Територія Шацьких озер давно привертала увагу вчених. Перші відомості про озеро Світязь знаходимо в роботі П.А. Тутковського ще у 1901 році. Перші відомості про флору та рослинність деяких боліт цього регіону знаходимо в роботах польських вчених, пізніше більш детально болотна рослинність була висвітлена в роботі Т.Л. Андрієнко, А.І. Кузьмичова, О.І. Прядко (1971). У зв'язку зі створенням Шацького національного парку проводиться детальне вивчення флори і рослинності цієї території, результати якого висвітлені в цілій низці робіт (Андриенко, Шеляг-Сосонко, 1983; Ященко та ін., 1983; Ященко, 1983, 1984, 1985а,б). Проводиться вивчення поширення окремих видів на території парку (ІДурик, Жижин, Ященко, 1973; Карпова, Зуб, 2002). Узагальнюючі роботи про парк знаходимо у монографічних зведеннях "Шацький національний природний парк. Наукові дослідження 1983-1993 pp." (1994), „Щацький національний природний парк. Наукові дослідження 1994-2004 рр" (2004). "Заповідники і національні природні парки України" (1999). Відомості про флору та рослинність парку знаходимо також у низці науково-популярних видань.
Територія парку, яка до розширення була цілісною, складається з кількох ізольованих ділянок, оскільки розширення в північно-західному напрямку відбувалося лише за рахунок державних лісів, а населені пункти та землі сільськогосподарських виробників до складу парку тут не увійшли. На території парку знаходиться 24 озера. Найбільшими з них є Світязь (2621 га). Озеро має карстове походження. Максимальна глибина 58,5 м. Серед інших озер найбільшими є Пулемецьке (1569 га), Луки (673 га), Острів'янське (257 га), Пісочне (189 га). "Шацькі озера" включені до переліку водно-болотних угідь, які мають міжнародне значення (Рамсарська конвенція).
Вкрита лісом площа у парку становить 24503,4 га (50,0%), в тому числі 9142,9 га - лісові культури. Луки займають в парку близько 3300 га (6,8%), болота 1947,4 га (4,0%). Площа, вкрита водою, становить 6961,7 га (14,2%), площа орних земель - 4726,4 га (9,7%), забудовані території - 1709,2 га (3,5%).
Серед лісів основні площі займають ліси з домінуванням сосни звичайної (Pinus sylvestris) (62%), вільхи чорної (Alnus glutinosa) (20%), берези повислої (Betula pendula) (16%). Найпоширенішими сосновими лісами є ліси з домінуванням чорниці (Vaccinium myrtillus). У деревостані з невисокою участю трапляються береза, дуб звичайний, (Quercus robur). Підлісок розвинений слабо, в ньому переважає крушина (Frangula alnus), трапляється горобина (Sorbus aucuparia). Звичайними видами цих угруповань є молінія голуба (Molima coerulea), брусниця (Vaccinium vitis-Шаеа), верес (Calluna vulgaris). Як правило в цих лісах добре розвинений моховий покрив, у якому переважають Pleurozium schreberi та Dicranum rugosum. Ці ж види мохів домінують у зеленомохових соснових лісах, які займають дещо сухіші ділянки. За флористичною класифікацією переважаючі у парку свіжі та вологі соснові ліси належать до ас. Peucedano-Pinetum та Molinio (caeraleae)-Pinetum.
Найбільш високі елементи рельєфу займають соснові ліси з покривом лишайників (Cladonio-Pinetum). Трав'яно-чагарничковий ярус у цих ценозах утворюють чебрець повзучий (Thymus serpyllum), костриця овеча (Festuca ovina), агалик-трава гірська (Jasione montana), нечуй-вітер волохатенький (Hieracium piloselld) та ін; трапляються мучниця {Arctostaphylos uva-ursi), гвоздика несправжньорозчепірена (Dianthus pseudosquarrosus). Досить поширені у парку і заболочені соснові ліси ас. Vaccinio uliginosi-Pinetum.
Дубово-соснові ліси в парку є малопоширеними. У деревостані основним домінантом найчастіше є сосна звичайна {Pinus sylvestris), значною є участь дуба, інколи - берези або вільхи. У цих лісах переважно с добре виявлений підлісок з домінуванням крушини (Frangula alnus). У трав'яно-чагарничковому покриві переважають веснівка дволиста {Majanthemum bifolium), чорниця (Vaccinium myrtillus), молінія голуба(Molinia caerulea), квасениця звичайна (Oxalis acetosella). Ці угруповання належать до ас. Querco roboris-Pmetum.
Ліси з домінуванням берези повислої (Betula pendula) утворилися на місці корінних соснових та дубово-соснових і зберігають значною мірою їх видовий склад. Невеликими ділянками в парку відмічені і лісові угруповання з переважанням ялини європейської (Picea abies). Значну участь в їх деревостані беруть сосна, вільха, береза. В парку наявні невеликі ділянки грабово-дубових лісів (ас. Tilio-Carpinetum). Звичайними видами трав'яного ярусу цих лісів є квасениця звичайна (Oxalis acetoselld), зірочник ланцетовидний (Stellaria holostea), копитняк європейський (Asarum europaeum), печіночниця звичайна {Hepatica noibilis).
Незаболочені вільхові ліси мають деревостан, в якому, крім вільхи чорної (Alnus glutinosa), звичайними видами є береза повисла (Betula pendula), осика (Populus tremula), дуб звичайний (Quercus robur), ясен звичайний (Fraxinus excelsior). Підлісок утворює крушина (Frangula alnus), на підвищених ділянках - з ліщиною (Corylus avellana). Характерними видами трав'яного ярусу є безщитник жіночий (Athyrium filix-femina), кропива дводомна (Urtica dioica), костриця велетенська (Festuca gigantea), пшінка весняна (Ficaria verna), яглиця звичайна (Aegopodium podagraria), копитняк європейський (Asarum europaeum).
