Верхнеилычская низменность окружена высокими грядами возвышенностей и горами Урала. Для нее характерны особенно суровые природные условия. Несмотря на небольшую площадь, она резко отличается по составу растительности от других геоботанических районов заповедника, что дало основание А. А. Корчагину отнести этот район к северной тайге. Одной из черт его растительности является ухудшение роста древесных пород и понижение бонитета насаждений по сравнению с аналогичными ассоциациями в других районах.
В пределах Верхнеилычской низменности выделены два подрайона: Левобережный Приуральский (территория заповедника) и Лопъюгский. Первый из них представляет собой равнинную полосу, вытянутую вдоль подножий Урала. Почти вся она заболочена, за исключением узких приречных частей, где болота уступают место темнохвойным лесам — ельнику зеленомошному л господством черники и голокучника Линнея. Из болотной растительности характерны ассоциации сфагнума узколистного и сфагнума Гиргензона с участием в травяно-кустарничковом ярусе карликовой березы, пухоноса альпийского, шейхцерии болотной, мытников болотного и судетского. Часто встречаются сосново-сфагновые лесоболота с Кассандрой болотной, карликовой березой, пушицами влагалищной и широколистной. В северной части подрайона значительную часть территории занимают аапа-болота и сфагново-осоковые болота грунтового и переходного типов увлажнения с господством в моховом покрове сфагнума Варнсторфа и сфагнума мотыльковидного. Близ устья р. Пирс-ю находятся мезотрофные болота, флористически очень интересные. Достаточно отметить уникальные находки на них триостренника морского, трищетинника сибирского и ряда других видов. В долине р. Ичет-Ляга, на правом берегу,. расположены парковые кедровники зеленомошные с преобладанием в травяно-кустарничковом покрове черники и луговика извилистого. Примесь других древесных пород незначительна, отмечено хорошее возобновление кедра по границам подобных сообществ с мезотрофными и эвтрофными лесными болотами.
Лопъюгский подрайон занимает правый берег Илыча в пределах охранной зоны заповедника. Большие площади занимают здесь сосновые боры и своеобразные мезотрофные болота. Господствуют черничный и зеленомошно-лишайниково-черничный боры. Чистых лишайниковых боров нет. Лесоболота исключительно пушицевые. Своеобразие болот связано с их строением: каменистое ложе, перекрытое тонким слоем торфа. При обилии осадков болота «всплывают». Для этих болот характерны шейхцерия болотная, осока шаровидная, в моховом покрове — сфагнум Дузеня, сфагнум плосколистный.
Район Горного Урала наименее изучен, но наиболее разнообразен по характеру растительности. Единственная попытка обобщить материал по растительности и высотной поясности этого района — уже упомянутая схема А. А. Корчагина. Он выделил три основных вертикальных пояса: хвойных лесов (предгорный), горный (субальпийский) и высокогорный.
Пояс горных лесов (предгорный) с верхней границей 300-350 м над ур. моря представлен пихтарниками и ельниками Большой Пармы (сомкнутость крон — 0,7-0,8, высота древостоя — 14-18 м).
Горный (субальпийский) пояс делится на два подпояса: нижний (до 450-500 м) и верхний (до 600 м). Для нижнего характерны пихтарники или ельники щучково-черничные, ельники или пихтарники щучково-папоротниковые, ельники, пихтарники или березняки гераниево-вейниковые. Последние располагаются на сильно увлажненных склонах. Сомкнутость крон в нижнем подпоясе — 0,6-0,8, а высота древостоя — от 8-10 до 10-20 м. В верхнем подпоясе преобладают луговые сообщества, а лесные близки к ассоциациям нижнего подпояса, но отличаются от них появлением суховершинных хвойных деревьев, наличием чистых травянистых субальпийских березняков близ границы леса. Здесь уже попадаются поляны настоящих субальпийских лугов.
Береза извилистая образует криволесье только близ верхней границы леса. Высота криволесной формы — 2,5-4 м. Широко распространены березняки лишайниковые, голубично-лишайниковые, травянисто-болотные. Лиственничники в этом поясе отсутствуют.
Субальпийские луга представлены очень широко и разделяются на крупнотравные (борец высокий, чемерица Лобеля, реброплодник уральский и др.) и мелкотравные (луговик извилистый, душистый колосок обыкновенный).
Верхняя граница леса обычно находится примерно на высоте 550-650 м над ур. моря, хотя отдельные экземпляры ели встречаются на высоте 800 м и более. А. А. Корчагин указывает на три варианта верхней границы леса: субальпийские березняки, елово-пихтовые куртины стланца и отдельные островки елового леса среди осыпей. В. В. Федотовым и М. М. Серебряным установлено, что на склоне западной экспозиции г. Кычелиз граница леса на высоте 500-550 м образована парковым кедровником, а на склоне юго-западной экспозиции г. Кожимиз — елово-пихтовым крупнотравным лесом на высоте 600-620 м.
