Святительство первого киевского митрополита-русина продолжалось очень недолго: всего три или четыре года. Скорее всего, Иларион покинул кафедру вскоре после кончины князя Ярослава Владимировича в феврале 1054 года; во всяком случае, под 1055 годом в летописях упоминается уже новый митрополит — грек Ефрем.
Можно думать, что его поставление на святительский престол явилось результатом некоего соглашения, компромисса между Константинополем и новым киевским князем Изяславом Ярославичем. Как мы знаем, Ефрем имел высокий придворный титул, то есть был близок ко двору императора; он также известен как полемист и, несомненно, был знатоком канонического права. О его деятельности во главе Русской церкви нам известно очень немногое, но даже этого, пожалуй, достаточно для того, чтобы увидеть в Ефреме отнюдь не продолжателя, но скорее ниспровергателя церковной политики его предшественника.
Так, именно при митрополите Ефреме подвергся лишению кафедры и трехлетнему заточению под стражу новгородский епископ Лука Жидята — один из вероятных участников собора 1051 года и ставленник князя Ярослава Владимировича. При том же Ефреме и также в связи с "делом Луки" впервые летопись сообщает о применении на Руси обычного для византийского судопроизводства, но совершенно чуждого славянскому обществу членовредительства: как мы помним, после освобождения из-под стражи Луки в Киеве был казнен оклеветавший его холоп Дудика, которому — в полном соответствии с византийскими законами — "устне и нос срезаша и обе руки усекоша". Нельзя не признать, что эта мера находится в резком противоречии с нормами "Устава князя Ярослава" или "Русской Правды".
Говорили мы и о том, что именно Ефрем первым из русских иерархов вступил в полемику с латинянами, став автором антикатолического трактата, получившего широкое распространение в византийской и русской литературе. Это был один из первых откликов на схизму 1054 года — окончательный раскол между Западной и Восточной церквями. Несомненно, после 1054 года ситуация в христианском мире сильно изменилась по сравнению с годами княжения Ярослава — но вместе с тем нельзя не отметить, что резкий тон неприятия западного христианства, который будет звучать и в полемическом трактате Ефрема, и в более поздних антилатинских сочинениях, написанных или переписанных на Руси, чужд духу Иларионова "Слова о законе и благодати" и всей политике князя Ярослава Мудрого.
Наконец, нельзя не вспомнить о повторном освящении Киевской Софии митрополитом Ефремом 4 ноября неизвестного года (об этом также шла речь на страницах книги). В литературе уже высказывалось предположение: не свидетельствует ли этот акт о признании новым киевским митрополитом незаконными всех тех действий, которые совершались в главном кафедральном соборе Киева при его предшественнике, так и не получившем благословение патриарха, а потому не имевшем права восседать на митрополичьем престоле? Но если так, то разрыв с прежней церковной политикой после смерти Ярослава был осуществлен в Киеве не просто открыто, но демонстративно и притом с явного одобрения князя Изяслава Ярославича.
Что же касается самого Илариона, то о его дальнейшей судьбе мы не можем сказать ничего определенного. Умер ли он еще до 1055 года, освободив тем самым киевскую кафедру, или же покинул ее по какой-то иной причине, неизвестно. Иногда полагают, что после смерти Ярослава Иларион удалился в Антониев монастырь, вернувшись в ту самую пещеру, с которой началась его столь блистательная карьера. Действительно, в написанном печерским постриженником Нестором Житии преподобного Феодосия, игумена Печерского, имеется рассказ о некоем чернеце Иларионе (или Ларионе), бывшем, по словам Нестора, искусным книгописцем: "бяше бо и книгам хытр писати, сий по вся дни и нощи писаше книги в келии у блаженного отца нашего Феодосия"; со слов этого Илариона Нестор и узнал многие подробности из жизни печерского игумена.
Рассказывал чернец Иларион Нестору и о своей жизни в обители; жизнь эта была тяжкой и исполнена борьбой с "пронырливыми" бесами, которые "многую пакость" творили ему в келии: "Как только ложился он на своей постели, появлялось множество бесов и, схватив его за волосы, тащили и толкали… И так каждую ночь творили с ним, и, уже не в силах терпеть, пошел он к преподобному отцу Феодосию и поведал ему о пакости бесовской. И хотел перейти от этого места в иную келью; блаженный же стал упрашивать его, говоря: "Нет, брат, не отходи от места того, да не станут похваляться злые духи, что победили тебя… и с той поры еще большее зло начнут тебе причинять, ибо получат власть над тобою. Но да молись Богу в келии своей, и Бог, видя твое терпение, подаст тебе победу над ними"" И лишь после того, как игумен перекрестил инока и напутствовал его, тот без боязни вошел в свою келью. "И так в ту ночь лег в келии своей, спал сладко; и с того времени пронырливые бесы не смели приближаться к месту тому, ибо отогнаны были молитвами преподобного отца нашего Феодосия и обратились в бегство".
Однако Нестор нигде даже не намекает на то, что незадачливый инок, столь много претерпевший от "пронырства" бесов, — бывший киевский митрополит. Да и выглядит печерский Иларион явно младше игумена Феодосия, чего нельзя сказать в отношении митрополита Илариона. Так что поостережемся утверждать, что два этих человека — одно и то же лицо, ибо простого совпадения имен и общего для обоих навыка в книгописании для такого утверждения недостаточно.