Смерть Петра и возведение на престол Екатерины I привели постепенно к сосредоточению фактической власти в руках аристократии. Это не могло не сказаться на положении генерал-прокурора, а затем и всей прокуратуры. Генерал-прокурор нужен был Петру для надзора за вельможами, а в условиях, когда монарх находился во власти вельмож, должность генерал-прокурора была излишней. При Екатерине I отмечается значительный отход от установленного Петром I порядка осуществления высшего надзора прокуратуры за соблюдением законов в государстве; сужается государственное значение прокуратуры и возглавляющего ее генерал-прокурора. Во главе правительства был установлен Верховный тайный совет, а затем Кабинет, что привело к существенному ограничению полномочий Сената. Устремления «верховников» и «временщиков» к захвату верховной власти в государстве, их олигархические и своекорыстные намерения не могли найти совмещения с осуществляемым прокурорами надзором за состоянием режима законности. В этой связи в некоторых сферах деятельности государственных органов возрождается фискальная служба. В октябре 1730 года императорским указом восстанавливалась должность генерал-прокурора и прокуроров в коллегиях и надворных судах. Указ констатировал, что состояние законности в стране ниже всякого уровня: «в государственных делах слабое чинится управление и челобитчики по делам своим справедливого и скорого решения так, как указы повелевают, получить не могут, и бедные от сильных утесняемы, обиды и разорения претерпевают». Возрожденным органам прокуратуры вверялся надзор за тем, «чтобы челобитчики правым и нелицемерным судом удовольствованы, а в государственных делах рассмотрение и решение чинимы были со всякою ревностию и добрым порядком». Таким образом, прокуратура восстанавливалась во имя тех же благородных целей, что и создаваемая Петром I.
Вторично прокуратура была отменена в регентство Анны Леопольдовны. 17 ноября 1740 года генерал-прокурор князь Н.Ю. Трубецкой был неожиданно отстранен от должности и направлен в Ригу. Встал вопрос о существовании прокуратуры как государственного органа. 15 декабря последовал Указ об утверждении обер-прокуроров в Сенате и Святейшем Синоде, который повелевал «о произведении в коллегии, канцелярии и губернии прокуроров по прошлому указу исполнения не чинить, понеже об оных иметь будет рассмотрение вновь», упразднив, таким образом, должность генерал-прокурора, а обер-прокурора оставив без подчиненных. Роль прокурора возрастает при Екатерине II. С разделением Сената на департаменты генерал-прокурор охватывает своим контролем всю их деятельность, а к концу XVIII века, продолжая оставаться органом надзора, фактически становится высшим органом управления общей компетенции. Укрепляя прокуратуру как орган надзора, Екатерина II в Наставлении вновь назначенному генерал-прокурору князю А.А. Вяземскому писала о наличии в Сенате двух партий: «Вам не должно уважать ни ту, ни другую сторону, обходиться учтиво и беспристрастно, выслушивать всякого, имея только единственно пользу Отечества и справедливость в виду, и твердыми шагами идти кратчайшим путем к истине». Как видно из этого Наставления, в нем также ставился вопрос о защите государства и справедливости, в том числе и о защите интересов подданных российского государства.