Высокогорный пояс разделен А. А. Корчагиным на три подпояса: нижний, средний и верхний. К первому он относит только участки склонов выше границы леса, занятые кустарниковыми группировками ивняков (ивы лапландская, седая, железистая и черниковидная), ерников из березы карликовой и тундровой, а также зарослей можжевельника сибирского. В этом же подпоясе встречаются злаково-разнотравные луга с овсяницей ложноовечьей, душистым колоском обыкновенным, белоусом обыкновенным.
К среднему альпийскому подпоясу отнесены горные тундры, представленные лишайниковыми, лишайниково-кустарничковыми, моховыми и травяно-кустарничково-моховыми группировками. Для лишайниковых и лишайниково-кустарничковых тундр характерен сплошной покров из лишайников родов кладония, цетрария, алектория и изредка стереокаулон, а в кустарничковом ярусе господствуют черника, водяника черная, арктоус альпийский. На моховых и мохово-кустарничковых тундрах моховой ковер составляют в основном гилокомиум пролиферум и дикранум скученный. Травяно-кустарничково-моховые группировки приурочены к местам, увлажненным талыми или грунтовыми водами. Верхний высокогорный (гольцовый) пояс охарактеризован А. А. Корчагиным как фрагментарный. Однако многолетние исследования на горных массивах северной части территории заповедника показали наличие четко выраженного гольцового подпояса с господством арктоальпийской флоры (ива травянистая, ива полярная, диапепсия лапландская) на массивах Кожимиз, Кычелиз, Макариз и на других хребтах.
Долины рек чрезвычайно разнообразны в геоботаническом отношении. Здесь выделены два главных подрайона: долина Илыча, в средней части которой представлены редчайшие группировки петрофитной растительности на известняковых и сланцевых скалах, и долины Печоры и ее малых притоков.
Интересны бечевники малых рек, которые активно заселяются растительностью, на которых образуются островные группировки. Прибрежная часть русла занята видами рода нардосмия (нардо-смия гладкая и нардосмия холодная). На каменистых бечевниках и поймах рек доминируют канареечниковые группировки (канареечник тростниковидный). В обилии встречаются лук-скорода, гвоздика пышная, элимус собачий. На береговых валах Илыча развиты высокобонитетные пихтарники с крупнотравьем.
ЖИВОТНЫЙ МИР
Фауна позвоночных включает более 40 видов млекопитающих, более 200 — птиц, 1 вид пресмыкающихся, 4 — земноводных, 17 видов рыб и круглоротых. Фауна беспозвоночных, за исключением муравьев (Рубинштейн) и пауков (Пахоруков), практически не изучена.
Список видов млекопитающих был составлен более 40 лет назад В. П. и Е. Н. Тепловыми. За последние полтора десятилетия к нему добавились лесной лемминг, барсук, енотовидная собака, американская норка, равнозубая бурозубка и кабан.
Для Печоро-Илычского заповедника лось стал как бы символом. В 1929 г. экспедиция Ф. Ф. Шиллингера прошла полторы тысячи километров лодочных и пеших маршрутов и лишь пять раз встретила следы лосей. В 1938 г. на всей территории заповедника было учтено немногим более 150 лосей. Но уже примерно с 1945 г. в равнинной части заповедника отмечаются постоянные сезонные миграции этого зверя — осенне-зимняя на юго-запад и весенняя на северо-восток. Число мигрирующих лосей быстро возрастало и достигло максимума уже к концу 50-х годов. В эти годы через 10-километровый учетный маршрут, проложенный по Старому Чердынскому тракту поперек направления миграции, за полтора-два месяца осенне-зимней миграции проходило до 1270 лосей. На незаповедной территории было организовано лосепромысловое хозяйство.
В последние годы численность лося, по-видимому, стабилизировалась. Через ту же учетную линию во время осенне-зимней миграции, которая начинается в середине ноября, проходит 150—200 лосей. Во время весенней миграции, начинающейся обычно в самом конце апреля, в обратном направлении проходит 60—100 лосей. В зимний стойбищный период на территории заповедника насчитывается 300—400 лосей, а их основные стоянки расположены в долинах рек Ыджид-Ляга, Ук-ю и Пирс-ю. По данным учета, на постоянных площадях плотность населения лося в боровом районе составляет в разные годы от 0,7 до 1,4 зверя на 1000 га, а в тем-нохвойном районе — 0,4—0,7.
Следует отметить, что с середины 70-х годов в заповеднике и на смежной с ним территории начали встречаться лоси с полностью или частично депигментироваиным шерстным покровом (возможно, альбиносы). Интересно, что в 1984 г. в боровом районе заповедника была встречена лосиха совершенно белого цвета с двумя лосятами, один из которых был светлым с темными пятнами, а другой нормального окраса (Летопись природы, 1985).