Серед нелісових боліт найбільшу площу займають евтрофні болота, серед них переважають відкриті болота класу Phragmito-Magnocaricetea з домінуванням осоки омської (Сагех omskiana) та осоки зближеної (С appropinquata), значно менше поширені високотравні ценози з домінуванням очерету (Phragmiles australis), рогозу вузьколистого (Typha angustifolia). Флористичне ядро осокових та високотравних видів утворюють типові болотні бореальні види вовче тіло болотне (Сотагит palustre), бобівник трилистий (Menyanthes trifoliata), осока здута (Сагех rostrata), осока жовта (Сагех flava), хвощ річковий (Equisetum fluviatile), кизляк китицецвітий (Naumburgia thyrsiflora). Різноманітність евтрофних боліт у парку доповнюють угруповання осоково-гіпнових боліт.
Характерними для парку є мезотрофні болота, які переважають в урочищах Князь Багон, Мальоване та Лука. Болото Князь Багон серед них є лісовим мезотрофним болотом. По периферії цього болота в деревостані переважає сосна, в центрі є берези. Зімкнутість деревостану тут 0,2-0,4. У трав'яному покриві цього болота переважає очерет (Phragmites australis), місцями куничник сіруватий (Calamagrostis canescens), співдомінує бобівник трилистий (Menyanthes trifoliata), значну домішку місцями угворюс журавлина болотна (Oxycoccus palustris). У майже суцільному сфагновому покриві переважає Sphagnum fallax. На болотах Мальоване та Лука переважають відкриті мезотрофні болота з домінуванням Сагех lasiocarpa на сфагновому покриві (ас. Caricetum lasiocarpae Koch ! 926). Тут відмічені такі рідкісні види, як шейхцерія болотна (Scheuchzeria palustris), росичка англійська (Drosera anglica), росичка середня (D. intermedia), береза низька (Betula humulis).
Оліготрофних боліт у парку мало. Одним з найвідоміших є болото Втенське в Ростанському лісництві. Це лісове, з Pinus sylvestris, сфагнове болото, горби на якому утворюють Sphagnum magellanicum та S. acutifolium. Домінантами трав'яно-чагарничкового ярусу є пухівка піхвова (Eriophorum vaginatum), місцями зі снівдомінуванням журавлини болотної (Oxycoccus palustris). Лише тут відмічений вид з Червоної книги - журавлина дрібноплода (Oxycoccus microcarpus). Незначні площі по периферії цього болота займають угруповання мезотрофного типу. У трав'яному покриві співдомінантом пухівки піхвової є очерет (Phragmites australis), а сфагновий покрив утворений Sphagnum fallax. Торфовий поклад цього болота має глибину до 3 м (Ященко та ін.. 1983). Вивчення стратиграфії довело, що болото Втенське утворилось, як і деякі інші'болота парку, шляхом заростання озера.
Серед лук у парку переважають болотисті з домінуванням осоки гострої (Сагех acuta), мітлиці повзучої (Agrostis stolonifera), тонконога лучного (Poa palustris) та торф'янисті з переважанням щучника дернистого (Deschampsia caespilosa).
Мезинський НІШ створено 10 лютого 2006 р. Площа парку 31 035,21 а, в тому числі 8543,9 га передано парку у постійне користування. Територія розташована на півночі Коропського району Чернігівської області.
У системі фізико-географічного районування України територія НПП належить до Новгород-Сіверського району області Новгород-Сіверського Полісся. НПП презентує ландшафтні комплекси лесових островів, які є особливістю цієї фізико-географічної області. Низка лесових островів тягається вздовж правого берега р. Десни. В межах України вздовж Десни знаходиться чотири лесових острова: Грем'ячський, Новгород-Сіверський, Блиставський та найбільший, де і розташований Мезинський НПП, - Понорницький. Схожі ландшафти мають продовження і на півночі, в Росії, це так звані опілля: Брянське, Трубчевське та Стародубське (Присудоеьке).
Понорницький лесовий острів являє собою підвищену рівнину. Максимальна відмітка висоти - 212 м. в.р.м. біля с. Рихли на самій межі НПП. До р. Десни спускається стрімкий схил висотою до 70-85 м. Низький базис ерозії і легкість розмиву лесових порід сприяють розвитку яружно-балкової мережі. Тому поверхня всіх лесових островів, і Понорницького зокрема, сильно розчленована ярами і глибоко врізаними долинами малих річок - приток р. Десни. Більшість берегових ярів являють собою великі розгалужені системи, що відкриваються гирлом у балку. На схилах корінного берега р. Десни та глибоких ярів на денну поверхню виходять антропогенові, палеогенові і подекуди крейдяні відклади. Основними ґрунтоутворюючими породами є лесовидні суглинки, які підстилаються мореною. У товщі лесу простежуються викопні ґрунти. У ґрунтовому покриві переважають сірі опідзолені пилувато-легкосуглинисті й супіщані та дерново-середньопідзолисті супіщані і суглинкові, дерново-слабопідзолисті та опідзолені чорноземи. На схилах ярів поширені грунти різного ступеня змитості. У заплаві р. Десни ірунтовий покрив строкатий. На відносно дренованих ділянках його формують різноманітні за потужністю дернового горизонту та оглеєння алювіально-дернові грунти. Серед гігроморфних типів грунтів поширені торф'яно-болотні та торфовища. На території Мезинського НПП беруть початок і протікають малі річки Студинка, Хвостинка, Восковуха, Криска, Бистриця. Найбільша з них Студинка. Вона має широку долину, зайняту долинно-зандровими місцевостями.