С 1952 года в республике начинают создаваться охотничьи заказники, которые в дальнейшем с принятием Закона об ОПТ в Республике Башкортостан (1995 год) стали называться зоологическими или фаунистическими. К 2003 году было учреждено 17 таких заказников, в которых охраняются охотничье-промысловые (лось, кабан, косуля, глухарь и др.) и редкие виды животных (сурок, выдра, европейская норка и др.), проводятся различные биотехнические мероприятия по поддержанию их популяций (подзимняя подкормка и пр.). В 1970 и 1977 годах были учреждены 12 заказников по охране генофонда ценных лекарственных растений. Для сохранения ценных природных комплексов были организованы 5 крупных ландшафтных заказников, где были взяты под охрану истоки рек Белая и Урал, а также исчезающие коренные типы лесов на Бугульминско-Белебеевской возвышенности и на Уфимском плато (широколиственно-темнохвойные, широколиственно-сосновые и другие леса).
Важную роль в сохранении небольших по площади, но уникальных по значению природных объектов сыграло постановление Совета Министров Башкирской АССР № 465 от 17 августа 1965 года, которым было учреждено 115 памятников природы. Были взяты под охрану такие ценные объекты, известные далеко за пределами республики, как: горы Иремель и Яман-Тау, шихан «Тра-Тау», Красноусольские минеральные источники, Кутукская и Капова (Шульган-Таш) пещеры, озеро Аслы-Куль, источник Красный ключ и другие. В 1980-1990-х годах продолжалось дальнейшее учреждение памятников природы: в 1985 году – 34, в 1986 – 3, в 1997 – 9 и в 2003 –11. К сожалению, некоторые памятники природы и заказники по естественным или антропогенным причинам со временем потеряли свою ценность и в 2003 году были упразднены.
С 1986 года начинается создание ОПТ нового типа – парков, где, кроме охраны природных комплексов, предусматривается их широкое использование в рекреационных целях. В настоящее время учреждено 4 парка. Два национальных парка (находятся в федеральном подчинении) - «Башкирский» (1986) и «Аслы-Куль» (1993), и 2 природных парка (находятся в подчинении республики) – «Кандры-Куль» (1996) и «Мурадымовское ущелье» (1998). Немаловажную роль в сохранении биоразнообразия и природных комплексов сыграли другие категории ОПТ: водоохранные зоны, санаторно-курортные местности, горные леса первой группы и другие.
Охрана биоразнообразия нашей республики опирается на развитую законодательную базу: Закон «Об особо охраняемых природных территориях Республики Башкортостан» (1995), республиканская комплексная программа «Экологическая безопасность Республики Башкортостан в 2001-2005 гг.», «Концепция развития системы охраняемых природных территорий в Республике Башкортостан» (2003). Юридический статус имеет новое издание Красной книги (тома 1-3, 2001, 2002, 2004 гг.). В республике активно проводятся научные исследования по проблеме сохранения биоразнообразия (Институт биологии УНЦ РАН, Научно-исследовательский институт безопасности жизнедеятельности РБ, вузы республики, научные коллективы заповедников). Активную роль в финансовом и организационном обеспечении исследований по выявлению ценных природных объектов, нуждающихся в охране, играет Всемирный фонд дикой природы, Уральский офис которого расположен в Уфе.
Вопросы охраны биоразнообразия обсуждались в мае 2004 года в Уфе на научно-практической конференции «Проблемы сохранения биоразнообразия на Южном Урале» В сентябре 2005 года будет проведена конференция «Вклад охраняемых природных территорий в сохранение биоразнообразия», посвященная 75-летию Башкирского государственного природного заповедника. Опубликована целая серия пособий для научно-методического обеспечения изучения биоразнообразия в вузах, общеобразовательных и специальных средних учебных заведениях республики.
Стимулом научно-исследовательской работы изаконотворческой государственной деятельности по охране биоразнообразия Башкортостана стали обязательства перед мировым сообществом, данные в письме Президента РБ М. Рахимова «Дар Земле» от 1 июля 1997 года. Письмо было адресовано Почетному Президенту Всемирного фонда дикой природы Его Королевскому Высочеству Герцогу Эдинбургскому Принцу Филиппу. В нем Башкортостан обязался увеличить долю ОПТ до 16 процентов площади своей территории.
Сегодня в Башкортостане реализуются два основных подхода к сохранению биоразнообразия: популяционно-видовой и экосистемный. Первый подход осуществляется применительно к биоразнообразию растений в Уфимском ботаническом саду-институте УНЦ РАН, в котором интродуцировано около 150 видов редких («краснокнижных») растений. Есть опыт возвращения (реинтродукции) некоторых видов в естественные сообщества, однако этот подход к сохранению биоразнообразия очень дорог. В республике, как и во всем мире, преобладает способ сохранения биоразнообразия в естественных условиях, при этом основным способом является создание ОПТ.
