Часто во втором ярусе сосняков растут дуб, береза, ель, подчас образуя густые заросли - излюбленное место для гнездования мелких насекомоядных птиц. В старых сосняках предпочитает селиться и ворон, строящий свои гнезда в развилках высоких сосен.
Чистые боры одни из самых красивых лесов заповедника. На ковре из зеленых мхов стоят величественные 160летние сосны. Такие же леса вокруг заповедника уже вырублены, и только здесь сохранились полуторовековые сосняки. Есть и молодые, 50летние боры. Часто сосны растут на почвах столь бедных, что никакое другое дерево не смогло бы чувствовать себя здесь хорошо. Глубокий стержневой корень позволяет сосне добраться до воды через мощные песчаные отложения.
Многие проблемы заповедников возникают из-за непродуманного вмешательства человека в жизнь леса. Так, например, в первой половине 50-х годов в Подмосковье в основном уничтожили волка. В результате, уже в начале 60х в огромном количестве размножился лось, для которого волк был главным врагом. Корм лося молодые сосновые побеги. Непомерно размножившиеся животные объели все молодые сосенки, тем самым уничтожив подрост и истощив запасы своего зимнего корма. Человек после этого отрегулировал численность лося, но прошло уже около 40 лет, а даже в старых борах нет молодых деревьев. Это является характерным примером тесной взаимосвязи всех компонентов в природе.
Березняк
Березовые леса по распространенности в заповеднике находятся на втором месте после сосновых. Как примесь, береза входит в состав леса по всей территории. Корневая система березы на песчаных почвах поверхностная, поэтому при сильных ветрах дерево легко выворачивается. В него быстро проникают споры разрушающих грибов. Они прорастают, начинается процесс разложения древесины грибами. В результате на поверхности березы образуются плодовые тела трутовики. Так их называют потому, что в древности их мягкая, похожая на войлок ткань шла для добывания огня в качестве легковоспламеняющегося материала трута.
В заповеднике широко распространены разрушающие грибы настоящий и окаймленный трутовики, и редкий, занесенный в Красную книгу ежевик коралловидный (поселяется на мертвом дереве), а также широко применяемый в медицине гриб чага. Грибы через 57 лет превращают упавшую березу в труху.
Ельник
По территории заповедника проходит южная граница естественного распространения ели. И хотя виды на границах своего ареала, как правило, бывают угнетены, в заповеднике еловые леса занимают все новые участки прежде лиственного леса.
Даже в солнечную погоду в еловом лесу сумерки. Поэтому здесь растут только приспособленные к жизни в тени травы и кустарнички. Например, у кислицы листочки могут специально располагаться таким образом, чтобы меньше затенять друг друга. Также сориентированы семь листочков у седмичника. В большом количестве встречается интересное растение копытень (если его потереть, появляется запах перца). Опыляют копытень муравьи. Из кустарничков теневынослива черника.
Прошло немало времени после рубок военных лет, и под пологом березовых, осиновых и других лиственных лесов активно начинает расти ель. Пройдет еще немного времени, и бывшие светлые лиственные леса превратятся в густые темные ельники.
Липняк
Липа, наряду с елью и сосной одна из наиболее распространенных древесных пород заповедника, однако чистых липняков здесь практически нет.
Как показывают результаты многолетних исследований, липа активно распространяется в заповеднике. Этому способствует ее высокая способность прорастать из спящих почек, от пня старого или погибшего дерева. В этом случае молодые побеги растут быстрее, чем растения из семян. Семена липы (орешки) очень любят лесные млекопитающие: мыши, полевки, землеройки.
Болото
Небольшую площадь, меньше одного процента, занимают в заповеднике болота. Они образовались в тех местах, где подстилаются водосборной по форме и водонепроницаемой глинистой породой.
Различают несколько типов болот низинные и верховые. Низинные образуются в понижениях рельефа с проточной водой, поймах рек. Почвы таких болот богаты питательными веществами. Растительность здесь разнообразна: ольха, береза, ива, многие травянистые растения. Верховые болота, напротив, расположены на возвышенных плоских формах рельефа водоразделах. Бедные питательными веществами почвы не дают возможности развиваться многим растениям. Растения отмирают, но не перегнивают, а в бескислородных условиях под водой накапливаются и образуют торф. С его помощью можно определить возраст болота методом специального споровопыльцевого анализа. Или наоборот: зная примерный возраст болота, определяют состав древней флоры.
Озера
Мелкие ручьи и временные водотоки, стекая в понижения между песчаными валами, образуют два лесных озера заповедника Протовское и Сионское. Жарким летом эти озера почти полностью высыхают, и туда приходят кормиться сочными корневищами кабаны, превращая своими пороями илистое дно в грязное месиво. Вода в озерах гораздо теплее, чем в реках. В основном поэтому и растения здесь другие, и водных обитателей становится больше. Появляются многочисленные насекомые. Живут в озерах тритоны, жабы, лягушки, из которых наиболее обычны озерная и прудовая. Они частая добыча ужа или цапли.
