С целью минимизации всех эколого-экономических потерь рекомендовано взять за основу пониженную отметку подпорного уровня водохранилища — 183 метра. Это позволяет существенно уменьшить остроту экологических и социальных проблем. Окончательную точку в споре поставила администрация Красноярского края, разрешив строителям и проектировщикам пуск агрегатов на отметке водохранилища 185 метров. Учитывая то, что строительство Богучанской ГЭС все еще не имеет акта государственной экологической экспертизы, Богучангэсстрой в 2002 году вновь возвратился к доработке экологических документов. В результате выявлены следующие негативные последствия строительства Богучанской ГЭС и его водохранилища.
Из зоны затопления выселена лишь половина из 12 тысяч человек, подлежащих переселению. Компенсация материальных и моральных потерь производится все еще по устаревшим нормативам. При заполнении водохранилища будет затоплено 18,4 тысячи га пашни и угодий, остальные будут расчленены заливами и станут малопригодными для землепользования. Намеченные к новому освоению земли уступают старопахатным по качеству. Для жителей региона появится и новая проблема - подтопления пологих берегов водохранилища. Возникнет зона обрушения берегов, которая с годами будет увеличиваться.
Из-за трудностей с лесоочисткой ложа на неудобьях под воду уйдут значительные объемы (около 2 млн. м3), а также отходы рубки и тонкомерный лес. Сложные экологические проблемы возникнут в связи с затоплением болот и последующим всплытием торфов - до 4,5 млн. м3.
Безусловно, возникнут проблемы негативного порядка с животным миром наземных экосистем, часть из которых не сможет выжить и адаптироваться. Произойдут некоторые изменения в климатическом режиме зоны водохранилища, наиболее резко они проявятся в нижнем бьефе, где зимой будет образовываться полынья длиной до 40 км, а летом наоборот будут пониженные температуры. Зимой появится опасность возникновения зажорно-заторных наводнений в нижнем течении Ангары и Енисея из-за проблем с регулированием суточных и недельных пропусков воды в нижний бьеф. Ошибки регулирования пропусков воды Богучанской ГЭС могут привести к новым дополнительным зимним наводнениям на Среднем Енисее.
Особое значение при строительстве ГЭС имеет водно-экологический фактор. Новое водохранилище создается на реке с высоким уровнем загрязнения, где существуют участки воды грязной и очень грязной, особенно ниже Усть-Илимской ГЭС. Общее состояние экосистемы реки на отдельных участках оценивается от антропогенного экологически напряженного до антропогенного метаболического регресса.
В период заполнения водохранилища (в течение 2-3 лет) качество воды заметно ухудшится по всем показателям. В дальнейшем снизятся потоки веществ, связанные с переработкой берегов и диффузией затопленных почв и растительности, и установится стационарный гидрохимический режим.
Богучанская ГЭС окажет негативное воздействие и на ихтиофауну. Ангара давно уже прекратила воспроизводство осетровых и лососевых видов рыб, которыми она была ранее знаменита. Строящееся водохранилище не восстановит и не изменит этой ситуации. Дополнительный ущерб рыбному хозяйству будет нанесен за счет ухудшения среды обитания полновозрастных рыб и сокращения пригодных нерестилищ для молодняка.
Сегодня в отношении Богучанской ГЭС слышен лишь гром победы - строительству сказали «Да!», обнародована концепция будущего гиганта отечественной гидроэнергетики, обещана дешёвая рабсила из Поднебесной и прочие блага. От грядущей экономической выгоды и масштабности стройки и впрямь захватывает дух. Однако, в раскатах победных обещаний и резолюций неслышимы никем предостережения экологов, доводы которых идут вразрез с общим гидростроительным энтузиазмом. Не слышит никто и учёных Сибирского государственного технологического университета, волею научной судьбы более двадцати лет занимающихся прогнозированием засорения водохранилищ древесной массой и разработкой технологий очистки ложа Красноярской и Саяно-Шушенской ГЭС, и которые очень обеспокоены об экологическом будущем Богучанского моря и «приморья».
Если судить по состоянию водохранилищ всех гидроэлектростанций Ангаро - Енисейского региона, будущее печально. Особенность гидроэлектростанций, построенных на Ангаре и Енисее, в том, что их водохранилища образовались на месте крупных лесных массивов. В результате неизбежно будет на акватории водохранилища Богучанской ГЭС огромная масса плавающей и затопленной древесины. Прогнозируется загрязнение водохранилища органическими веществами, ведь под воду на разложение со значительной территории уйдут деревья и кустарники, трава, гумус, моховой очёс, торф, дернина, лесной опад. А сколько органики «доставят» пни! Подсчитано, что запас древесины в пнях составляет 0,07 процента всей массы дерева. Ликвидный запас ложа водохранилища ГЭС - 10,7 миллиона кубометров пнёвой массы. Да только объём корневой системы сосны, оказавшейся вод водой, составляет 1,6 миллиона кубометров, в весовом выражении это 938,8 тысячи тонн. Лесной подстилки окажется 13 455 тысяч тонн, гумуса - 2467 тысяч тонн.
