В XVII в. господствует нормальное отношение боярской думы к власти царя, т. е. нераздельность действий той и другой, без взаимных посягательств на верховное значение последней и вспомогательную роль первой; государь без думы и дума без государя были одинаково явлениями ненормальными.
В состав думы Московского государства входили только бояре в древнем значении этого слова, т. е. свободные землевладельцы. Затем с превращением их в служилых людей возникло разделение на бояр вообще и бояр служилых в точном смысле. Высший класс служилых именуется "боярами введенными", т. е. введенными во дворец для постоянной помощи великому князю в делах управления. Другой низший разряд таких же дворовых слуг именуется путными боярами, или путниками, получившими "путь" — доход в заведование. Советниками князя, членами боярской думы могли быть только первые, т. е. бояры введенные, именуемые иногда "большими". Это и было переходом к образованию из боярства чина (дававшего потом право на заседание в думе).
Второй элемент, вошедший в состав боярской думы по мере уничтожения уделов, это — князья, делавшиеся советниками великого князя по своему званию князей, не нуждаясь вначале в особом назначении в чин боярина, так как считали свое звание выше боярского. Этот элемент преобладал в думе до конца XVI в., а с этого времени уже далеко не всякий князь попадал в думу; многочисленность служилых князей принудила сделать между ними выбор и проводить в думу лишь некоторых чрез чин боярина. Кроме этих двух элементов в состав думы входили и некоторые должностные лица; так, присутствовать в думе мог окольничий, звание, которое затем было обращено в чин. При Иоанне III право суда и управления принадлежало боярам и окольничим
В начале XVI в. великий князь начал вводить в думу людей худородных, простых дворян, которые и получили титул думных дворян, что опять превратилось в чин. Этот элемент особенно усилился во время борьбы Грозного с родовитым боярством. К этому же времени относится появление в думе и думных дьяков. При усилении письменного делопроизводства явилась и канцелярия при думе. Те дела, которые дума in corpore не могла вести, поручались думным дьякам, а именно: посольские, разрядные, наместные и быв. Казанского царства. Эти отрасли вверены дьякам, но как делегатам думы. Поэтому думных дьяков в XVI в. было обыкновенно четыре. Такое положение выводило их из разряда секретарей; они становились министрами и, каждый по своему ведомству, имели право голоса в заседаниях думы, хотя членами думы не считались. При Алек. Мих. число думных дьяков увеличилось, при Феодоре Алексеевиче их было 14. Такой исторически сложившийся состав думы оставался неизмененным и в XVII в. Число членов думы только с XVI в. становится определеннее; со времен вел. кн. Василия Иоанновича ведутся уже списки членов сумы; от Иоанна III к сыну его перешло д3 (Так в издании 1891 г.) бояр, 6 окольничих, 1 дворецкий и 1 казначей. При Грозном число бояр понизилось вдвое, зато увеличилась неродовитая часть в составе думы: он оставил 10 бояр, 1 окольн., 1 крайчего, 1 казначея и 8 думных бояр. После Феодора Иоанновича число думных людей возрастает с каждым царствованием (за исключением Мих. Феодоровича). Так, при Борисе Годунове было их 30, в смутное время 47; при Мих. Феодор. — 19, при Алек. Мих. — 59, при Фед. Алек. — 167. Не всегда все члены думы собирались в заседания. Возможно полные заседания думы происходили в особо важных случаях, в частности при созыве земских соборов (которых непременную часть составляла дума). Заседания думы происходили в царском дворце — "На Верху" и в Золотой Палате. По свидетельству Маржерета время заседаний думы было от 1 часа до 6 часов дня (4—9 ч. утра). Бояре делили с царем все обыденные акты жизни: ходили в церковь, обедали и проч. По свидетельству Флетчера, собственно для обсуждения дел назначены были понедельник, среда и пятница, но в случае надобности бояре заседали и в другие дни.
Председательство в думе принадлежало царю, но он не всегда присутствовал; бояре решали дела и без него, либо окончательно, или же их решения были утверждаемы государем. Члены распределялись в думе по порядку чинов, а каждый чин — по местнической лестнице породы. Уложение ц. Ал. Мих. (см.) предписывает думе "всякие дела делати вместе". Этим косвенно утверждается начало единогласия при решениях. В конце XVII в. возникает особое отделение думы для судных дел: "расправная палата", состоявшая из делегатов думы (по несколько членов от каждого чина — см. Дворц. разр.). Во время выезда бояр с царем из Москвы в поход, на месте оставляется несколько членов ее "для ведания Москвы". В эту комиссию думы шли все доклады из приказов, но окончательно решались ею только дела меньшей важности; прочие отсылались к царю и находившимся при нем боярам.