В настоящее время на территории Башкортостана функционируют 3 заповедника, 2 национальных парка, 2 природных парка, 30 заказников и 151 памятник природы. Однако организация ОПТ, к сожалению, была стихийным процессом, поэтому все три заповедника расположены в горно-лесной зоне, там же функционируют два парка. В то же время в степной зоне, где сконцентрирована большая часть флоры Башкортостана, до сих пор нет ни одного заповедника. Два парка – «Аслы-Куль» и «КандрыКуль» в какой-то мере способствуют сохранению остатков степей Предуралья, однако защищенность биоразнообразия в парках ниже, чем в заповедниках.
Одна из задач ОПТ – это охрана редких видов растений, включенных в Красную книгу РБ (2001). На сегодняшний день вследствие концентрации ОПТ в горно-лесной зоне наиболее надежно обеспечены охраной виды высокогорий, а также виды широколиственных, смешанных и хвойных лесов. В удручающем состоянии находится охрана степных, солончаковых, водно-болотных и луговых видов. Еще хуже обстоит дело с охраной редких видов животных. Достаточно отметить, что из 151 памятника природы только 4 являются по профилю зоологическими.
В республике разработан и утвержден на правительственном уровне проект «Система охраняемых природных территорий Республики Башкортостан» («СОПТ РБ»), который ляжет в основу долгосрочной программы развития охраны биоразнообразия Башкортостана. Проект является итогом сотрудничества науки, государства и международной организации «Всемирный фонд дикой природы».
Территории, включенные в СОПТ, функционируют как единое целое, в составе которого четыре функциональных составляющих:
- ядра экологического каркаса – ключевые природные территории. Это крупные ОПТ, играющие главную роль в обеспечении экологического баланса и сохранении биологического и ландшафтного разнообразия. Роль ядер играют территории государственных природных заповедников и национальных парков, а также некоторые государственные природные заказники и природные парки. В отдельных случаях эту роль выполняют иные ОПТ (зарезервированные территории и лесные массивы, отнесенные к соответствующей категории защищенности);
- природные территории целевой охраны. Это ОПТ, обеспечивающие сохранение отдельных особо ценных элементов биологического и природного разнообразия. К ним относятся малые по площади (иногда точечные) ОПТ или природные территории с относительно низким уровнем защищенности (памятники природы, охотничьи заказники, заказники по охране ресурсов лекарственных растений и пр.);
- экологические коридоры (транзитные территории). Это природные территории, охраняемые или используемые в щадящем режиме. Они обеспечивают необходимые условия для расселения, миграции и генетического обмена между популяциями животных и растений в условиях выраженной фрагментации естественных экосистем на небольшие массивы. Роль экологических коридоров могут выполнять ОПТ любых категорий, включая природные территории целевой охраны;
- буферные территории. Это ОПТ, защищающие ядра экологического каркаса. Буферные территории обеспечивают защиту ключевых природных и транзитных территорий от негативных влияний хозяйственной деятельности и способствуют увеличению их площади до оптимального размера, обеспечивающего их функционирование. Для каждой буферной зоны с учетом конкретных природных и социально-экономических условий устанавливается специальный режим землепользования.
Проект «СОПТ РБ» предусматривает значительное увеличение числа и площади различных вариантов ОПТ. При этом наиболее резко возрастет уровень защищенности биоразнообразия в равнинных районах Предуралья и Зауралья (Абзелиловский, Баймакский, Бакалинский, Бижбулякский, Куюргазинский, Мишкинский, Стерлибашевский, Хайбуллинский и другие районы). Наиболее важными ОПТ, создание которых планируется в рамках «СОПТ РБ», являются 1 заповедник (Шайтан-Тау), 8 парков (Агидель, Зилим, Инзер, Иремель, Ирендык, Крыкты, Павловка, Юрюзань) и более 50 заказников. При учреждении проектируемых ОПТ общая площадь СОПТ составит 3.7 млн. га (25.8 процента всей площади республики), что позволит улучшить условия жизни ныне живущих поколений и сохранить природу для потомков.
Финансирование СОПТ ориентируется на минимизацию государственных субсидий. Предусматривается привлечение средств из внебюджетных источников, включая средства от реализации товаров (работ, услуг), связанных с функционированием ОПТ (рекреационная деятельность, заготовка лекарственного сырья, коммерческая охота и рыбная ловля, производство экологически чистых сельскохозяйственных продуктов), а также арендных и иных платежей за пользование природными ресурсами на этих территориях. Для организации рекреационного использования необходимы инвестиции только на первом этапе, в дальнейшем это природопользование будет не только самоокупаемым, но и доходным.