Проектный объём затопления древесины в ложе водохранилища Богучанской ГЭС - 2 миллиона кубометров. Так называемые абразионные берега, то есть подвластные береговой эрозии, составляют 766 километров (31,5 процента) от периметра береговой линии при отметке 208 метров. На отдельных участках размыв берега составит до сотни метров. К тому же река Ангара имеет малый сток. И в настоящее-то время отрицательное влияние на экологию прибрежных территорий оказывает повышение уровня воды в верхнем бьефе и посадка уровня воды в реке в нижнем бьефе. Твёрдый сток в створе Богучанской ГЭС уменьшен в связи с вводом Усть-Илимского водохранилища, поэтому недостаток насыщения реки твёрдым стоком ниже плотины будет восполняться размывом русла в нижнем бьефе. Ни к чему хорошему это не приведёт.
Плюс к этому растворёнными в воде окажутся органические вещества от размыва берегов, осадков, добавят их потоки из верхнего бьефа Усть-Илимского водохранилища, находящихся выше по течению городов Братска, Иркутска. В Кежме будет свалка всего, что идёт сверху, и из затопленного леса. По сути, вода станет типично «мёртвой», поскольку неизбежно в рукотворном море понижение содержания кислорода, уровня кислотности, накопление ядовитых веществ. Уж не едать нам ценной ангарской рыбки..., изменение состава ихтиофауны неизбежно в таких условиях. Это доказано и на примере Красноярского моря.
Оценивая экологические последствия строительства Богучанской ГЭС, следует учесть негативные последствия для окружающей среды других гидрообъектов региона. На сегодня объём затопленной древесины в ложах водохранилищ Ангаро-Енисейского региона составляет 22,67 миллиона кубометров. Активное обрушение лесопокрытых берегов ложа водохранилищ, нарушение технологий лесосплавных работ на водохранилищах и на впадающих в них реках, стихийные явления, которые неизбежны на таких пространствах, привели к тому, что «на воде» более 4 миллионов кубометров плавающей древесной массы.
Судя по расчётам, ничего хорошего не ждёт и прибрежные деревни и посёлки. Для этого тщательнейшим образом проведены работы над прогнозированием и изучены последствия эксплуатации водохранилищ Братской, Усть-Илимской, Красноярской, Саяно-Шушенской, Курейской ГЭС. Поэтому проблемы, появившиеся с вводом этих гидроэлектростанций, неизбежно возникнут и на водохранилище Богучанской ГЭС, так как гидрологические, топографические, геологические и таксационные условия одинаковы.
По прогнозам, размыв левого берега водохранилища Богучанской ГЭС через десять лет составит 20 метров, через двадцать пять лет - 35 метров. Но есть места, где размыв будет ещё больше. У посёлка Недокура через десять лет берег уйдёт на 75 метров. По правому берегу прогноз утешительнее, но не намного. Тип грунта там несколько иной. Тем не менее через десятилетие село Проспихино будет вынуждено отодвинуться от берега на 30 метров, деревня Окунёвка - на 40, а устье реки Народимой - на 30.
Главная экологическая проблема будущих вод Богучанского моря в огромном, даже по прогнозам (а реальность бывает ещё печальнее), скоплении древесины в реках и заливах будущего водохранилища. Два миллиона кубометров плавающей древесной массы появятся на водохранилище уже в первые годы её эксплуатации. А далее - по нарастающей (что и произошло на водохранилище Саяно-Шушенской ГЭС, где в заливах образовалось скопление древесной массы объёмом около 1 миллиона кубометров!). Закономерно в таких местах существенное ухудшение качественных показателей воды, в ней велико содержание аммонийного азота, фосфатов, органических веществ, фенолов. По системе загрязнённости вода в заливах оценивается как сильно загрязнённая, то есть ядовитая, непригодная для питья.
Обычно затоплению предшествует очистка ложа водохранилища и на месте будущего Богучанского моря активно идёт лесозаготовка. Однако огромное количество леса неизбежно оказывается в воде. Одна из главных причин - размыв берегов, что происходит в результате колебаний воды, воздействия ледяных полей. Весной лёд вообще сдирает за собой весь прибрежный лес. Таким образом, в воде оказывается древесины 54,6 процента от всей плавающей древесной массы. Вторая причина - отпад частично подтопленной древесины. На это приходится 34,8 процента. К древесным заторам приводит и нарушение технологии лесосплавных предприятий, когда отрываются и идут в свободное плавание плоты. Это ещё 5,1 процента. Вынос древесины из рек даёт 1,3 процента. Например, сегодня в руслах рек Красноярского края затоплено 302 тысячи кубометров! А в реках соседней Иркутской области - около 150 тысяч кубометров. «Рубят» лес и ветровалы, так как на водохранилище всегда появляются ветровые волны. За счёт этого в воде оказывается ещё 4,2 процента древесины. Следует учесть и просто срубленную, но не вывезенную древесину, как случилось при строительстве Братской ГЭС.