Так как заповедник лежит в стороне от основных перелетных путей, водных птиц здесь немного. Гнездятся на озерах утки, кряквы, чирки. Постоянно около воды неутомимый рыболов зимородок. Множество насекомоядных птиц гнездится в приозерных зарослях. Здесь им обеспечено укрытие и обилие мошек над водой.
Реки
Реки в заповеднике настолько невелики, что к ним больше бы подошло слово ручьи. Наиболее крупные из них шириной в несколько метров, длиной несколько километров. Это Таденка, Пониковка, Сушка. В них даже лютой зимой не замерзает вода. Всем им дают начало родники. Берега заповедных рек заросли густым ольшаником, ивняком, ельником. Около воды много осоки, в середине лета распускаются желтые цветы ириса, украшают берега пурпурные соцветия дербенника. Часто можно встретить следы деятельности бобровых семей плотины и поваленные деревья. Таденка и Сушка впадают в Оку, а Пониковка "поникает" в небольшом карстовом озерке на окской пойме и тоже впадает в Оку, но своими, только ей ведомыми подземными путями.
Ни сама Ока, ни ее берег и пойма, к сожалению, не входят в территорию заповедника. Этот недостаток был допущен при организации заповедника.
Деятельность человека
Режим заповедности предусматривает минимальное вмешательство человека в жизнь охраняемой природы. Сотрудники заповедника знакомят посетителей с зубровым питомником, музеем природы. Чтобы пройти в лес, необходимо получить специальный пропуск. Просто желающим погулять, собирая грибы и ягоды, а тем более поохотиться, в этом лесу не место: тогда вступают в свои права работники охраны. Зато для научных сотрудников заповедника лес открыт в любое время, потому что собираемый ими материал несет важную информацию. Ботаники и лесные экологи изучают растительность, энтомологи пополняют список насекомых все новыми для заповедника видами, зоологи наблюдают жизнь зверей и птиц.
Особенно актуальным в последние годы стало наблюдение за загрязняющими веществами, попадающими через воздух и осадки на территорию заповедника. Для этого в 1984 году здесь была создана специальная наблюдательная станция комплексного фонового мониторинга.
Для научных целей существуют пробные площадки комплексных исследований, на них установлены различные приборы, и ведут наблюдения все специалисты заповедника. Полученные материалы тщательно обрабатываются, обобщаются. Затем данные заносят в ежегодную "Летопись природы".
Благодаря исследованиям, выполненным в заповеднике, разрабатываются научные основы охраны, рационального использования природных ресурсов.
Зубровый питомник
Зубр - крупнейшее млекопитающее Европы. Сильный и красивый зверь достигает веса 1200 кг и практически не имеет естественных врагов. Даже волк или медведь не рискуют охотиться на зубра. Зубры издавна населяли широколиственные леса Европы от Атлантики на западе до Волги на востоке. Маленькие стада семьи, возглавляемые самками, медленно кочевали по небольшой облюбованной территории. Быки же предпочитали жить отдельно и подходили к стадам только в период гона. Спокойные и миролюбивые по характеру, зубры оказались беззащитны перед человеком. Охота и уничтожение жизненных условий ( вырубка лесов, распашка полян) постепенно привели к исчезновению этого дикого лесного быка. Последние 1,5 тыс. зубров к началу нашего века уцелели только на охраняемых территориях: в местах Царской охоты в Беловежской пуще и Великокняжеской охоты на Северо-западном Кавказе. Первая мировая война и последовавшие за ней гражданские войны привели к тому, что к 1927 году только 48 последних зубров оставались в разных зоопарках Европы. В природе зубр был истреблен. Сегодня мировое стадо зубров, спасенных от вымирания благодаря разведению в питомниках Европы, насчитывает около 3,5 тыс. особей.
Значительную роль в спасении зубра сыграл зубровый питомник Приокско-террасного заповедника. Здесь звери живут в условиях, приближенных к естественным. Выросшие в питомниках телята мало знакомы с человеком. Как и в дикой природе, зубрицы сами выкармливают своих телят.
За годы работы зубрового питомника заповедника отсюда вывезено для расселения в дикую природу 250 чистокровных зубров. Сегодня более 1700 диких зубров обитают в вольных стадах, в основном в пределах прежних мест обитания. Однако зубру на территории России, если не принять необходимых мер вновь угрожает вырождение вследствие его малочисленности (около 500 животных) и изолированности содержащихся в неволе и вольно живущих стад.