Монах перед смертью ещё раз попытался обратить язычника в христианскую веру. Понимая, что если он примет христианство, то его не сожгут, а удушат с помощью гарроты (обруч с винтом, для медленного удушения жертвы), он согласился пройти обряд посвящения, предполагая, что тело будет передано народу для мумификации. Но испанцы и здесь обманули его. После того как вождь был задушен, они сожгли его одежды и часть тела на костре. Остальную часть они предали земле.
Писсаро понимал, какие выгоды ему сулит местный правитель под испанским контролем. Он остановил выбор на сыне Уайны Капака - Манко Инке. Когда испанца прибыли в Куско их встречали как доброжелателей, восстановивших законную правящую ветвь инков, хотя все мумии до их появления были надёжно спрятаны.
Конкистадоры не отличались великодушием и всячески унижали Манко, проявляя наплевательское отношение к обычаям инков. Самое худшее произошло, когда Писсаро отправился на океанское побережье, с целью основания новой столицы Лиму. Главными он оставил своих братьев Гонсало и Хуана. Гонсало относился к Манко с нескрываемым презрением. Похитив его любимую жену, он надругался над ней.
Бесчинства, творимые испанцами, привели к тому, что Манко наотрез отказался от сотрудничества и предпринял попытку покинуть Куско. Испанцы вернули его в столицу закованным в цепями. В заключение подвергали разного рода унижениям.
В итоге Манко уговаривает одного из братьев Франциско, Эрнандо, который совсем недавно приехал в Куско из Испании, выпустить его временно из тюрьмы, чтобы он мог помолиться в святилище, за что обещал подарить золотую статую изображающую его отца. Как только Манко выбрался за пределы Куско, он призвал свой народ к мятежу. Дело кончилось осадой Куско, которая продолжалась почти целый год. Во время этой осады среди индейцев находились предатели как в Куско, так и за его пределами, которые тайно таскали пищу захватчикам. Среди них были даже родственники самого Манко, которые боялись расправы за их прежнюю поддержку европейцев, со стороны нового правителя. Безнадёжность осады стала ясна, когда из Испании прибыло подкрепление. Некоторые сторонники Манко даже откололись от него, поняв, что удачный момент упущен.
После провала осады Куско Манко увёл с собой в густые джунгли 20000 своих соотечественников. Там они за короткий срок возвели новый город Вилькабамба. Он занимал площадь около двух квадратных миль и насчитывал около трёхсот домов и шестидесяти монументальных сооружений. Здесь были удобные дороги и каналы.
Из этого города инки порой совершали набеги на завоевателей, нападая на сторожевые посты. В 1572 году испанцы решили покончить с этим последним оплотом, как свидетельством прежнего могущества туземцев. Добравшись до Вилькабамбы, они на месте города нашли лишь пустынные развалины. Защитники перед тем как покинуть город сожгли его. Испанцы продолжили погоню, проникая всё дальше и дальше в джунгли. В итоге ими был захвачен последний вождь инков Тупак Амару. Его привезли в Куско и отрубили голову на городской площади. Так пресеклась династия правителей инков.
Итогом пятидесятилетнего пребывания испанцев стало сокращение коренного населения - на три четвери. Многие умерли от болезней завезённых из Старого Света, а многие от каторжного труда.
В Испанию было вывезено огромное количества золота и серебра. Предметы искусства как правило переплавлялись перед вывозом. Самые прекрасные изделия доставлялись ко двору Карла V, затем они были выставлены для всеобщего обозрения в Севилье. Когда Карл начал испытывать нехватку в средствах для проведения военных кампаний, было велено переплавить эти выдающиеся произведения инкского искусства.