После смерти в 1431 г. митрополита грека Фотия, который отстаивал единодержавие московского великого князя, русские церковные иерархи, учитывая пожелание Василия II, "нарекли" в митрополиты рязанского епископа Иону. Однако константинопольский патриарх не утвердил его кандидатуру, ибо еще до его прибытия в Константинополь поставил на русскую митрополию смоленского епископа Герасима. Осенью 1433 г. Герасим вернулся из Константинополя в Смоленск, принадлежавший Великому княжеству Литовскому, а в Москву не поехал, "зане князи руския воюются и секутся о княжении великом на Руской земли".
В 1435 г. Герасим, обвиненный в измене, погиб в Смоленске. А Иона во второй раз отправился в Константинополь на поставление в митрополиты. Но вновь опоздал: еще до его прибытия патриархия утвердила митрополитом грека Исидора, видного церковного деятеля, широко образованного человека. В апреле 1437 г. новый митрополит прибыл в Москву.
Назначение Исидора своей целью ставило обеспечить принятие русской церковью предполагавшейся православно-католической унии. В этот момент Византии угрожала смертельная опасность со стороны Османской империи. Пытаясь спасти остатки своей державы, византийский император вступил в переговоры с римским папой о соединении церквей, чтобы затем получить поддержку европейских держав в борьбе с турками. Папа Евгений IV, в свою очередь, охотно откликнулся на предложение Византии, рассчитывая укрепить унией престиж папской власти.
Митрополит Исидор принял деятельное участие в заключении унии, которая была подписана во Флоренции в 1439 г. Папская курия и Константинопольская патриархия подписали акт о принятии православной церковью католических догматов и признании римского папы главой церкви при сохранении православных обрядов в богослужении.
По пути из Флоренции в Москву Исидор разослал пастырское послание об унии в польские, литовские и русские земли. Однако терпимое отношение к унии Исидор встретил только в Киеве и Смоленске. Весной 1441 г. митрополит прибыл в Москву с грамотой от папы Василию Темному. Но великий князь отказался признать акт о соединении церквей и объявил Исидора еретиком. Тот был арестован и заточен в Чудов монастырь. Оттуда митрополит бежал сначала в Тверь, затем в Литву и, наконец, в Рим.
Изгнание поставленного Константинополем митрополита и неприятие церковной унии 1439 г. имело важные последствия. С одной стороны, в церковных кругах складывалось убеждение, что греки предали православную веру ради своих корыстных целей, а с другой стороны, личность великого князя все больше ассоциировалась с образом истинного защитника веры, опоры православия.
В 1448 г. собор высшего духовенства в Москве утвердил на митрополичьем престоле ставленника Василия II Иону без санкции константинопольского патриарха. Этот акт ознаменовал конец зависимости русской церкви от Византии (автокефалию). Вместе с тем московская митрополия с этого момента оказалась в прямой зависимости от великокняжеской власти.
Церковь и ереси во второй половине XV века
К концу XV столетия положение русской православной церкви оказалось довольно сложным. После падения Константинополя в 1453 г. русская церковь окончательно стала самостоятельной и на ее отношения со светской властью извне никто уже не мог воздействовать. Наиболее дальновидные иерархи православной церкви стремились к укреплению великокняжеской власти и централизации государства как оплота самодержавства.
Вместе с тем внутри страны авторитет церкви был значительно поколеблен из-за обострения социальных противоречий. Протест социальных низов общества чаще всего выражался в религиозной форме. В наиболее крупных русских городах в XV в. появились так называемые еретики, деятельность которых была особенно опасна для церкви.
Новый подъем еретического движения произошел в конце XV в. в Новгороде и был связан с деятельностью приехавшего из Литвы в 1471 г. еврея Скария (отсюда название - ересь жидовствующих, из-за схожести с иудаизмом). Эта ересь получила широкое распространение среди низшего новгородского духовенства. Самыми упорными гонителями еретиков стали архиепископ Новгорода Геннадий и видный церковный деятель, игумен и основатель Иосифо-Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий (Иван Санин). По имени последнего стало называться целое направление религиозной мысли.
Московский кружок еретиков составляли дьяки и купцы, возглавляемые приближенным Ивана III думным дьяком Иваном Курицыным. Они выступали за усиление великокняжеской власти и ограничение церковного землевладения, настаивали на том, что каждый человек без посредничества церкви может общаться с Богом. В 1490 г. на церковном соборе еретики были осуждены и прокляты. Сторонники ереси жидовствующих были высланы из Москвы, а в Новгороде их подвергли унизительной расправе.
В церковной среде не было полного единства по отношению к еретикам. Так, оппонентами иосифлян выступали так называемые нестяжатели во главе со старцем Кирилло-Белозерского монастыря Нилом Сорским. Нестяжатели, например, считали, что с еретиками следует полемизировать, а не расправляться, и что подлинное служение церкви надо исполнять через аскетический образ жизни, "нестяжанием" земных богатств и владений. Некоторое время Иван III склонен был поддерживать нестяжателей.
Но на церковном соборе 1503 г. воинствующие иосифляне оказали упорное сопротивление в вопросе об отказе церкви от землевладения. А уже на следующий год новый церковный собор приговорил еретиков к смертной казни. Московский кружок Курицына был уничтожен. Так начал складываться союз светской власти с наиболее ортодоксальной частью церковников во главе с Иосифом Волоцким, который провозглашал "священство выше царства", а устои православия - условием существования самодержавия.