Система органов государственной власти Российской Федерации строится на определенных принципах, которые в совокупности позволяют государственному механизму осуществлять свои функции. Прежде всего, органы государственной власти действуют на принципе суверенитета государственной власти, т.е. ее полной независимости внутри страны и на международной арене. Суверенитет государственной власти основывается на принципе суверенитета народа и осуществляется в форме прямой (непосредственной) и представительной демократии.
Другим важнейшим принципом системы органов государственной власти является принцип единства системы государственных органов. Это означает, что вся система органов государственной власти должна действовать как единый организм в рамках единого суверенного государства. При этом Президент как глава государства координирует функциональную деятельность органов государственной власти на федеральном уровне. Но не все органы государственной власти субъектов РФ образуют единую построенную на иерархической основе структуру с органами государственной власти Российской Федерации. Конституция РФ предусматривает в определенных пределах установление такой системы для судебных и исполнительных органов государственной власти. Но такая система, построенная на иерархической основе, совершенно исключена для органов законодательной власти, которые действуют на основе полной самостоятельности, и решения которых не могут быть отменены или изменены соответствующим общефедеральным органом законодательной власти РФ. А такие органы государственной власти, например, как прокуратура, не могут в смысле полной самостоятельности быть разделены на органы общефедеральные и субъектов Федерации, имея в виду полную самостоятельность последних, так как система прокуратуры строится на основе строгой централизации и подчиненности нижестоящего прокурора вышестоящему, а всей системы прокуратуры - Генеральному прокурору РФ.
Важнейшим принципом системы государственных органов Российской Федерации является принцип разграничения предметов ведения и полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти субъектов РФ. Как уже отмечалось, Конституция РФ определяет компетенцию самой Федерации и совместную компетенцию Федерации и ее субъектов. Так называемые "остаточные" полномочия входят в предмет ведения исключительно субъектов Федерации и в данном случае субъекты Федерации обладают всей полнотой государственной власти. Однако, в вопросах распределения компетенции между самой Федерацией и ее субъектами остается много нерешенных проблем. В частности, нет четкого распределения полномочий в системе органов исполнительной власти РФ и ее субъектов, распределения полномочий в других областях государственной жизни.
Важнейший принцип системы органов государственной власти - принцип выборности. Этот принцип распространяется на формирование высших представительных органов Российской Федерации и ее субъектов - Президента РФ, Президентов и других высших должностных лиц субъектов Федерации. С принципом выборности ряда органов государственной власти тесно связан и принцип участия граждан в формировании и деятельности органов государственной власти. Граждане участвуют, прежде всего, в выборах представительных органов государственной власти и в выборах органов местного самоуправления. Кроме того, законодательством субъектов Федерации может быть установлено формирование и других государственных органов. Следует отметить, что деятельность граждан в органах государственной власти оформляется как государственная служба со всеми присущими ей обязанностями, требованиями и привилегиями. Работать в органах государственной власти могут только граждане РФ. Ни министры, ни лица без гражданства не могут принимать участие в государственной службе, которая, помимо прочего, строится на принципах профессионализма.
Принципом деятельности системы государственных органов является право граждан обжаловать в вышестоящий государственный орган или в суд неправомерные действия или бездействие органов государственной власти. Это конституционное право граждан на обжалование действий органов государственной власти и должностных лиц нацелено на усиление правомерности и эффективности деятельности органов государственной власти, защиты конституционных прав граждан и охраны конституционного строя РФ.
Еще один принцип системы органов государственной власти - принцип гласности и открытости в порядке формирования и деятельности этих органов. Этот принцип предполагает широкое освещение деятельности органов государственной власти в средствах массовой информации, периодическую информацию широких слоев населения о работе этих органов, проблемах, стоящих перед ними. Принцип гласности предполагает более тесное взаимодействие органов государственной власти с населением, контроль общественности за порядком формирования и деятельности органов государственной власти. И наконец, важно выделить принцип разделения властей, на котором строится система органов государственной власти в Российской Федерации и ее субъектах. В соответствии с этим принципом органы государственной власти РФ делятся на органы законодательной, исполнительной и судебной власти, которые соответственно осуществляют основные функции государственной власти (правотворческую, исполнительно-распорядительную и правоохранительную). Эти органы образуют основу конституционной системы органов российского государства. При этом предполагается, что три ветви власти должны взаимно дополнять друг друга, взаимно контролировать и сдерживать друг друга по классической схеме системы "сдержек и противовесов", отработанной мировым конституционным опытом. Принцип разделения властей предполагает и влияние на каждую из них со стороны прокуратуры, которая должна принимать меры к устранению нарушения законов, от какого бы органа государственной власти, его структурного подразделения или должностного лица они ни исходили. Важнейшая роль в деле защиты конституционных прав и свобод российских граждан от возможного произвола со стороны органов государственной власти должна принадлежать Уполномоченному по правам человека РФ.
Единая система государственных органов должна быть четко и повсеместно скоординирована.
Прежде всего, эту сложную работу по координации деятельности органов государственной власти осуществляет Президент РФ как глава государства.
Конституция Российской Федерации, провозглашая принцип разделения властей на законодательную, исполнительную и судебную, выводит Президента РФ за рамки этих отраслей власти, не относя его ни к одной из вышеперечисленных отраслей, хотя по тексту Конституции он провозглашается в качестве самостоятельного субъекта осуществления государственной власти. Это дало основание некоторым российским конституционалистам утверждать, что в России формируется отдельная самостоятельная Президентская отрасль власти или даже сверхпрезидентская[10]. Видимо, такая точка зрения имеет право на существование, поскольку в установленной ныне форме принцип разделения властей в Российской Федерации носит довольно ограниченный характер, в то время, как в чисто президентской республике (например, США) президент является главой исполнительной отрасли власти и несет ответственность за результаты работы кабинета министров, а в России Президент активно воздействует на законодательную отрасль власти, контролирует и фактически руководит действиями Правительства, а сам выведен из-под влияния этой системы, в том числе и из-под влияния какой-либо формы контроля со стороны органов государственной власти.
За исключением института отрешения президента от должности по обвинению в государственной измене или совершении иного тяжкого преступления (процедуры очень усложненной и практически неосуществимой) у Федерального Собрания и судебной власти, равно как и у избирательного корпуса, нет реальных рычагов воздействия на деятельность президента или установление ответственности за последствия этой деятельности.
Видимо, такая конституционная модель института Президентства была установлена в силу особенностей переходного периода, переживаемого Россией, и во многом была приспособлена под Президента Ельцина. Не исключено, что в дальнейшем по мере стабилизации конституционного строя в России, принцип разделения властей будет приближаться к его классической форме при установлении чисто Президентской республики.
Исходя из установленного Конституцией РФ принципа разделения властей, система органов государственной власти по функциональному принципу делится на органы законодательной, исполнительной и судебной власти. Органы законодательной власти - Федеральное Собрание РФ в составе двух палат - Государственной Думы и Совета Федерации, парламенты - законодательные и представительные органы республик в составе Российской Федерации: Государственный Совет Татарстана, Народный Хурал Бурятии, Государственное Собрание (Курултай) Башкортостана и т.д.; законодательные представительные органы других субъектов Федерации (краевые, областные, городские думы или законотворчества собрания и т.д.). Основная их функция - осуществление общефедерального или регионального законодательства, принятие законов. Все органы законодательной власти являются выборными, т.е. формируются на самой демократической основе путем всеобщего, равного и прямого избирательного права при тайном голосовании. На общефедеральном уровне орган законодательной власти представляет население всей страны, а законодательные органы субъектов Федерации представляют население только этих субъектов.