22 июня 1941 г. в 4 часа утра Германия вероломно напала на Советский Союз. Началась Великая Отечественная война. Немецко-фашистская авиация произвела налеты на военно-морские базы Кронштадт, Ригу, Либаву, Севастополь, Измаил. Противоздушные силы флотов, переведенных за несколько часов до начала войны по приказу Наркома ВМФ Н.Г.Кузнецова на оперативную готовность № 1, отражали атаки вражеской авиации. Ни один корабль флота в первый день войны не был потерян.
Начальный период войны проходил в крайне тяжелых условиях для Советской Армии и Военно-Морского Флота.
К концу ноября 1941г. противником были заняты Прибалтика, Белоруссия, большая часть Украины и часть территории РСФСР.
Первый самый трудный для СССР период Великой Отечественной войны длился с 22 июня 1941г. по 18 ноября 1942г.
В эти месяцы основной задачей Военно-Морского Флота было содействие на приморских направлениях сухопутным войскам, а также защита своих и нарушение вражеских морских коммуникаций. Корабли и части флота приняли активное участие в героической обороне военно-морских баз Ханко, Либавы, Одессы и Севастополя, в многотрудной битве за Ленинград, в которой морская артиллерия играла существенную роль. Она использовалась главным образом для борьбы с тяжелой артиллерией врага, обстреливавшей город, а также для стрельбы по наиболее удаленным от фронта целям.
Моряки сражались и на сухопутных фронтах. Из экипажей кораблей, курсантов военно-морских училищ формировались бригады и отдельные батальоны морской пехоты. Только в 1941г. на сухопутный фронт было направлено почти 150 тыс. моряков, из которых третья часть воевала под Москвой.
В первые две недели войны на Балтийском флоте эффективно функционировала центральная минно-артиллерийская позиция в Финском заливе. За это время было выставлено более 3000 мин и около 500 минных защитников. 8 августа 1941 г. авиация флота нанесла первый бомбовый удар по Берлину. Исключительно тяжелой стала операция по вынужденному перебазированию кораблей Балтийского флота из Таллина в Кронштадт, которая была осуществлена 28-30 августа. На переходе, в условиях, когда оба берега Финского залива находились в руках противника, из 153 единиц от мин и вражеской авиации погибла одна треть боевых кораблей, транспортных судов и плавучих средств. И все же основной корабельный состав флота благополучно прибыл в Кронштадт. На кораблях и судах из Таллина удалось эвакуировать 17 тыс. человек. Несмотря на блокаду флота в восточной части Финского залива, балтийские подводники, проявляя мужество, форсировали противолодочные рубежи, выходили в открытое море для действий на коммуникациях противника. В 1942г. они потопили 29 судов врага.
На Черном море оборонительные минные заграждения ставились у Севастополя и Одессы, Новороссийска и Туапсе, в Керченском проливе и у Батуми. В конце июня 1941 г. ударная группа кораблей Черноморского флота в составе лидеров “Москва” и “Харьков” нанесла артиллерийский удар по румынской военно-морской базе Констанца. В канун Нового 1942 года Черноморский флот провел самую крупную за войну Керченско-Феодосийскую десантную операцию. В операции участвовали две армии Кавказского фронта, морские части, свыше 250 кораблей и судов, в том числе крейсера “Красный Кавказ” и “Красный Крым”, около 600 самолетов. К исходу 2 января десантные войска очистили от противника Керченский полуостров, что существенно улучшило положение осажденного Севастополя. К сожалению, впоследствии противник вытеснил советские войска с полуострова.
Подводные лодки Черноморского флота действовали на путях сообщений противника, осуществляли вместе с надводными кораблями морские перевозки в Севастополь и эвакуацию из города людей и особо ценного имущества.
Героическая оборона Севастополя в течение 250 дней была возможной во многом благодаря действиям Черноморского флота. Наряду с непосредственным участием в обороне базы флот обеспечивал регулярное сообщение гарнизона с тыловыми районами на побережье Северного Кавказа.
Северный флот играл важную роль в стабилизации фронта на мурманском направлении - охраняя свои коммуникации, активно нарушал вражеские вдоль побережья Северной Норвегии. С созданием антигитлеровской коалиции и распространением американского закона о ленд-лизе в СССР начались регулярные поставки военной техники, вооружений и продовольствия от союзников. Действовали три маршрута транспортировки военных грузов для СССР: северный, тихоокеанский и иранский.
Только по северному маршруту в первый период войны из портов Великобритании и Исландии проследовали в Архангельск и Мурманск 20 конвоев, в составе которых насчитывалось 288 судов. Из СССР на Запад шли транспортные суда в конвоях с традиционными товарами советского экспорта, прежде всего стратегическим сырьем. На маршруте союзные конвои охранялись британскими военно-морскими силами. Северный флот включался в охрану судов конвоя начиная от меридиана 20°, к востоку и юго-востоку. Обеспечение морских перевозок с грузами по ленд-лизу стало одной из важнейших задач флота.