Права думы не были определяемы законом, а держались, как факт бытовой, на обычном праве. Боярская дума была учреждением, которое не отделялось от царской власти. В области законодательной значение думы было указано в Цар. судебнике: "А которые будут дела новые, а в сем судебнике не написаны, и как те дела с государева докладу и со всех бояр приговору вершатся, — и те дела в сем судебнике приписывати" (ст. 98, Уложение царя Алек. Мих., 1649 г.). Законодательными источниками были признаны: государевы указы и боярские приговоры. Общая законодательная формула была такова: "Государь указал, и бояре приговорили". Это понятие о законе, как результате нераздельной деятельности царя и думы, доказывается всею историею законодательства в Москов. государстве. Но из этого общего правила были и исключения. Так, упоминаются в качестве законов царские указы без боярских приговоров; с другой стороны, есть ряд законов, данных в форме боярского приговора без царского указа: "Все бояре на Верху приговорили". Царские указы без боярских приговоров объясняются или случайностью борьбы с боярством (при Грозном), или незначительностью разрешаемых вопросов, не требовавших коллегиального решения, или поспешностью дела. Боярские же приговоры без цар. указов объясняются или полномочием, данным на этот случай боярам, или отсутствием царя и междуцарствием. Таким образом, из этих случаев отнюдь нельзя заключать о раздельности законодательных прав царя и думы.
По вопросам внешней политики замечается такая же совместная деятельность царя и думы с конца XVI в., которая дополнялась еще участием земских соборов. Участие думы в делах внешней политики выражалось в постоянном учреждении т. н. "ответной палаты" при думе; дельцы посольского приказа не могли сами вести переговоры с иностранными послами; с послом "в ответех (говорит Котошихин) бывают бояре" — два, окольничий один или два, да думный посольский дьяк; в 1586 г. война со шведами решена царем "со всеми бояры". Только во времена междуцарствия и при самом начале правления Мих. Федоровича дума сносится с иностранными государствами от своего имени. Относительно суда и администрации дума является не одною из инстанций, а органом верховной власти, указывающей закон подчиненным органам. Судебные дела восходили в думу по докладу и по апелляции (ук. 1694 во II Собр. Законов, № 1491). Дума являлась собственно судебным органом только тогда, когда судила в качестве первой инстанции, а именно — своих собственных членов по действиям их, как судей и правителей в приказах, и по местническим счетам. В сфере администрации думе (вместе с царем) принадлежало право назначения центральных и местных правителей. Ведение текущих дел управления военного и поместного находилось под постоянным контролем думы, так же как и самые приказы.
Около 1700 г. Петр В. уничтожил боярскую думу, как учреждение; но совещания с боярами продолжались в так наз. Ближней канцелярии (упом. с 1704 г.), которая сама по себе была не более, как личною канцелярией царя и учреждением постоянным; но съезды бояр в канцелярии — уже не учреждение, постоянно действующее. В последующие годы, до учреждения сената, Петр, во время отъездов своих из столицы, поручал ведение дел нескольким лицам, но не доверял им и не полагался на них. В 1711 г. 22. февр., объявляя о войне с Турциею и собираясь уехать на театр войны, он поручил ведение дел тоже нескольким лицам, назвав совокупность их сенатом, который отнюдь не имел прежнего значения боярской думы и не был учреждением политическим.
Таким образом, боярская дума была учреждением, тесно связанным с судьбою известного класса московского общества; она была политическим учреждением, которое создавало московский государственный и общественный порядок и им руководило. По своему специальному составу это было аристократическое учреждение. Такой его характер обнаруживался в том, что большинство его членов почти до конца XVII в. выходило из известного круга знатных фамилий и назначалось в думу государем по известной очереди местнического старшинства. Единственной постоянной опорой устройства и значения боярской думы был обычай, в силу которого государь призывал в управление людей боярского класса в известном иерархическом порядке. Крепость этого обычая создана была историей самого Московского государства.