В области внешней политики Мубарак сохранил общую ориентацию на США и западные государства, но предпринял меры по улучшению отношений с другими арабскими и мусульманскими странами. Были восстановлены дипломатические отношения с Иорданией, возобновлено военное сотрудничество с Саудовской Аравией и странами Персидского залива. Египет вернулся в Организацию Исламская конференция и Лигу арабских государств.
В первой половине 1980-х Мубарак провел реорганизации и чистку правительственного и партийного аппарата, вытеснив из него сторонников Садата и чиновников, замешанных в коррупции. В области экономики, не отказываясь от проводимой Садатом политики «инфитаха», он попытался переориентировать капиталовложения на сферу производства, несколько укрепил государственный сектор и государственное регулирование ключевых отраслей. Одновременно поощрялись частный сектор и частная инициатива. Правительство старалось сохранять субсидирование цен на товары и услуги первой необходимости; попытки урезать их вызывали народные волнения. Но рост дефицита торгового баланса, увеличение внешнего долга (44 млрд. долл. в 1988) и экономические трудности побудили правительство во главе с премьер-министром Али Лютфи (1984–1986) пойти на введение мер жесткой экономии и поэтапную ликвидацию государственных субсидий. В ответ вспыхнули бунты, забастовки и волнения 1986, в ходе которых против правительства выступили даже полицейские. В результате их подавления более 100 человек были убиты, сотни ранены. Мубарак сместил министра внутренних дел. Назначенный в 1987 новый премьер-министр Атеф Сидки вновь укрепил меры государственного регулирования и договорился с Международным валютным фондом об отсрочке погашения четвертой части внешнего долга.
В мае 1990 в Египте разразился политический кризис: Конституционный суд признал результаты парламентских выборов 1987 недействительными, а избирательный закон, предусматривавший выборы по спискам, – антиконституционным. Президент Мубарак провел референдум о роспуске парламента и, получив поддержку населения, назначил новые выборы. На них в ноябре-декабре 1990 вновь победила правительственная НДП. В 1990–1991 Египет поддержал Запад в конфликте с Ираком из-за Кувейта. Это вызвало бурные протесты в стране. В обмен США, Саудовская Аравия и страны Персидского залива списали Египту долги на сумму в 15 млрд. долларов, а затем западные страны-кредиторы заявили о готовности списать Египту половину его внешней задолженности. Условием было проведение структурных реформ рыночного характера. Одновременно Египет стремился к улучшению отношений со своими прежними противниками в арабском мире – Сирией и Ливией; с ними были подписаны соглашения о широком сотрудничестве в различных областях. Египетская дипломатия пыталась способствовать организации мирной конференции по Ближнему Востоку. Отношения с Суданом обострились в начале 1990-х из-за пограничных споров и обвинений в адрес южного соседа в поддержке исламских террористов. В 1995 Египет выслал группу суданских граждан из спорного района Халаиб и ввел въездные визы для суданцев. В ответ Судан пригрозил разорвать соглашения с Египтом о пользовании водой Нила. Отношения с Суданом улучшились только к концу 1990-х после разрыва суданского военного правительства с крайними исламистами.
Переизбранный в октябре 1993 президентом страны М.Х.Мубарак, пообещал бескомпромиссно бороться с исламским терроризмом и осуществить программу реформ, согласованную с Международным валютным фондом. В обмен на кредиты от МВФ, Египет обязался сократить бюджетный дефицит и снизить инфляцию до уровня менее чем 10%.
В ноябре-декабре 1995 в Египте прошли очередные выборы в Народное собрание, вновь принесшие победу правящей НДП. Однако многие египтяне не пришли голосовать: число проголосовавших составило 50–60% в сельских районах, но лишь 13% в Каире. «Братьям-мусульманам» не разрешено было участвовать в избирательной кампании. В ходе столкновений между сторонниками соперничавших партий и кандидатов погибли 70 человек, 800 получили ранения. Часть результатов была отменена решениями судебных органов. Оппозиция обвинила правительство в подтасовке выборов и коррупции. Подвергшийся критике за злоупотребления в ходе выборов премьер-министр А.Сидки ушел в отставку. В январе 1996 президент Мубарак назначил премьер-министром экономиста и бывшего министра планирования Камаля Ахмеда аль-Гансури, который вел успешные переговоры с МВФ и Всемирным банком. Ему поручили форсировать экономические реформы и приватизацию. Новое правительство обещало снизить безработицу, поощрять иностранных инвесторов и довести экономический рост до 8% в год. МВФ требовал резко сократить государственные субсидии и девальвировать египетский фунт, но власти все еще избегали таких мер, опасаясь серьезных протестов населения. Вместо этого они ориентировались на «плавный переход» к рыночной экономике. В 1997 был введен в действие закон, частично пересматривавший аграрную реформу 1952. Арендаторы, получившие землю в наследственное пользование, должны были отныне вносить арендную плату в «рыночных ценах». К концу 1998 Египет завершил выполнение программы структурных экономических реформ, согласованной в 1990 с МВФ. За это время были осуществлены приватизация государственных предприятий, сокращение субсидий на поддержание низких цен на продукты питания и услуги; уровень инфляции сократился с 20 до 4,3%
Либерализация режима в 1980-х – начале 1990-х сменилась новыми ограничениями демократических прав. В мае 1995 Народное собрание одобрило закон о печати, согласно которому полагалось тюремное заключение за распространение ложной информации и клевету на официальных лиц. Оппозиция резко критиковала эти меры. В декабре 1996 власти арестовали членов различных оппозиционных партий, обвинив их в «планировании заговора с целью свержения правительства». Вводились ограничения свободы печати и мнений. Активизировалась цензура: около 50 книг подверглись конфискации за «нарушение общественной морали и издевательство над религией». Одновременно с конца 1996 вновь наметились некоторые тенденции к послаблению в области культуры и средств массовой информации под девизом «танвир» (просвещение). Они были восприняты как попытка властей вступить в союз с пронасеровской интеллигенцией против растущего влияния исламистских кругов. Но уже с 1998 меры против оппозиции усилились. В декабре 1998 две недели пришлось провести под арестом генеральному секретарю Египетской организации по правам человека, в 1999 предъявлены обвинения в клевете на заместителя премьер-министра главному редактору газеты «Аш-Шааб» (орган оппозиционной СПТ) и трем его сотрудникам (в 2000 они были приговорены к тюремному заключению). В мае 1999 парламент принял закон, вводивший строгий правительственный контроль над неправительственными организациями.
