Во главе всего духовно-учебного управления в том же году была поставлена заменившая комитет комиссия духовных училищ из высших духовных и частью светских сановников (тех же, которые заседали и в комитете), составившая при Св. Синоде первое центральное учреждение для этой важной отрасли церковной администрации, так как до сих пор все духовное образование находилось в ведомстве одних епархиальных архиереев и даже их консисторий и, если не считать недолго существовавшей при Петре I (1721-1726) синодальной конторы школ и типографий, вовсе не имело общего высшего центра при Синоде. Окружными органами комиссии были сделаны духовные академии, для чего при них были учреждены ученые конференции, составленные из местных ученых лиц — профессоров каждой академии и посторонних из местного духовенства; конференциям этим предоставлены по их округам цензура духовных книг, производство в ученые степени и управление духовными школами чрез особое внешнее и окружное правление каждой академии. Ближайшее попечение о школах по-прежнему предоставлено было местным архиереям, но самим лично, без участия в нем консисторий. Новый капитал для содержания духовных школ и церковных причтов был создан комитетом, можно сказать, из ничего и без особого отягощения государства и народа. В основу его были положены: а) экономические суммы всех церквей (до 5600000 руб. ассигн.), которые назначено было поместить в банк для приращения, б) ежегодный свечной доход церквей (до 3 000 000 рублей), тоже назначенный к помещению в банке, и в) ежегодное пособие из казны в 1 353 000 руб. в течение только 6 лет. В эти 6 лет все означенные суммы, с приращениями в 5% и за исключением расходов по преобразованию академических учебных округов, по исчислению комитета, должны были составить капитал в 24949000 руб. ассигн. с доходом в 1 247450 руб., который вместе с ежегодным свечным доходом должен был давать Св. Синоду ежегодную сумму в 4 247 450. При внимательной экономии, сбережениях и новых пособиях от казны комитет надеялся довести эту сумму со временем до 8Ѕ миллионов, какая действительно требовалась на полное обеспечение как духовных школ, так и всех церковных причтов (от 300 до 1000 руб. на каждый). Но все эти грандиозные расчеты расстроились в самом непродолжительном времени частью вследствие утаек приходами экономических и свечных сумм, частью вследствие вскоре постигших Россию бедствий 1812 года, при нашествии Наполеона.
Бедствия эти вместе с Россией разделяла и Православная Русская Церковь. Среди необычайного подъема религиозных и патриотических чувств при нашествии грозного врага, как будто снова воротилось то время нашей истории когда вера и церковь стояли на страже православной Руси и выручали ее из всех бед, выпадавших на ее долю. Архиереи и монастыри, как в старину, жертвовали на ее спасение свои многолетние сбережения. Из своего нового капитала Св. Синод пожертвовал 1Ѕ миллиона. Затем, когда вражеские полчища двунадесяти язык были уже сметены с лица земли Русской, по всему пути их нашествия осталась широкая полоса страшного опустошения; опустошена была и сама Москва с ее вековыми святынями. Как в ней, так и повсюду, где побывал неприятель, приходилось восстановлять множество храмов и монастырей и помогать разоренному духовенству. На удовлетворение этих нужд Св. Синод должен был отпустить из своих сумм еще 3Ѕ миллиона. Было много и других пожертвований из новообразованного капитала. Все это, вместе с недоборами при самом его составлении, повело к тому, что в 1815 г., когда он должен был возрасти до 24 миллионов, он едва дорос до 15 — т. е. такой суммы, на проценты с которой можно было содержать только одни духовные школы. На пособие из казны было тоже нечего рассчитывать; во внимание к затруднительному ее положению после тяжелой войны комиссия духовных училищ в 1816 г. решилась отказаться от получения даже обещанной уже ей казенной суммы. После этого новый капитал получил значение исключительно капитала учебного; от выдачи из него окладов на причты пришлось отказаться, и эта часть проекта 1808 г. так и осталась без исполнения.
