В заповеднике достаточно полно представлена фауна позвоночных животных, обитающих на Южном Урале. Достоверно установлено обитание 48 видов млекопитающих, 180 видов птиц, 5 видов земноводных, 5 видов пресмыкающихся и 18 видов рыб.
ЮУГПЗ является также эталоном неживой природы. На его территории хорошо представлены древние протерозойские отложения. В пределах заповедника и рядом с ним находятся геологические стратотипические разрезы рифея, которые, по мнению геологов, претендует на роль международных эталонов верхнего докембрия. Здесь представлен весь высотно-поясной ряд почв Южного Урала – от горно-лесных серых и бурых до горно-луговых и горнотундровых включительно.
Задача заповедников как природных резерватов состоит в сохранении всех обитающих на их территориях видов организмов длительное время. Считается, что для поддержания достаточной генетической вариабельности минимальный размер популяции должен быть 50-100 особей. Выполнение функции резервата зависит от его размеров, степени изоляции от окружающей территории, степени нарушенности экосистем резервата и окружающей территории. Размеры резервата-заповедника должны быть такими, чтобы обеспечивать нормальную жизнедеятельность всем популяциям организмов. Наибольшая территория требуется для обеспечения жизнедеятельности популяций крупных млекопитающих – копытных и крупных хищных, совершающих значительные пространственные перемещения и миграции.
Из копытных, обитающих на территории Южно-Уральского заповедника, наибольшая площадь требуется для популяции лосей. По расчетам условная гипотетическая популяция лосей в 100 особей занимает площадь от 1000 до 2500 кв.км. Из хищных млекопитающих наиболее крупные участки обитания имеют волк, медведь и рысь. Территория Южно-Уральского заповедника занимает площадь 2528 кв.км., которая позволяет полностью обеспечить нормальную жизнедеятельность популяциям этих видов. Согласно расчетам здесь могут обитать до 5-8 стай волков, до 70-90 особей рысей и до 180-200 особей медведей. Популяция волка занимает территорию больше площади заповедника, поэтому сохранность популяции волка зависит от окружающих заповедник соседних территорий. Площади других заповедников Южного Урала (от 225 до 496 кв.км.) недостаточны для сохранения популяций этих видов.
Рассматривая вопрос о нарушенности экосистем заповедника, следует указать, что до установления заповедного режима природный комплекс заповедника испытал значительные антропогенные воздействия. Наиболее сильно от хозяйственной деятельности пострадали лесные экосистемы. Значительная площадь лесов в заповеднике в той или иной мере нарушена всевозможными рубками. Самые старые вырубки относятся к концу 19 века. Наиболее интенсивно рубки велись в 1960-е и 1970-е годы, когда широко применялись сплошные рубки с использованием тяжелой лесозаготовительной техники. В результате рубок более 50 процентов лесопокрытой площади занимают производные лесные сообщества – березняки и осинники. Не нарушенными сохранились лесные массивы в труднодоступных местах и в верхних частях горных склонов. Кроме того, вырубка лесов привела к обмелению рек, к изменению их гидрологического режима. На многих реках заповедника осуществлялся молевой сплав леса, который отрицательно сказался на состоянии и численности популяций многих видов рыб (форель, таймень).
Вырубка лесов прямо или косвенным образом привела к значительным изменениям в животном мире. Уменьшилась численность популяций ряда видов животных (белки, куницы, рыси, глухаря и др.), основные стации которых связаны с коренными и старовозрастными лесами. И наоборот, увеличилась численность сукцессионных видов (лося, тетерева).
В настоящее время нарушенные экосистемы восстанавливаются. В лесах идут сукцессионные процессы, направленные на возрождение исходных коренных типов леса. Однако как показывают исследования, для восстановления природной структуры нарушенных сообществ потребуется достаточно длительный период – от 100 до 300 лет.
Заповедник расположен в сравнительно слабо населенном лесном районе. От больших городов и промышленных узлов он отделен достаточно большими горными и лесными пространствами. Значение и возможности Южно-Уральского заповедника как резервата возрастут в связи с созданием природных парков на его восточной и западной границах.
Экологическая роль, какую выполняет Южно-Уральский заповедник, весьма значительна и еще не в полной мере оценена. Трудно оценить в денежном эквиваленте его роль в стабилизации экологической обстановки в промышленно развитом регионе Южного Урала. Здесь расположены крупные города: Белорецк, Магнитогорск, Катав-Ивановск. ЮУГПЗ выполняет важные средообразующую и средостабилизирующую функции в этом регионе.
