Бурное развитие сине-зеленых водорослей - хороший индикатор опасного загрязнения воды органическими соединениями.
Лучший индикатор опасных загрязнений - прибрежное обрастание, располагающиеся на поверхностных предметах у кромки воды. В чистых водоемах эти обрастания ярко-зеленого цвета или имеют буроватый оттенок. Для загрязненных водоемов характерны белые хлопьевидные образования. При избытке в воде органических веществ и повышения общей минерализации обрастания приобретают сине-зеленый цвет, так как состоят в основном из сине-зеленых водорослей. При плохой очистке фекально-бытовых сточных вод обрастания бывают белыми или сероватыми. Как правило, они состоят из прикрепленных инфузорий (сувойки, кархезиум и др.) Стоки с избытками сернистых соединений могут сопровождаться хлопьевидными налетами нитчатых серобактерий-теотриксов.
Биоиндикация - способ оценки антропогенной нагрузки по реакции на нее живых организмов и их сообществ.
Биотестирование - использование в контролируемых условиях биологических объектов (тест-объектов) для выявления и оценки действия факторов (в том числе и токсических) окружающей среды на организм, его отдельную функцию или систему организмов. Хорошие результаты дает анализ бентосных (придонных) беспозвоночных. Оценка чистоты водоемов делается по преобладанию, либо отсутствию тех или иных таксонов.
Шкала загрязнений по индикаторным таксонам
| Индикаторные таксоны | Эколого-биологическая полноценность, класс качества воды, использование |
| Личинки веснянок, плоские личинки поденок, ручейник - риакофилла | Очень чистая. Полноценная Питьевое, рекреационное, рыбохозяйственное. |
| Крупные двустворчатые моллюски (перловица), плавающие и ползающие ручейник-нейреклипсис, вилохвостки, водяной клоп | Чистая. Полноценная Питьевое, рекреационное, рыбохозяйственное, орошение, техническое. |
| Моллюски-затворки, горошинки, роющие личинки поденок, ручейники при отсутствии реакофиллы и нейреклипсис, личинки стрекоз плосконожки и красотки, мошки | Удовлетворительно чистая. Полноценная. Питьевое с очисткой, рекреационное рыбоводство, орошение техническое. |
| Шаровки, дрейсена, плоские пиявки, личинки стрекоз при отсутствии плосконожки и красотки, водяной ослик | Загрязненные. Неблагополучные. Ограниченное рыбоводство, ограниченное орошение |
| Масса трубочника, мотыля, червеобразные пиявки при отсутствии плоских, крыски, масса мокрецов | Грязные. Неблагополучные. Техническое. |
| Макробеспозвоночных нет | Очень грязные. Неблагополучные. Техническое с очисткой |