Реформа ця збентежила церковну совість ієрархії, кліру, народу. Проте вона була прийнята і законослухняним духівництвом, і віруючим народом, а отже, незважаючи на її канонічну ущербність, у ній не було побачено нічого такого, що спотворювало б лад церковного життя настільки, щоб Російська Церква випала з кафоличного єдності Вселенського Православ´я. Прийнята ієрархією та народом, визнана Східними Патріархами, нова синодальна влада стала законним церковним урядом. І незважаючи на те, що воля імператора часто дійсно нав´язувалася слухняному Синоду, ця воля, поперше, ніколи не зазіхала на чистоту православного віровчення, чого б Церква в особі свого Синоду не потерпіла, а по-друге, церковного авторитету синодальним актам усетаки надавав підпис членів Синоду – ієрархів; штемпель же “За указом Його Імператорської величності”, подібно до підписів візантійських імператорів під визначеннями Вселенських Соборів, лише надавав синодальним указам статусу державних законів.
Синод являв собою вищу адміністративну та судову інстанцію Російської Церкви. За згодою Височайшої влади йому належало право відкриття нових кафедр, обрання ієрархів і поставлення їх на кафедри, що вдовіли. Він здійснював верховний нагляд за виконанням церковних законів усіма членами Церкви та за духовною просвітою народу. Синоду належало право встановлювати нові свята й обряди, канонізувати святих угодників. Синод видавав Священне Писання та богослужбові книги, а також піддавав верховній цензурі твори богословського, церковно-історичного й канонічного змісту. Він мав право клопотати перед Височайшою владою про нужди Російської Православної Церкви. Як вища церковна судова влада, Синод був судом першої інстанції з обвинувачення єпископів у антиканонічних діяннях; він також являв собою і апеляційну інстанцію із справ, що вирішувалися в єпархіальних судах. Синоду належало право виносити остаточні рішення з більшої частини шлюборозлучних справ, а також із справ про зняття сану з духовних осіб і про підання анафемі мирян. Нарешті, Синод був органом канонічного спілкування Російської Церкви з автокефальними Православними Церквами, із Вселенським Православ'ям. У домовій церкві Головного члена Синоду за богослужінням підносилися імена Східних Патріархів.
Крім того, що Синод був центральним органом управління Російської Церкви, він був ще єпархіальною владою для колишньої Патріаршої області, перейменованої в Синодальну. Синод керував нею через ті ж прикази, які існували і при Патріархах, перейменовані, однак, у дикастерію (у Москві) і тіунську контору (у Петербурзі). Але після відкриття Московської й Петербурзької єпархій у 1742 р., Синодальна область припинила своє існування. У безпосередньому віданні Синоду від колишньої Синодальної області залишилися лише Кремлівський Успенський Собор і ставропігіальні монастирі.
5.2. Зміни у складі Синоду. Склад Синоду з часу його заснування неодноразово піддавався грунтовним змінам. Вже за Катерини I (1725–1727 рр.) він був розділений на два апартаменти (1726 р.): духовний і економічний. Перший апартамент, у віданні якого залишені були винятково духовні справи, складався з Першоприсутнього (після кончини митрополита Стефана в 1722 р. новий президент Синоду вже не призначався) і 6 членів. Економічний апартамент відав земельними володіннями монастирів і єпархіальних будинків і складався з чиновників. За Катерини I Синод перестав називатися “Правительствуючим” і став “Духовним Синодом”. Пізніше відновлена була його первісна назва. Що стосується економічного апартаменту Синоду, то він під різними назвами: “камер-контора”, “колегія економії” – не один раз передавався з відання Синоду у відання Сенату і назад, поки, нарешті, у результаті секуляризації населених церковних земель від управління ними не була остаточно усунена церковна влада.
За імператриці Анни (1730–1740 рр.) Синод складався із 3 архиєреїв, 2 архимандритів і 2 протоієреїв (настоятелів Кремлівських Успенського та Благовіщенського соборів). За штатами 1764 р. у Синоді повинно бути 3 архиєрея, 2 архимандрита і 1 протоієрей.
За штатами, затвердженими в 1818 р., у Синоді були присутніми сім осіб, одна з яких іменувалася “Головною”. За Миколи I (1825–1855 рр.) місця архимандритів у Синоді зайняли головний священик гвардії і гренадерських корпусів (він же духівник царя) і головний священик армії і флоту. Згодом Синод набув винятково архиєрейського складу, що більше відповідало церковним канонам. До нього входили як його постійні члени – митрополити Петербурзький (звичайно, але не завжди головний), Київський і Московський – так, часто, і екзарх Грузії. Інші архиєреї, що викликалися в Синод (за його поданням) указами імператора на невизначений термін, іменувалися “присутніми в Синоді”. У XX столітті в Синод почали викликати протопресвітерів.
