К концу 1944 года ряд пограничных частей, участвующих в охране тыла действующей армии, приступил к выполнению своих непосредственных задач - несению службы по охране Государственной границы.
Всего к концу войны в охране тыла участвовали 57 полков войск НКВД численностью 85 тысяч человек, не считая частей, направленных на борьбу с бандитизмом на территории Западной Украины, Западной Белоруссии и Прибалтики.
Важной задачей внутренних войск являлось обеспечение радиопротиводействия противнику. Для выполнения этой задачи в ноябре 1942 года в состав внутренних войск были включены переданные из Главного разведывательного управления Генштаба РККА полевые управления специальной службы и радиостанции «Осназ». Из них формировались отдельные спецдивизионы, центральные и отдельные радиостанции НКВД с задачами разведки эфира, радиоперехвата шифрованной переписки и предварительной ее обработки с радиосетей и радиоточек противника. В декабре 1942 года на основании постановления ГКО в составе внутренних войск были сформированы радиодивизионы мешающего действия для постановки помех радиостанциям противника на поле боя.
30 января 1943 года постановлением ГКО строительство, восстановление, эксплуатационное обслуживание и охрана всех магистральных линий, используемых для правительственной высокочастотной связи между Ставкой Верховного Главнокомандования и штабами фронтов и армий, были возложены на НКВД СССР. Народный комиссариат внутренних дел поручил эту задачу внутренним войскам.
Внутренние войска привлекались и для отдельных специальных заданий. Они, например, сопровождали и охраняли вывозимые из Москвы государственные запасы драгоценных металлов и других ценностей. В ноябре – декабре 1943 года 131-й стрелковый полк внутренних войск обеспечивал безопасность на Тегеранской конференции руководителей союзных держав И.В. Сталина, Ф.Д. Рузвельта и У.Черчилля. Там же одно из подразделений полка участвовало в ликвидации групп немецких диверсантов. В феврале 1945 года два полка внутренних войск принимали участие в охране делегаций союзных государств антигитлеровской коалиции на Ялтинской конференции.
Одной из важных задач внутренних войск в годы войны была гарнизонная служба в городах и районах, освобожденных от гитлеровских захватчиков. Отступая под натиском Красной Армии, фашисты оставляли на советской территории группы террористов, насаждали агентуру с целью сбора разведывательных данных, распространения провокационных слухов, осуществления диверсионно-террористических актов. Государственный комитет обороны своим постановлением от 4 января 1942 года возложил на внутренние войска выполнение всех задач, связанных с организацией и несением гарнизонной службы в освобожденных районах.
Для выполнения этих задач предусматривалось выделение 98 тысяч военнослужащих из числа оперативных, конвойных войск, частей по охране железнодорожных и промышленных объектов, а также 2150 пограничников.
Предназначенные для этого части и подразделения двигались за боевыми порядками Красной Армии и вступали в города сразу после их освобождения, а нередко сами активно участвовали в боевых действиях. Гарнизоны выставлялись, как правило, в составе роты или батальона в зависимости от величины города.
После развертывания гарнизона совместно с территориальными органами внутренних дел и госбезопасности определялись объекты, которые следовало взять под охрану, намечались меры по обеспечению общественной безопасности, оказанию помощи правоохранительным органам по изъятию вражеских элементов. На въездах в города и выездах из них устанавливались контрольно-пропускные пункты, организовывалась проверка документов у всех лиц, следующих через них. Осуществлялось патрулирование городских и пригородных территорий, выявлялись минированные объекты, дома, улицы, велись работы по их разминированию.
В период войны все особо важные промышленные предприятия, и прежде всего оборонные, охранялись частями войск НКВД. К концу 1944 года под их охраной было 487 заводов и других объектов. Постановлением Государственного комитета обороны на войска была также возложена охрана станционных и линейных железнодорожных сооружений, грузов, денежных касс, сопровождение вагонов с наиболее важными грузами. В 1944 - 1945 годы в западных областях Украины, Белоруссии, в Прибалтике на железнодорожные войска возлагалась также борьба с бандитизмом и диверсиями на железнодорожном транспорте и в районах, прилегающих к стальным магистралям.
Части конвойных войск в годы Великой Отечественной войны продолжали нести службу по конвоированию заключенных и охране тюрем. Кроме этого на них были возложены задачи по конвоированию военнопленных, охране их в лагерях и на объектах работы.
Первые значительные группы военнопленных были приняты под охрану конвойных частей после разгрома немецко-фашистских войск под Москвой и осуществления Красной Армией наступательных операций зимой 1941-1942 годов.
