В военных планах фашистской Германии одной из главных стратегических задач являлся захват Ленинграда. На дальних и ближних подступах к городу в составе действующей армии вели сражения дивизии войск НКВД, курсанты Ново-Петергофского военно-политического училища. Стойко обороняли подступы к Ленинграду с юго-востока части 1-й дивизии войск НКВД. Они не только успешно отражали атаки врага, но во взаимодействии с частями Красной Армии сумели захватить небольшой плацдарм на левом берегу Невы, так называемый “Невский пятачок”, сыгравший важную роль в последующих действиях наших войск. Южные подступы к Ленинграду надежно прикрывала 21-я дивизия внутренних войск. На обороняемом ею участке фашисты не смогли продвинуться к городу. Немалый вклад в оборону города на Неве внесла 23-я дивизия по охране железнодорожных сооружений. Части дивизии дрались с фашистами на дальних подступах к Ленинграду, а затем у стен города. Подразделения 23-й дивизии обеспечивали перевозку людей и грузов по трассе, проложенной по льду Ладожского озера и названной “Дорогой жизни”. Они осуществляли наземную оборону баз, складов, сопровождение и охрану грузов по Кировской железной дороге. В эвакуации людей из осажденного города, доставке грузов в Ленинград участвовали сформированные войсками НКВД автоколонны.
В обороне Москвы участвовали части семи дивизий, трех бригад, три бронепоезда внутренних войск. В их числе ОМСДОН, 2-я ОМСДОН, 3-я дивизия по охране железных дорог, 11-я и 12-я дивизии по охране особо важных предприятий промышленности, 14-я конвойная дивизия, ОМСБОН, 42-я и 69-я бригады внутренних войск.
В активной мобилизации воинов Красной Армии и всего народа на оборону Москвы немаловажную роль сыграл военный парад на Красной площади 7 ноября 1941 года. Вместе с войсками, отправляющимися на фронт, в парадном строю шли и части внутренних войск.
Летом и осенью 1941 года соединения и части внутренних войск участвовали в обороне Киева, Одессы, Харькова, Ростова, других важных промышленных и административных центров. Славной страницей в боевой летописи внутренних войск явилось их участие в обороне г. Воронежа летом 1942 года.
56 дней вместе с армейскими частями героически дрались за Сталинград воины 10-й стрелковой дивизии, 91-го полка по охране железных дорог, 178-го полка по охране особо важных предприятий промышленности, 249-го конвойного полка и прославившегося в боях под Москвой 73-го отдельного бронепоезда.
10-я стрелковая дивизия сформировалась в феврале 1942 года в Сталинграде из сибирских частей НКВД и призывного контингента Сталинградской области, около 3 тысяч жителей города вошло в ее состав. Дивизия была основной боевой силой в городе. В конце августа 1942 года части дивизии занимали оборону на ближних подступах к Сталинграду и активными самоотверженными действиями не допустили прорыва противника в город до подхода войск 62-й армии. Выведенная из боев в начале октября 1942 года дивизия насчитывала в своем составе не более 200 человек. За образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом доблесть и мужество Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 декабря 1942 года 10-я стрелковая дивизия войск НКВД была награждена орденом Ленина.
Одновременно со Сталинградской битвой развернулось сражение за Кавказ существенный вклад в которое внесли войска НКВД. Они участвовали в боевых действиях на фронте, несли боевую службу, вели борьбу с вражескими разведывательно-диверсионными группами. По мере осложнения обстановки на Кавказе количество внутренних войск увеличивалось. Были сформированы 1-я отдельная стрелковая дивизия, Орджоникидзевская, Грозненская и Махачкалинская дивизии внутренних войск. Кроме того, там воевали 11-я и 19-я стрелковые дивизии, Сухумская дивизия, Орджоникидзевское военное училище НКВД имени С.М. Кирова. Все они стали основной силой в особых оборонительных районах, созданных для защиты крупных промышленных и административных центров в оперативной глубине Северной группы войск Закавказского фронта. В боях с врагом воины внутренних войск проявляли массовый героизм. 9 и 21 ноября 1942 года младший сержант П.П. Барбашев и младший лейтенант П.К. Гужвин в критический момент боя закрыли своими телами амбразуры вражеских дзотов. Им посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
В многодневных ожесточенных боях на Малой земле, а затем при штурме г. Новороссийска в сентябре 1943 года прославили свое Боевое Знамя воины 290-го стрелкового полка внутренних войск. 665 бойцов и командиров полка были награждены орденами и медалями, а командир полка подполковник И.В. Пискарев удостоен звания Героя Советского Союза. Боевая доблесть полка была отмечена присвоением ему почетного наименования “Новороссийский”, а в 1968 году он был награжден орденом Красного Знамени.