События отечественной войны имели и другое весьма важное влияние на состояние церкви и высшего церковного управления. Страшные бедствия были для России горнилом очищения от ее недавних галломанских увлечений. В своем благодарственном молебствии о спасении от врагов она выразила горькое сознание: “О их же ревновахом наставлениях, сих имеяхом врагов буйных и зверонравных”. И начался период реакции против либерального движения XVIII в. К несчастью нашего образованного общества, живя целое столетие чужим умом, оно совсем отстало от своей русской жизни, оттого и реакцию свою стало выражать в чужих же, иностранных формах: отставая от чужого, французского вольнодумства, оно обратилось за религией не к своему русскому православию, а к чужому же, протестантскому мистицизму разных методистов, квакеров, гернгутеров и т.п. западных сектантов и учителей. Настало время библейских обществ, стремившихся заменить руководство церкви непосредственным само просвещением христианина по Библии и с помощью целой массы мистических книжек, распространявшихся по всей России. Во главе этого движения встал сам кн. Голицын, окруживший себя целым штатом библейцев и всевозможных мистиков. Поставив себе задачей распространение царствия Божия на земле, все эти деятели нового христианства стали действовать со всем обычным фанатизмом наших общественных увлечений и причинили церкви едва ли не более скорби, чем даже деятели XVIII в. С 1813 г. сменен был весь личный состав Св. Синода, кроме митр. Амвросия; — прежние члены оказались не соответствовавшими требованиям нового времени. И самому митрополиту стоило немалого труда удержаться на месте без нарушения своих архипастырских обязанностей. Самым дорогим его помощником и поддержкой в это время после Евгения (назначенного в 1808 г. на вологодскую кафедру) был Филарет Дроздов, новое яркое светило церкви.
Он был сын небогатого коломенского дьякона (после — священника), родился в 1782 г., учился в коломенской и лаврской семинарии и по окончании курса остался в последней учителем; здесь его заметил, как отличного проповедника, митр. Платон и в 1808 г. склонил к принятию монашества. К величайшему огорчению престарелого святителя, молодой вития в следующем же году был отнят y него в наставники преобразованной петербургской академии. В Петербурге митр. Амвросий принял Филарета под свое особое покровительство и не ошибся, найдя в нем еще более дорогую для себя опору, чем бывший викарий Евгений. Не так встретил юного инока другой сильный член Синода, соперник Амвросия, Феофилакт, забравший тогда в свои руки и комиссию духовных училищ, и всю академию; он целый год не допускал Филарета до учительства, потом, когда Филарет сделался известен в столице своим проповедническим талантом, в 1811 г. за одну проповедь (на день Св. Троицы о дарах Св. Духа) чуть не обвинил его в пантеизме. Дело доходило до самого государя и кончилось Высочайшей наградой проповеднику и возведением его в сан архимандрита. В 1812 г. Филарет был определен ректором академии и получил возможность вытеснить из нее тяжелое и неприятное митрополиту преобладание Феофилакта. Вскоре после этого Феофилакт начал быстро терять свое значение. В 1813 г. он был уволен на епархию (в Рязань), а в 1817 г. почетным образом удален в Грузию экзархом, где и оставался до смерти. Самым видным членом в комиссии после него сделался Филарет, возведенный в 1814 г. на степень доктора богословия. При открытии нового религиозного движения молодой архимандрит радостно приветствовал его, находя в нем много доброго для веры и увлекательного для своего возвышенного богословского ума, и сделался деятельным членом библейского общества. Оттого он был в постоянно добрых отношениях и к Амвросию, и к кн. Голицыну, и долго служил между ними полезным связующим звеном, с одной стороны, служа поддержкой перед могущественным князем своего архипастыря, а c другой — силой своего богословского ума умеряя по возможности мистические увлечения Голицына. В 1817 г. он был рукоположен в сан епископа Ревельского — викария митрополита. Но это был уже последний год, до которого еще поддерживалось кое-какое согласие ревнителей мистицизма с церковной иерархией.