В ходе успешных действий советских войск в плен стали попадать десятки и сотни тысяч фашистских солдат. В результате разгрома немецких войск под Сталинградом в плен было взято 91 тысяча человек, в том числе свыше 2500 офицеров и 24 генерала во главе с фельдмаршалом Паулюсом.
17 июля 1944 года по улицам Москвы была проведена огромная колонна военнопленных – 57 600 немецких солдат и офицеров во главе с 19 генералами. Это была только часть военнопленных, захваченных в ходе блестяще осуществленной войсками Красной Армии Белорусской стратегической наступательной операции. В Ясско-Кишиневской операции было пленено 208 600 фашистских солдат и офицеров, в том числе 25 генералов.
Части НКВД были использованы для проведения специальной операции, предпринятой по приказанию Сталина в конце 1943 - первые месяцы 1944 года против этнических групп Юга СССР.
Решение о выселении принималось в связи с активизацией антисоветских действий, в том числе вооруженных, со стороны националистических группировок, прямым пособничеством фашистам на оккупированных территориях. Известны случаи, когда националистами совершались массовые жестокие убийства населения со славянской внешностью. Создавались националистические повстанческие формирования для вооруженной борьбы с Советской Армией.
За годы войны только войсками НКВД на Кавказе было выявлено и задержано 4469 ставленников и пособников немцев, из них 70,2% в Северо-Кавказском регионе.
В 1944-1945 годах внутренние войска вели борьбу с националистическими вооруженными формированиями на территории западных областей Украины, Белоруссии, Прибалтийских республик. Эти формирования, отряды создавались, вооружались при непосредственном участии командования немецко-фашистских войск, гитлеровских спецслужб, а затем тесно взаимодействовали с ними в борьбе с частями Красной Армии, советскими партизанами.
К весне 1945 года войска совместно с органами государственной безопасности и внутренних дел, опираясь на поддержку местного населения, нанесли серьезные поражения националистическим формированиям, разгромили их основные силы. Однако окончательный разгром националистических банд состоялся лишь в 1955 году.
Охрана общественного порядка всегда была одной из главных задач войск НКВД.
Особо остро этот вопрос встал с началом Великой Отечественной войны. В военное время появились новые виды преступлений - уклонение от мобилизации в армию, дезертирство, мародерство, грабежи, злостное хулиганство, нарушения порядка передвижения и режима военного времени. Активизировались пособники врага - наводчики на цели фашистских самолетов, распространители ложных слухов, паники.
В Москве и ее пригородах охрану общественного порядка несли военнослужащие дивизии имени Ф.Э. Дзержинского, а также еще трех дивизий войск НКВД. Были прикрыты все 25 столичных района и подмосковные города Мытищи, Люберцы, Балашиха, Щелково, Ногинск и другие.
Много сил и энергии военнослужащим внутренних войск пришлось затратить на ликвидацию последствий налетов вражеской авиации. Они совместно с бойцами МПВО тушили пожары, выносили людей из завалов, охраняли имущество граждан, не допускали мародерства.
Во внутренних войсках всегда уделялось должное внимание огневой подготовке личного состава. С этой целью регулярно проводились стрелковые состязания, конкурсы, в которых соревновались не только бойцы и командиры, но и отделения, взводы, роты.
Документы свидетельствуют, что снайперы внутренних войск вступили в борьбу с захватчиками в первые дни войны. Известно, что они своим метким огнем сбивали самолеты врага.
Но подлинно массовым снайперское движение в Красной Армии и внутренних войсках стало на Ленинградском фронте.
Военнослужащим НКВД – снайперам Ивану Вежливцеву и Петру Голиченкову присвоено звание “Герой Советского Союза”. К тому времени на счету И. Вежливцева было - 134 уничтоженных солдат и офицеров, а его ученика П. Голиченкова - 140.
В годы Великой Отечественной войны наряду с охраной тыла действующей армии, ведением борьбы с вражескими десантами, диверсантами, националистическими бандами части и соединения внутренних войск принимали непосредственное участие в боях с немецко-фашистскими захватчиками. Подсчитано, что за годы войны в состав действующей армии в разные периоды входили и участвовали в боях 53 дивизии и 20 бригад войск НКВД. Кроме того, НКВД СССР сформировал и передал фронту 29 дивизий.
За мужество и отвагу более 100 тысяч военнослужащих были награждены орденами и медалями. По последним данным, учтено 297 Героев Советского Союза, в том числе 4 человека дважды Героев, которые в различное время служили в войсках НКВД. 29 военнослужащих за совершенные подвиги во время войны зачислены навечно в списки частей войск. Доблесть и боевое мастерство 18 соединений и частей войск были отмечены государственными наградами или присвоением почетных наименований.