В таком значительном для государственного управления и судебной системы правовом акте, как «Учреждение для управления губерний Российской империи» от 7 ноября 1775 года, предусматривалась специальная глава «О прокурорской и стряпческой должности», в которой устанавливались широкие полномочия прокуроров по общему и судебному надзору, а также надзору за местами лишения свободы, конкретизировались должностные обязанности. В статье 404 «Учреждения...» было сказано: «Вообще губернский прокурор и губернские стряпчие смотрят и бдение имеют о сохранении везде всякого порядка, законами определенного, и в производстве и отправлении самих дел. Они сохраняют целостность власти установленной и интереса императорского величества, наблюдают, чтобы запрещенных сборов с народа никто не собирал, и долг имеют истреблять повсюду зловредные взятки». «Нравственно-полицейские его обязанности, - говорил Н. Дмитриев об обязанностях прокурора во времена Екатерины, - состояли в наблюдении за порядком в обществе: он доносил о непослушании или ропоте жителей губернии, о нарушении правил благочиния, соблазне и нарушении общественного спокойствия, о запрещенных торгах». По «Учреждению...» прокуроры осуществляли надзор за деятельностью всех присутственных мест губернии. Характеризуя «прекрасную должность губернского прокурора» как наследие петровских времен и одно из лучших екатерининских учреждений, А.Ф. Кони писал: «Блюститель закона» и «царское око», охранитель закона и свободы частных лиц в случаях учреждения опеки с ограничением их прав, ходатай за арестованных и наблюдатель за содержанием их : внимательный «читатель» определений всех присутственных мест:, губернский прокурор, по существу своих прав и обязанностей, был представителем центральной правительственной власти, вдвинутым в среду местного управления». Однако стремление правительственной власти самодержавной России на всех уровнях к бесконтрольности, всепроникающая регламентация и полицейская опека, отсутствие гласности, безнаказанность всякого рода чиновничьих злоупотреблений - все это в сильнейшей степени стесняло права человека, и именно с этим приходилось бороться прокурорам того времени. Во время царствования Александра I (1801-1825 гг.) прокурорский надзор был возрожден, причем начиная с 1802 г. генерал-прокурор стал одновременно и министром юстиции. Первым министром юстиции России с одновременным исполнением обязанностей генерал-прокурора и руководством всей прокурорской системы был назначен знаменитый поэт Гавриил Романович Державин. Он ревностно взялся за работу, больше внимания стал уделять обер-прокурорскому и местному надзору. 22 сентября 1802 года Г.Р. Державин подписал циркулярный ордер, направленный губернским прокурорам. Основываясь на Учреждении для управления губерний и законах от 8 сентября 1802 года, министр юстиции сводит свою инструкцию для местного надзора к семи главным положениям. В том числе Г.Р. Державин в своем ордере к прежним ведомостям, представляемым губернскими прокурорами в Петербург (о числе решенных и нерешенных дел и о «колодниках»), прибавил еще подробные ведомости по делам о должностных и общеуголовных преступлениях. В ведомостях о "колодниках" должны были уточняться сведения о режиме их содержания и состоянии тюрем. Прокуроры должны были докладывать, «имеют ли тюрьмы необходимые к человеческой жизни выгоды, как-то - теплоту, сухость и свежий воздух, не изнуряются ли какими тяжкими сверх меры работами и проч.». Ордер впервые возлагал на прокуроров надзор за следствием как особую сферу контроля. Они должны были наблюдать, «не происходит ли где кому пристрастных допросов, бесчеловечных истязаний и притеснений всякого рода», но вместе с тем должны были бороться с сокрытием преступлений и послаблениями преступникам. В надзоре по делам гражданским главное внимание прокуроров должно было быть сосредоточено на соблюдении подсудности и пресечении «всякого рода притеснений и волокит». Как известно, Державин принимал активное участие в действиях правительственных войск по усмирению восстания Е. Пугачева, хорошо знал, что такое «русский бунт, бессмысленный и беспощадный», а потому понимал, что в интересах дворянства не доводить дело до вооруженных выступлений, и требовал от своих подчиненных «блюсти закон» на местах во имя общего блага. Характерен в этом отношении Указ Правительствующего сената от 28 сентября 1828 года. В нем говорилось: «Губернские прокуроры, на основании узаконений, везде смотрят и бдение имеют, дабы в губерниях ничего противного закону и общей пользе не происходило».
Следует отметить, что согласно воспоминаниям современников, «история Министерства юстиции с тридцатых до шестидесятых годов XIX века, представляла немало примеров энергической борьбы губернских прокуроров с местными злоупотреблениями. Борьба эта не всегда была успешна, но само уже возникновение ее, основанное на предписании закона, определявшего обязанности губернского прокурора, действовало благотворно, не говоря уже о тех случаях, когда последствиями ее являлись сенаторские ревизии, несшиеся, как грозовые тучи, на местность, пораженную правовою засухою.