З точки зору засад методології, а також аналізу практики здійснення екологічної експертизи еколого-експертна процедура включає такі складові елементи:
підготовчий етап, або етап перевірки наявності в переданих для експертизи об'єктах необхідних матеріалів, реквізитів, створення еколого-експертних комісій (груп) і встановлення відповідності прийнятих матеріалів вимогам діючого законодавства;
основний етап або етап аналітичної обробки об'єктів експертизи, натурні обстеження та проведення на їх основі порівняльного аналізу і часткових оцінок;
заключний етап, або етап узагальнення окремих експертних досліджень і оцінки одержаних даних і наслідків експертизи, складання висновку екологічної експертизи з наступним поданням їх заінтересованим особам.
Надзвичайно важливо юридично окреслити коло питань, які необхідно вирішувати на кожному з етапів з тим, щоб провести екологічну експертизу найбільш виважено та ефективно, у встановлені строки і підготувати обгрунтований, практично корисний і реальний для виконання висновок експертизи.
З досвіду практики проведення екологічної експертизи на підготовчому етапі експертні органи та інші формування, експерти перевіряють підстави направлення об'єктів на екологічну експертизу, наявність відповідної документації, необхідної для всебічного еколого-експертного аналізу та оцінки, правові засади розробки експертованих матеріалів, їх законність, обгрунтування вибору земельної ділянки (для об'єктів будівництва), правомірність прийнятого по цьому питанню рішення компетентного державного органу. Важливо пам'ятати, що для Досягнення на цьому етапі та при наступному дослідженні всебічного, повного і комплексного аналізу та оцінки об'єктів експертизи бажано враховувати особливості матеріалів, що передаються на експертизу, залежно від характеру об'єкта, його розміщення в конкретній екологічній обстановці.
З урахуванням цих факторів у кожному конкретному випадку слід призначати для проведення екологічної експертизи найбільш компетентних в цій галузі знань осіб — представників науково-дослідних, інших установ, навчальних закладів, висококваліфікованих спеціалістів галузей народного господарства, громадських організацій тощо. При необхідності доцільно сформувти експертну комісію чи групу.
Склад учасників експертної комісії перед його офіційним затвердженням еколого-експертним органом чи формуванням бажано попередньо обговорити на експертній раді. В склад цих комісій доцільно включати спеціалістів різних галузей знань — екології, економіки, гідрології, природничих наук, біології, технології, хімії (особливо коли експертуються об'єкти, здатні виділяти токсичні речовини) і права. На жаль, значну кількість екологічних експертиз проводять без залучення юристів, що не сприяє об'єктивності розгляду експертованих об'єктів.
З урахуванням складності і особливостей переданих на експертизу об'єктів доцільно визначити строки її поетапного і повного завершення, надати в розпорядження експертної комісії необхідну інформаційну, інструментальну та інструктивно методичну базу, зареєструвати передані матеріали, чітко сформулювати завдання екологічної експертизи. Такі завдання завжди повинні бути конкретними як з точки зору специфіки експертованих об'єктів, так і стосовно їх реалізації у відповідній екологічній системі.
Проте такі завдання повинні завжди передбачати проведення компетентного аналізу і оцінки параметрів, що фіксуйються експертованими матеріалами, з точки зору можливої небезпечної взаємодії з природним середовищем, своєчасного узагальнення окремих (часткових) оцінок по окремих параметрах, розділах (для передпроектної, проектної документації) з точки зору можливості їх використання при узагальненні висновку експертизи і підготовки необхідної інформації для прийняття остаточного рішення по експертованих об'єктах. Тут же бажано дати роз'яснення щодо прав і обов'язків кожного експерта та експертної комісії в цілому. При необхідності визначаються строки проведення засідань для обговорення складних ситуацій, можливих при проведенні експертизи з залученням заінтересованих осіб і представників громадськості.
Визначальним у процедурі екологічної експертизи є етап аналітичної обробки об'єктів експертизи, враховуючи що глибоке та всебічне вивчення екологічних заходів, передбачуваних експертованим об'єктом, їх комплесне дослідження сприяють об'єктивній екологічній оцінці, дозволяють виявити позитивні чи негативні рішення стосовно екологічних вимог та норм екологічної безпеки, конкретної екологічної ситуації. Цей етап умовно можна поділити на дві частини, в' ході яких Проводиться вивчення, перевірка, аналіз та узагальнення рішень, викладених у відповідних матеріалах щодо обгрунтування необхідності подальшої реалізації заходів, направлених на забезпечення екологічної безпеки, охорону навколишнього середовища та додержання режиму використання і відновлення відповідних природних ресурсів, проведення натурних обстежень місця реалізації експертованого об'єкта з метою додаткового вивчення і врахування природних і соціальних умов, які можуть сприяти чи, навпаки, обмежувати реалізацію таких об'єктів. Особливо слід наголосити на здійсненні цього заходу стосовно реалізації об'єктів, що є джерелом підвищеної екологічної небезпеки.
