В конце 1296 или начале 1298 г. из Орды вернулся великий князь Андрей Александрович. Его первым помыслом было воевать с Переяславлем, Москвой и Тверью. Он немедленно собрал войска и выступил в поход. Однако, у Юрьева путь ему преградили московские и тверские полки. «И замало бою не бысть промежи ими, и взяша миръ, и поидоша во своя си». Судя по тому, что в Новгороде в мае 1299 г. действовал сын Андрея Борис, в мирные условия был включён пункт об отказе Даниила от Новгорода. Тем не менее, пусть короткое время, но московский князь, даже не будучи великим князем владимирским, правил в Новгороде, свидетельством чему служат найденные там упоминавшиеся выше печати Даниила.
Летом 1300 г. сарайский хан Тохта одержал решительную победу над Ногаем. Сам Ногай был убит. В Орде кончилось двоевластие, и это немедленно отразилось на русских делах. Осенью 1300 г. в Дмитрове был созван съезд русских князей. В их отношениях произошли большие изменения. Коалиция противников великого князя Андрея Александровича распалась. Тверской князь рассорился с переяславским и перешёл на сторону князя Андрея. Но Даниил Московский своих позиций не переменил. Правда, утрата тверского союзника не позволяла московскому князю вести прежнюю активную политику в Северо-Восточной Руси. Его внимание переключилось на Рязанское княжество, не входившее в систему северо-восточных княжеств. В конце 1300 г. Даниил под Переяславлем Рязанским разбил рязанского князя Константина и захватил его в плен. Победа активизировала внешнеполитическую деятельность московского князя. Когда 15 мая 1302 г. скончался его союзник Иван Дмитриевич Переяславский, то Даниил вступил в спор за его наследство с самим великим князем. У Ивана наследников не было, и выморочное княжество по нормам тех времен должно было стать достоянием великого князя владимирского. Андрей Александрович прислал в Переяславль своих наместников, а сам отправился в Орду, чтобы закрепить Переяславль за собой и получить там военную помощь. В отсутствие великого князя Даниил действовал решительно и быстро. Основываясь на завещании Ивана, по которому Переяславль переходил к Москве, он изгнал Андреевых наместников из города и завладел им. Весной 1303 г. из Орды вернулся Андрей Александрович, но он уже не застал в живых своего младшего брата. Даниил скончался 5 марта 1303 г.
Летописи и другие письменные источники сохранили для нас известия о политической, военной и дипломатической деятельности первого московского князя. По ряду его поступков видно, что это был независимый и незаурядный правитель, к концу жизни достигший значительного могущества, оказавший влияние не только на развитие собственного княжества, но и на развитие межкняжеских отношений во всей Северо-Восточной Руси. Гораздо меньше известны внутренняя политика первого московского князя, его экономическая и градостроительная деятельность, отношения с церковью. Однако, расширяющиеся в последние годы археологические исследования в Москве показывают, что во второй половине XIII в. происходит интенсивное расширение городской территории, увеличивается и совершенствуется керамическое производство. Это признаки определённого экономического подъёма, приходящиеся на время правления князя Даниила. С его именем связано и первое зафиксированное летописью строительство вне стен московского Кремля. Речь идёт о Даниловом монастыре. Хотя в источниках нет прямой даты его закладки или окончания строительства, а в литературе названы совершенно различные и не согласуемые между собой годы, есть основания полагать, что строительство имело место в 1298 — 1299 годах, когда резко уменьшилось противостояние Москвы и Владимира и для московского князя настала возможность заняться мирными созидательными делами.