Территория заповедника является важнейшим гидрологическим центром республики. С заповедных гор стекает более 300 горных речек и ручьев, здесь находятся истоки нескольких крупных и известных в республике рек-притоков Агидели – Юрюзани, Инзера, Катава. Территория заповедника является неиссякаемым источником чистой воды для жителей республики, ресурсы которого оцениваются в 0,8 куб.м в год.
Заповедник улучшает санитарно-гигиенические характеристики и повышает рекреационные условия сопредельных территорий. На западной границе заповедника возводится санаторий Ассы, создается основа будущего крупного курортного центра России. Заповедник оказывает благотворное влияние на окружающие территории. Служит местом временного пребывания (в том числе в период размножения) для большого числа видов охотничьих зверей и птиц, которые пополняют ресурсы охотничьих хозяйств.
Благодаря своему выдающемуся географическому положению, значительной площади, слабому антропогенному изменению природный комплекс заповедника соответствует требованиям, необходимым для придания ему статуса биосферного заповедника.
Еще не все понимают значение заповедника для народов, проживающих на территории нашей республики. Поэтому сотрудниками отдела экологического просвещения и службы охраны заповедника сегодня проводится большая эколого-просветительская работа среди населения. С этой целью в ходе общения с населением специалисты объясняют, что заповедник - это гордость нашего народа и его бесценное достояние, национальный символ, а с биологической точки зрения - научная лаборатория на природе. Для этого мы применяем различные методы повышения образовательного уровня населения: систематически проводим лекции на экологические темы с демонстрацией видеофильмов, природоохранные акции, конкурсы и викторины по экологии. Одним из таких действенных экологических мероприятий, которое у нас ежегодно проводится, является международная акция "Марш парков и заповедников". С 1995 года заповедник - не только активный участник акции "Марш парков", но инициатор и организатор этой акции в Архангельском, Кармаскалинском, Белорецком, Учалинском районах республики, Катав-Ивановском районе Челябинской области, в городах Межгорье, Белорецк, Учалы, Катав-Ивановск. Если в 1995 году в ней приняли участие всего несколько школ поселка Инзер, то в 2004 году в акции "Марш парков и заповедников" в 4-х районах Башкортостана участвовали 66 средних и общеобразовательных школ, Узянский детский дом, детский сад №23 Белорецка и население этих районов. Это десятки тысяч людей, которые хотят сохранить прекраснейшие уголки нетронутой природы родного края, дышать чистым воздухом и заботятся о молодом поколении своего народа.
В 21-м веке возрастает необходимость в особо охраняемых природных территориях, поскольку все труднее становится сохранить здоровую окружающую среду, а для спасения природы, биоразнообразия возрастает необходимость в научных и экологических знаниях. Именно в особо охраняемых природных территориях, в основном в заповедниках и национальных парках, накоплен значительный опыт в решении экологических проблем.
В заключение хочется заметить, что заповедание территории, прекращение на ней хозяйственной деятельности, согласно современным научным представлениям, а также концепции устойчивого развития общества, является переходом к более высокой и социально значимой форме использования территории.
Национальный парк «Башкирия» расположен на западных отрогах Южного Урала в междуречье Нугуша и Белой, а также прилегающих к нему с юга территориях восточного отрога Общего Сырта и северной части Зилаирского плато. Он занимает земли трех административных районов: Бурзянского (14 252 га), Кугарчинского (9 634 га) и Мелеузовского (55 914 га). Протяженность парка с севера на юг около 30 км, общая площадь территории составляет 82,3 тыс. га. На востоке парк граничит с государственным природным заповедником «Шульган-Таш» на протяжении около 40 км.
Национальный парк «Башкирия» образован в сентябре 1986 года, научный отдел - в 2002 году, поэтому изучение и исследование территории парка находятся на начальной стадии. Наиболее полно исследована флора сосудистых растений. Выявлено 646 видов покрытосеменных, относящихся к 92 семействам, 5 видов голосеменных и 17 видов папоротников. Флору сосудистых растений исследовали в разное время сотрудники Института биологии УНЦ РАН и сотрудник парка. Мхи и лишайники находятся на стадии исследования, и в настоящее время зарегистрировано 6 видов мохообразных, занесенных в Красную книгу РБ: дикранум зеленый, палюстриелла изменчивая, ринхостегиум степной, ринхостегиум береговой, энтодон Шлейхера, энтодон стройный; 3 вида лишайников, занесенных в Красную книгу РБ: уснея лапландская, лобария легочная, флавопунктелия соредиозная. Также выявлены 17 видов папоротников, 2 из которых занесены в Красную книгу РБ: пузырник Дайка и костенец зеленый.
На территории Национального парка «Башкирия» находятся три памятника природы:
- карстовый мост «Куперля» («куперля» дословно в переводе с башкирского – «с мостом») находится в зоне познавательного туризма, квартал №1;