При вивченні переданих на екологічну експертизу матеріалів бажано зосередити значну увагу обгрунтування екологічних, зокрема, природоохоронних заходів. Вони зібрані в спеціальному розділі та інших частинах експертованих матеріалів. Це стосується насамперед архітектурно-будівельних, санітарно-технічних, технологічних, теплоенергетичних, протипожежних, техніко-економічних, проектно-кошторисних, екологічних та інших рішень з обов'язковим аналізом документів еколого-юридичного змісту, що повинні бути зосереджені в спеціальній пояснювальній записці, паспорті експертованого об'єкта та інтегрованого висновку про екологічні наслідки експертованих об'єктів.
Як свідчить практика, саме цим матеріалам не приділено належної уваги та оцінки з боку окремих експертивних формувань, хоча вони дають можливість встановити еколого-юридичне обгрунтування таких об'єктів. Так, при проведенні еколого-правової експертизи проектних матеріалів розміщення заводу залізобетонних виробів було встановлено, що вони не відображали реальну ситуацію регіону розміщення об'єкта, не враховані всі можливі пересувні та стаціонарні джерела викидів забруднюючих речовин, відсутні матеріали, які б вказували на характер громадської думки жителів, що проживають в районі наміченого будівництва, матеріали про відвід земельної ділянки під будівництво, не обгрунтовані заходи щодо збереження родючого шару грунту, в наявності безліч юридичних документів (актів, довідок тощо), виданих в свій час на визначений строк дії, які на період проведення екологічної експертизи втратили юридичну силу і чинність, та ряд інших типових недоліків, аналіз яких дає підставу для негативної оцінки окремих положень матеріалів, що обґрунтовують доцільність розміщення цього народногосподарського об'єкта.
Тому в процесі аналітичної роботи над експертованими об'єктами бажано зосереджувати максимум уваги аналізу об'єктивного, реального відображення всіх параметрів, характеристик екологічної ситуації в місцях реалізації експертованого об'єкта з тим, щоб це не призвело до погіршення екологічної обстановки, безпечної для здоров'я і життя людей та природних систем. Слід звертати увагу на те, коли йдеться про регіони і території, на яких встановлено особливий природоохоронний режим стосовно об'єктів приррдно-заповідного фонду та охоронюваних зон і територій (лікувальних, рекреаційних тощо), зон надзвичайного екологічного лиха, наявності природних об'єктів (тварин і рослин), занесених до Червоної книги.
У цьому зв'язку зумовлюється необхідність чіткого аналізу і оцінки визначення повноти заходів на обгрунтування використання природних ресурсів, встановлення правильності рішень відносно джерел забруднення навколишнього середовища, їх кількісних і якісних показників, пов'язаних з викидами в атмосферу та скидами у водойми і на грунти шкідливих речовин, аргументованість і всебічність заходів щодо попередження забруднення, засмічення, виснаження та псування природних ресурсів, а також по знешкодженню відходів екологічно шкідливих виробництв і використанню природних невідновлюваних ресурсів та вторинних матеріалів.
Надзвичайно важливо старанно проаналізувати ефективність передбачуваних рішень, пов'язаних з поліпшенням якості навколишнього середовища, і тих, що передбачають виконання оздоровчих, рекреаційних, охоронних і захисних функцій (створення санітарно-захисних зон, організацію впорядкування і зелених насаджень, парків, лісопарків тощо). При цьому слід оцінити обгрунтованість джерел водопостачання, споживання енергії, дати всебічну оцінку (екологічну, санітарно-гігієнічну, економічну, соціальну) рішень щодо можливих змін екологічної обстановки від кліматичних, метеорологічних та інших природних факторів і процесів. Бажано до того ж встановити відповідність таких рішень екологічним, санітарно-гігієнічним, іншим нормам і правилам чинного законодавства і проаналізувати правильність розробок у випадках відсутності цих норм і правил при обгрунтуванні питань екологічного характеру.
На рівні сучасних екологічних вимог слід законодавчо передбачити обов'язковість проведення натурних обстежень природного середовища з метою найповнішого відображення особливостей екосистеми (особливо при проведенні експертизи на розміщення та вже діючих об'єктів). Ця форма еколого-експертної діяльності дозволяє виявити особливості конкретних природних умов, сприяє відображенню реальної екологічної ситуації, дозволяє по можливості найбільш повно оцінити їх взаємодію з навколишнім середовищем, прогнозувати варіанти функціонування експертованих об'єктів в природній системі, сприяє виявленню додаткових даних і відомостей, з урахуванням яких формулюються цінні рекомендації і пропозиції щодо вдосконалення екологічного обгрунтування експертованих об'єктів.