5.3. Обер-прокурори Святійшого Синоду. У 1722 р. указом імператора запроваджується посада Синодального обер-прокурора. Інструкція обер-прокурора була буквально списана з Інструкції генерал-прокурора при Сенаті. Обер-прокурором, на думку Петра I, повинен був призначатися “из офицеров добрый человек...” Йому ставилося в обов'язок бути “оком государя и стряпчим по делам государственным”.
З часом, особливо в XIX столітті (за князя Голіцина, Протасова, Побєдоносцева), права обер-прокурора були розширеними настільки, що з чиновника, який контролює ведення синодальних справ, як це було передбачено в Інструкції, він став повноважним міністром, відповідальним перед імператором не тільки за дотримання юридичної форми в діяльності Синоду, але і по суті.
До кола обов'язків обер-прокурора входило: 1) нагляд за виконанням державних законів по Духовному відомству та контроль за своєчасним виконанням справ; 2) перегляд протоколів Святійшого Синоду, перш ніж вони будуть виконані; 3) представлення доповідей Синоду імператору й оголошення Синоду Височайших Повелінь; 4) бути присутнім на засіданні Державної Ради та Комітеті Міністрів із справ Православної Церкви; 5) через обер-прокурора здійснювалися всі зносини Синоду з міністрами й іншими вищими світськими начальниками; 6) до нього на попередні висновки надходили всі розглянуті в Сенаті справи, які стосувалися церковної нерухомості; 7) обер-прокурор був головним начальником для світських чиновників, що перебували на службі в Духовному відомстві.
Як державний сановник, рівний за своїми правами міністрам, обер-прокурор мав при собі заступника – товариша обер-прокурора та канцелярію, подібну до департаментів при міністерствах. Ця канцелярія була заснована в 1839 р. Крім канцелярії оберпрокурора, існувала ще Канцелярія Святійшого Синоду, але і вона підкорялася оберпрокурору. У ній розглядалися і готувалися справи, що затверджувалися Синодом.
5.4. Синодальні установи. У 1839 р. на чолі із синодальним обер-прокурором було засноване господарське управління, у віданні якого знаходилося все майно та кошти Синоду. У 1867 р. при Святійшому Синоді був відкритий Навчальний Комітет. Його Голова та 9 членів призначалися Синодом: голова – неодмінно з духовних осіб, а члени – з духовних і світських. Причому світські члени затверджувалися Синодом за поданням обер-прокурора. Крім постійних членів до участі в діяльності Комітету Головою запрошувалися й інші особи (з відома Синоду чи обер-прокурора) із вчених і педагогів, які проживали в Петербурзі. Навчальний Комітет здійснював загальне адміністративне управління та науково-методичне керівництво семінаріями та духовними училищами.
У безпосередньому віданні Синоду знаходилися також дві синодальні контори: Московська та Грузино-Імеретинська. Перша з них, під головуванням Московського митрополита, а під час його відсутності – першого вікарія єпархії, складалася з архиєреїв, які перебувають на покої в московських монастирях, архимандрита одного з московських ставропігіальних монастирів і протопресвітера Успенського собору. Ці кандидатури затверджувалися за поданням Святійшого Синоду Височайшими наказами. Синодальна контора в Москві завідувала Успенським собором, Московськими ставропігіальними монастирями, синодальним будинком, Церковою 12 Апостолів, синодальною ризницею та бібліотекою. Крім того, вона відала приготуванням святого мира.
Грузино-Імеретинська синодальна контора під головуванням екзарха Грузії складалася з 4 членів: 3 архимандритів і 1 протоієрея. Вона мала куди більш широкі повноваження, ніж Московська, будучи свого роду синодальним відділенням з управління грузинськими єпархіями. Синодальна контора на чолі з екзархом обирала кандидатів на вакантні грузинські кафедри і подавала їх для затвердження Синоду. Єпископи Грузії, керуючи своїми єпархіями, у своїй діяльності знаходилися в залежності від екзарха та синодальної контори.
5.5. Проекти перетворення вищого управління Російської Православної Церкви. Канонічна ущербність синодальної системи отягчала совість архиєреїв, кліриків і мирян. У другій половині XIX століття необхідність перетворення церковного ладу починає обговорюватися публічно. У 80-і рр. в єпархіальних містах Росії – Петербурзі, Києві, Казані – відбуваються наради єпархіальних архиєреїв окремих регіонів, на яких обговорюються питання церковного життя, особливо гострі в цих місцевостях. У літературі такі єпископські наради одержали назву “собори”.
У церковного народу з'являється надія на скликання Всеросійського Помісного Собору. У головах людей, які особливо болісно переживали неканонічність синодального управління, зріє думка про відновлення Патріаршества.
Коли в ході революції 1905–1917 рр. були видані Маніфести, що надавали широких прав іновірцям, інославним і старообрядникам, духівництво і церковна громадськість стривожилися тим, що Православна Церква, яка знаходилася протягом 200 років під жорсткою опікою державної влади, може виявитися в гіршому становищі, ніж іновірці та інославні релігійні об'єднання.