Второй период Великой Отечественной войны (ноябрь 1942г. - конец 1943г.) начался контрнаступлением советских войск и разгромом 330-тысячной группировки немцев под Сталинградом. В результате роста производства военной продукции и расширения боевых резервов был достигнут экономический и военный перевес СССР над фашистской Германией.
В этот период Военно-Морской Флот продолжал содействовать сухопутным войскам на приморских флангах, более активно вести борьбу на морских коммуникациях. Речные флотилии оказывали непосредственную огневую поддержку войскам. Флоты и флотилии высаживали оперативные и тактические десанты, осуществляли перевозку войск и техники по морским и речным путям. Важную роль играла Волжская военная флотилия, обеспечивая стратегическую нефтяную коммуникацию по Волге. Черноморский флот провел ряд десантных операций в районах Новороссийска, Таганрога и Мариуполя. Керченско-Эльтигенская десантная операция завершилась захватом Керченского плацдарма, позволившего позже вести успешные бои за освобождение Крыма.
В отличие от первого периода войны, когда на морских коммуникациях действовали главным образом подводные лодки, с 1943 г. в широких масштабах стала привлекаться и авиация. Около половины общего тоннажа потопленных транспортов противника - результат ударов авиации. ВВС флотов пополнились самолетами с минно-торпедным вооружением. Авиация заняла ведущее место в действиях по нарушению морских перевозок противника. Боевая деятельность подводных лодок заметно сдерживалась слабостью ремонтной базы, а на Балтике - мощными противолодочными рубежами противника. Завоевание авиацией господства в воздухе, оснащение кораблей эффективными зенитными средствами позволили усилить противовоздушную оборону на флоте. Наиболее ценные морские перевозки стали прикрываться истребителями. Уменьшились потери судов на переходах морем.
Третий период Великой Отечественной войны (январь 1944г. - май 1945г.) характерен проведением наступательных операций Советской Армии на всех фронтах. Во многих из них принимал участие Военно-Морской Флот.
Войсками Ленинградского и Волховского фронтов при содействии Балтийского флота снята блокада Ленинграда. Артиллерия и авиация флота содействовали наступавшим войскам в прорыве обороны противника. Флот осуществил перевозку войск 2-й ударной армии на Ораниенбаумский плацдарм. Совместно с войсками Ленинградского фронта в сентябре-октябре
1944 г. флот успешно провел операцию по освобождению Моонзундских островов. В ходе наступления на правобережной Украине советские войска вышли к государственной границе, вступили на территорию Румынии.
Силами 4-го Украинского фронта. Отдельной Приморской армии и Черноморского флота освобожден Крым.
В третьем периоде войны основным содержанием боевой деятельности флотов и флотилий по-прежнему оставались: высадка морских и речных десантов, артиллерийская поддержка армейских флангов, перевозка войск и техники. Флот зарекомендовал себя мощной ударной силой, способной резко изменить обстановку в приморской полосе действий сухопутных войск. К самостоятельным операциям флота относились, прежде всего, действия подводных лодок, легких сил флота и морской авиации на Севере, Черном и Балтийском морях. Наиболее высоких результатов в этих операциях достигла авиация. В войне против Японии в августе-сентябре
1945 г. Тихоокеанский флот успешно высадил ряд оперативных и тактических десантов. Совместно с частями Советской Армии флот освобождал Южный Сахалин, Курильские острова, порты на восточном побережье Кореи, Порт-Артур.
Амурская флотилия содействовала сухопутным войскам в разгроме японской Квантунской армии в Маньчжурии. Она обеспечивала форсирование рек, помогала наступлению войск вдоль р.Сунгари, поддерживая их артиллерийским огнем и высадкой тактических десантов.
За время Великой Отечественной войны Военно-Морским Флотом потоплено 708 боевых кораблей и вспомогательных судов Германии и ее союзников, а также 791 транспортное судно полной вместимостью 1,84 млн. т. Достоверность этих цифр подтверждается двусторонними данными. Почти половина из потопленных кораблей и судов явилась результатом ударов авиации. На долю подводных лодок приходится 5% потопленных боевых кораблей и 20% транспортов. От воздействия минного оружия погибло около 15% из всех потопленных германских кораблей и судов. Надводными кораблями ВМФ СССР потоплено 53 боевых корабля и вспомогательных судна и 24 транспорта противника. В целом в ходе Великой Отечественной войны Военно-Морской Флот нанес противнику ощутимые потери. “Он до конца выполнил свой долг перед Родиной” - отмечалось в итоговом приказе Верховного Главнокомандующего.