На протяжении 1990-х египетское правительство продолжало борьбу с исламским экстремизмом. После убийства в октябре 1990 председателя парламента Рифаата аль-Махджу было арестовано около 1 тысячи фундаменталистов. В марте 1992 власти обвинили «Братьев-мусульман« в заговоре с целью свержения режима. После нападений исламистов на коптов Народное собрание приняло в июле 1992 серию антитеррористических законов, которые расширяли полномочия сил безопасности; более 300 фундаменталистов были арестованы в различных частях страны. В ноябре муллы в мечети южного города Асьют призвали к вооруженной борьбе против «несправедливого и коррумпированного» режима и созданию исламского государства на основе Корана. Власти арестовали более 430 фундаменталистов, обвинив их в подготовке террористических нападений, поставили все мечети и места молитв под свой контроль и запретили политические заявления во время богослужений. В 1993 Верховный суд приговорил к смерти 7 исламских экстремистов; они были казнены в июле. Фундаменталисты на юге страны развернули нападения на полицейских, христиан и иностранных туристов; в ноябре премьер-министр А.Сидки едва избежал покушения. В декабре власти повесили 9 экстремистов (общее число казненных в 1993 достигло 39). По данным правительства, в 1994 в египетских тюрьмах находились 10 тысяч исламистов. На нападения исламистов полиция и силы безопасности отвечали рейдами, обысками, судами и казнями. В течение 1990–1994 в результате исламистского террора и правительственного контртеррора погибло около 1 тысячи человек. В октябре 1994 фундаменталисты тяжело ранили известного писателя, лауреата Нобелевской премии Нагиба Махфуза; процесс над покушавшимися закончился 2 смертными приговорами и многолетними тюремными сроками. Всего за январь 1993 – январь 1995 к смерти были приговорены 74 человека, две трети приговоров приведены в исполнение. В июне 1995 на президента Мубарака было совершено покушение, когда он находился в Эфиопии. С января 1995 власти развернули также репрессии против «Братьев-мусульман». В ходе облав в июле по всей стране были арестованы 17 видных деятелей ассоциации. Их обвинили в организации «террористического заговора против безопасности и стабильности Египта». Были арестованы сотни членов ассоциации, 54 из них осуждены на тюремное заключение за принадлежность к незаконной организации. Несмотря на репрессии, фундаменталисты продолжали нападения на туристов и государственные учреждения. В ноябре 1995 самоубийца совершил нападение на египетское посольство в Пакистане, 15 человек погибли. В южном Египте исламисты обстреливали поезда. В оплоте фундаменталистов – провинции Асьют, в феврале 1996 шли ожесточенные столкновения с полицией. В апреле 1996 в Каире были убиты 18 греческих туристов; общее число иностранных туристов, убитых в Египте с 1992, достигло 40 человек; 70 были ранены. В феврале 1997 9 человек погибли при взрыве в коптской церкви. В ноябре того же года произошла расправа над иностранными туристами в Луксоре, организованная военным крылом исламистской организации «Джамаа аль-исламийя». Власти отвечали новыми арестами и казнями. Им удалось добиться выдачи арестованных за рубежом активистов и членов экстремистских мусульманских группировок «Исламский джихад» и «Джамаа аль-исламийя». В начале 1999 был проведен массовый процесс над 107 исламистами (из них лишь 47 находились под арестом); в апреле 9 обвиняемых были заочно приговорены к смертной казни, 11 – к пожизненному заключению. «Джамаа аль-исламийя» объявила о прекращении вооруженной борьбы, и власти выпустили на свободу более 1 тысячи членов организации. В сентябре 1999 лидер «Джамаа аль-иламийя» погиб в перестрелке с полицией. Весной 2000 была освобождены еще 1 тысяча исламистов, главным образом, членов и сторонников этой организации. В июле 2000 на свободу вышли еще 500 фундаменталистов, но около 15 тысяч человек еще оставались в заключении. Противостояние между властями и «Исламским джихадом» продолжалось. Снова подверглись преследованиям «Братья-мусульмане». В конце 1999 – начале 2000 были арестованы руководители и около 200 членов ассоциации. Вопреки возражениям исламских кругов, Народное собрание приняло в 2000 закон о разводе, дающий возможность женщинам расторгать брак без объяснения причин в суде.