Отличились в боях с врагом и бронепоезда внутренних войск. Накануне Великой Отечественной войны в войсках НКВД по охране железных дорог на вооружении находились 36 мотоброневагонов, 12 бронеплощадок и 16 бронепоездов. Наличие бронепоездных подразделений в составе войск НКВД по охране железных дорог значительно усиливало охрану и оборону железнодорожных сооружений. С первых дней войны бронепоезда войск НКВД вступили в боевое соприкосновение с противником по всему фронту. Обладая большой подвижностью, мощью огня и броневой защитой, они прикрывали сосредоточение и развертывание частей Красной Армии, обороняли важнейшие мосты, осуществляли противовоздушную оборону железнодорожных узлов и тыловых объектов, боролись с прорвавшимися частями и десантами врага. На 1 июля 1943 года количество бронепоездов в войсках увеличилось до 29, а также действовал 31-й отдельный дивизион в составе трех линейных бронепоездов с зенитным вооружением. Дивизион выполнял задачи по сопровождению правительственных поездов.
Развернувшаяся всенародная вооруженная борьба с агрессором на оккупированной им территории вылилась в мощное партизанское движение. Среди народных мстителей было немало и военнослужащих внутренних войск, подразделения и части которых оказались в окружении в первые недели и месяцы войны.
Командование войск НКВД нередко выделяло кадровый состав для действий в тылу врага. В июле — августе 1941 г. из воинов-добровольцев пограничных и внутренних войск, оперативных сотрудников НКВД в Киеве было сформировано два партизанских отряда, на Ленинградском фронте также были созданы несколько отрядов из добровольцев войск НКВД. В течение августа – сентября 1941 года в эти отряды были направлены 1000 воинов, а в 1942 году еще 300 бойцов-чекистов.
Учебным центром подготовки специальных разведывательно-диверсионных отрядов для действий в тылу противника стала Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР. Сформированная в октябре 1941 года, она комплектовалась из сотрудников органов НКВД, бойцов и командиров пограничных и внутренних войск, добровольцев-спортсменов. В нее направлялись наиболее опытные чекисты, участники Гражданской войны, лучшие кадровые командиры и политработники, люди, на которых можно было всецело положиться в самых трудных условиях партизанской борьбы и работы в подполье во вражеском тылу. За героизм и мужество, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, более 5 тысяч омсбоновцев были награждены орденами и медалями, 25 человек удостоены звания Героя Советского Союза.
Пополнение действующей армии частями войск НКВД началось уже с конца июня 1941 года, когда на территории Московского военного округа войска НКВД приступили к формированию 15-ти стрелковых дивизий. В каждую из них войска НКВД выделили по 500 человек командно-начальствующего состава и по 1000 младших командиров и рядовых. Остальной состав поступал из запаса. Всего из пятнадцати дивизий тринадцать получили почетные наименования, десять из них — награждены орденами. К 1 августа 1942 года на фронт было направлено 75 тыс. военнослужащих. В октябре 1942 года началось формирование Отдельной армии НКВД. 5 февраля 1943 года армия, получившая наименование 70-й, убыла на Центральный фронт и приняла участие в знаменитой Курской битве. Всего с начала войны НКВД сформировал для действующей армии или передал из своего состава в Народный комиссариат обороны 29 дивизий.
Являясь постоянно действующим резервом Красной Армии в борьбе с фашистскими захватчиками, внутренние войска на всем протяжении войны, как и в предвоенные годы, осуществляли выполнение повседневных задач. Но в военную пору объем этих задач увеличился. Кроме того, войска выполняли задачи военного времени. На завершающем этапе войны войска вели борьбу с националистическим подпольем и его вооруженными формированиями. Эта боевая деятельность продолжалась и в первые послевоенные годы.
В ходе войны против Советского Союза командование немецко-фашистской армии, спецслужбы Германии развернули широкую подрывную деятельность в тылу советских войск. Она осуществлялась путем выброски парашютных десантов, засылки в тыл нашей армии диверсантов, шпионов. Нередко диверсанты действовали в форме военнослужащих Красной Армии, войск НКВД, сотрудников милиции. Их задачей при наступлении фашистских войск был захват (а при отступлении - уничтожение) мостов и переправ в прифронтовой полосе, военных объектов, баз, складов, вывод из строя линий связи, железнодорожного полотна, уничтожение советских командиров.
Чтобы не допустить этого, Верховным Главнокомандованием с первых недель войны были приняты меры по охране тыла действующей армии. Эти задачи выполняли специально выделенные части внутренних и пограничных войск. На каждом фронте были созданы управления войск НКВД по охране тыла. Начальник войск НКВД по охране тыла фронта, помимо подчинения Наркомату внутренних дел СССР, в оперативном отношении подчинялся также военному совету фронта и выполнял все его указания по организации охраны тыла. Основой войск по охране тыла действующей Красной Армии явились пограничные части. Внутренние войска решали до 30% общего объема задач по охране тыла фронтов.