Во-вторых, это плата на воспроизводство и охрану природных ресурсов. Данная составляющая платы за природные ресурсы представляет собой оплачиваемые природопользователем расходы специализированных предприятий и организаций на восстановление израсходованной в процессе хозяйственной деятельности части ресурсов. В основе этой платы лежит экономическая оценка тех же ресурсов, но ориентированная на расчет потерь и финансовых ресурсов, необходимых для рекультивации и восстановления ресурсов природной среды, нарушенных в процессе природопользования.
Следует также иметь в виду, что на ресурсы, непосредственно изымаемые природопользователем, устанавливаются лимиты их использования. Они действительны определенный срок по каждому виду природных ресурсов, которые определяются уровнем развития техники, технологических процессов, изменением потребностей в данном виде ресурса и его состоянием. В соответствии с установленными лимитами природопользователи получают разрешение на использование природных ресурсов.
В качестве ресурсов часто выступают также отходы производства, вторичные энергетические ресурсы, вода замкнутого оборотного цикла и др. Такие ресурсы могут оцениваться по нулевой стоимости, по издержкам на доставку и подготовку к использованию, или по вытесненным затратам за счет замены «первичного» природного ресурса.
Предполагается, что плата за природные ресурсы должна носить стимулирующий характер и быть ориентированной на повышение экономической ответственности отдельных субъектов хозяйственной деятельности за рациональное природопользование.
Природные ресурсы могут оцениваться ценой предприятия добывающего, подготавливающего или производящего первичную переработку ресурса. К таким природным ресурсам относится большинство сырьевых и энергетических ресурсов. С другой стороны, природные ресурсы могут оцениваться издержками на их добычу и облагаться специальными налогами в пользу государственных и муниципальных фондов за каждую единицу используемого ресурса. Сюда относятся изменяемые или используемые земли, вода, лес, и полезные ископаемые, вовлекаемые в производство.
Порядок исчисления и применения нормативов платы за использование природных ресурсов определяется Правительством РФ.