В марте 1977 состоялись выборы в парламент и провинциальные законодательные собрания. Оппозиция отказалась признать официальные итоги голосования и организовала движение протеста, в ходе которого погибло более 270 человек. 5 июля 1977 армия сместила Бхутто, и в стране был установлен режим военного положения. Генерал Мухаммад Зия-уль-Хак занял пост Главного военного администратора, а в 1978 стал президентом Пакистана. Бхутто обвинили в планировании убийства политических недругов и предали суду, которой приговорил его в 1979 к казни.
Зия следовал линии исламизации и стремился привести уголовное законодательство страны в соответствие с нормами традиционного мусульманского права. Были восстановлены некоторые юридические процедуры, предписываемые исламом в сфере налогообложения и банковском деле. В 1979 Зия участвовал во встрече глав государств Движения неприсоединения, состоявшейся в Гаване. Но между Пакистаном и США сохранились дружеские отношения, которые стали еще более тесными после вооруженного вмешательства СССР в гражданскую войну в Афганистане.
Зия приступил к постепенному созданию новых политических структур. В декабре 1981 было объявлено о создании Федерального консультативного совета. На непартийной основе осенью 1983 состоялись выборы в местные органы управления. Их бойкотировали оппозиционные силы, и в Синде произошли серьезные беспорядки. В декабре 1984 Зия организовал всенародный референдум, на котором была одобрена стратегия исламизации. В феврале 1985 были проведены, тоже на беспартийной основе, выборы в парламент и провинциальные законодательные собрания, после чего Зия принял решение сформировать гражданское правительство. Премьер-министром был назначен Мухаммад-хан Джунеджо, лидер Пакистанской мусульманской лиги (фракция Пагаро), оказавшейся самой многочисленной депутатской группой в Национальном собрании. В декабре 1985 Зия отменил военное положение и восстановил действие конституции 1973 с поправками, которые расширили полномочия президента, предоставив ему право роспуска правительства и законодательных органов страны и провинций. Закон о партиях, принятый спустя несколько месяцев, позволил им функционировать легально при условии выполнения официальных предписаний. Оппозиционные организации активизировали нападки на режим Зия, требуя регулярных выборов в условленные сроки и восстановления конституционных норм. Наиболее авторитетным лидером стала возглавившая Пакистанскую народную партию (ПНП) Беназир Бхутто.
В мае 1988 Зия добился крупнейшего внешнеполитического успеха, когда Советский Союз начал вывод войск из Афганистана. Безопасность северо-восточных границ Пакистана заметно окрепла с завершившимся в феврале 1989 выводом советской армии из Афганистана и ослаблением позиций левых.
В конце мая Зия отправил в отставку правительство Джунеджо и из-за разногласий по вопросу о контроле над вооруженными силами распустил Национальное собрание. На ноябрь 1989 были назначены новые выборы.
17 августа 1988 Зия стал жертвой авиационной катастрофы. Принявший на себя обязанности президента председатель Сената Гулам Исхак Хан объявил о предстоящих в ноябре выборах. В октябре Верховный суд постановил, что кандидаты могут баллотироваться от политических партий. На выборах победила ПНП, которая получила относительное большинство в парламенте, и 1 декабря 1988 ее лидер Беназир Бхутто заняла пост премьер-министра. Новый кабинет разработал программу социальных и политических реформ, но неожиданно в августе 1990 Исхак Хан отправил Бхутто в отставку. Премьер-министром был назначен Гулам Мустафа Джатой, бывший союзник Бхутто.
На парламентских выборах в октябре 1990 руководимая Бхутто ПНП потерпела поражение от Исламского демократического альянса, ведущая сила которого, Пакистанская мусульманская лига, выступила в союзе с партией Джамаат-и ислами. Премьер-министром был выдвинут лидер Лиги Мухаммад Наваз Шариф. В 1992 Джамаат-и ислами вышла из альянса, вскоре между Исхак Ханом и Шарифом обнаружились разногласия, в результате 18 апреля 1993 последний был отправлен в отставку. Однако Верховным судом Пакистана декрет президента был признан неконституционным, и 26 мая Шариф вернулся на свой пост. Тем не менее противоречия между двумя лидерами не были устранены, поскольку Шариф выступал за удаление из текста Конституции положений, дававших президенту право на роспуск высших органов государственной власти. В спор вступили военные, которые 17 июля 1993 сместили и Шарифа, и Исхак Хана. Временное правительство возглавил бывший вице-президент Всемирного банка Моин Куреши, функции главы государства были возложены на председателя Сената.
На новых выборах победила ПНП, и в октябре 1993 Бхутто возвратилась в кресло премьер-министра. В ноябре парламент избрал президентом одного из ведущих функционеров ПНП Сардара Фарук Ахмед Легари. Обвинив правительство в некомпетентности и коррупции, Легари отправил его в отставку, а 5 ноября распустил парламент и провинциальные законодательные собрания. Премьер-министром нового правительства стал старейший политик Мерадж Халид.
В феврале 1997 выборы принесли убедительную победу Пакистанской мусульманской лиге (ПМЛ), завоевавшей свыше 2/3 депутатских мест в Национальном собрании, и дали возможность Шарифу сформировать кабинет министров. Шарифу удалось юридическим путем лишить президента права смещать правительство и прекращать деятельность законодательных органов. В декабре 1997 Легари подал в отставку. В том же месяце новым президентом был избран отставной судья Рафик Тарар.
В мае 1998 Пакистан провел атомные испытания в ответ на аналогичные испытания в Индии, осуществленные месяцем раньше. США применили санкции против обоих государств, что особенно чувствительно отразилось на Пакистане с его слабой экономикой. Премьер-министр столкнулся не только с экономическими трудностями, но и с противодействием предложенным им конституционным изменениям, согласно которым установления ислама должны играть главенствующую роль при интерпретации законов Конституции. Поскольку у властей появилась возможность трактовать, какие из их декретов базируются на мусульманском праве, исполнительные федеральные органы фактически были выведены из-под контроля со стороны государства. Оппоненты правительства указывали, что тем самым создается угроза возрождения в Пакистане диктаторского режима.
Приход к власти военных в результате бескровного переворота в октябре 1999 был подготовлен недовольством народных масс правительством Наваза Шарифа, обвиняемым в коррепции, злоупотреблении властью и непотизме (в апреле 2000 суд Пакистана вынес приговор о пожизненном заключении Шарифа). Возглавил военную администрацию Пакистана организатор переворота генерал Первез Мушарраф. Народ лелеял большие надежды в связи с приходом к власти военных. Однако провозглашенные Мушаррафом реформы и стремление покончить с коррупцией не увенчались успехом. Народ разочарован. Сам Мушарраф склонен передать власть в руки гражданских чиновников, если найдется достойная личность, способная эффективно управлять страной. Тем временем активизируются исламисты во главе с лидером Джамаат-и ислами кази Хуссейном Ахмадом, который ведет нападки на режим Мушаррафа и призывает к «революции».