в России лютеранам жилось гораздо легче, чем их единоверцам в Западной Европе.
Самым благоприятным для протестантов было царствование Бориса Годунова. При нём уже в самом центре Москвы — Белом городе — на деньги самого царя строится церковь, куда специально приглашаются проповедники из Германии.
В период Смуты положение лютеранской общины стало неустойчивым: если Лжедмитрий I не чинил «иноверцам» никаких препятствий, то Лжедмитрий II едва не истребил их всех. Лютеран обвиняют в непочтительном отношении к русским святыням: якобы они сидят и спят на иконах, строят возле церквей корчмы и «всякое осквернение от немцев русским бывает».В царствование Михаила Фёдоровича положение выправляется, и лютеране даже получают разрешение на строительство нового храма, который в благодарность называют Михайловским.
Число протестантов в Москве постепенно увеличивается, и к концу царствования Михаила Романова в городе уже насчитывается тысяча семей лютеран и реформатов. Связано это с тем, что царь предпочитал приглашать в страну для «государственных нужд» протестантов, а не католиков. Впрочем, цари стремились ограничить влияние и лютеран, для чего царь Алексей Михайлович повелел всем протестантам, которые не согласны перейти в православие, жить только на Кукуе. Они также получили право строиться в Новгороде, Пскове, Переславле и Белгороде, где им позволялось отправлять свою службу по домам, храмы же строить запрещалось. Всего же в 1673 немцев в России жило не менее 18 тысяч. А при правлении царевны Софьи к ним прибавились ещё и гугеноты, бежавшие из Франции…
Протестанты никогда не скрывали своих убеждений и стремились проповедовать свою веру. Летописцы отмечают, что среди них было много образованных и умных проповедников. Лютеранские убеждения находили живой отклик у православной паствы, ибо, как и Русская Церковь, содержали резкую критику католичества.
Первые жалобы деятелей РПЦ на успехи лютеран появились ещё в середине XVI века. Лютеранство настолько сильно влияло на умы ищущих людей, что им оказывались «заражены» писания и людей православных. Так, например, в 1627 властям пришлось запретить «Катехизис», изданный тиражом в несколько тысяч экземпляров, поскольку в нём усмотрели влияние протестантской пропаганды. Вообще XVII век становится веком активной полемики лютеранских и православных авторов.
Богословский диалог двух Церквей был решительно прерван царём Алексеем Михайловичем, который в своём «Уложении» ввёл смертную казнь за совращение из православия.
Петербургский период
Новый этап в развитии лютеранства наступает в России с воцарением Петра I. Если в эпоху Московского царства лютеранство было религией иностранцев, то Северная война приводит к тому, что лютеранство становится религией коренных жителей России (Ингрии, Лифляндии и Эстляндии). Кроме того, Петр I c явной симпатией относился к лютеранам и к самой реформе Лютера, так что лютеранство приобретает привилегированное положение второго государственного исповедания. Он не только приглашал «мастеров», но и окружил себя лютеранскими придворными, женился на лифляндской лютеранке Марте Скавронской и реформировал Русскую церковь на лютеранский манер (упразднил пост патриарха и стал официальным главой церкви, правящим посредством Синода). В 1721 царь разрешил лютеранам свободно исповедовать свою веру, впрочем, памятуя о Смутном времени, он запретил лютеранскую пропаганду.
После смерти Петра I весь XVIII век Россией правили лютерански воспитанные люди Марта Скавронская (под именем Екатерины I), затем при Анне Иоановне фактическим правителем был балтийский немец Эрнст Бирон. После Бирона царствовала дочь Марты Скавронской Елизавета, затем северогерманский принц Карл Петер Ульрих и, наконец, немецкая принцесса Софья. Последняя широко привлекала немецких крестьян для освоения Поволжья. В 1735 лютеранский приход учреждается в Екатеринбурге, а в 1764 - в Барнауле. В конце XVIII века только в одном Петербурге насчитывалось более 20 тысяч лютеран.