Тридцатилетняя война
В 1619 чешский сейм отказался признать императором Фердинанда и избрал королем курфюрста Фридриха V, пфальцграфа Рейнского. Этот демарш привел к началу Тридцатилетней войны. Повстанцев, расходившихся по всем важнейшим вопросам, связывала только ненависть к Габсбургам. С помощью наемников из Германии армия Габсбургов в 1620 наголову разбила чешских повстанцев в битве при Белой Горе под Прагой.
Чешская корона была раз и навсегда закреплена за домом Габсбургов, сейм разогнан, а католичество объявлено единственной законной верой.
Поместья чешских протестантских аристократов, занимавшие почти половину территории Чехии, были поделены между младшими сыновьями католического дворянства Европы, в основном немецкого происхождения. Вплоть до распада Габсбургской монархии в 1918 чешская аристократия говорила преимущественно по-немецки и была предана правящей династии.
В ходе Тридцатилетней войны население Габсбургской империи понесло огромные потери. Конец бойне положил Вестфальский мир (1648), согласно которому Священная Римская империя, включавшая Германию и Италию, фактически прекращала свое существование, и многие князья, владевшие ее землями, смогли осуществить свою давнюю мечту о независимости от власти императора. Однако Габсбурги все еще сохраняли императорскую корону и влияние на государственные дела Германии.
Победа над турками
Во второй половине 17 в. армии османов возобновили натиск на Европу. Австрийцы повели борьбу с турками за контроль над нижним течением рек Дунай и Сава. В 1683 огромная турецкая армия, воспользовавшись восстанием в Венгрии, вновь осаждала Вену в течение двух месяцев, и снова нанесла огромный ущерб ее пригородам. Город переполнился беженцами, артиллерийский обстрел нанес ущерб собору св. Стефана и другим архитектурным памятникам.
Осажденный город был спасен польско-немецкой армией под командованием польского короля Яна Собеского. 12 сентября 1683, после ожесточенной перестрелки, турки отошли и больше уже никогда не возвращались к стенам Вены.
С этого момента турки стали постепенно сдавать свои позиции, а Габсбурги извлекали из своих побед все новые выгоды. Когда в 1687 большая часть Венгрии со столицей Будой была освобождена от турецкого владычества, венгерский сейм в знак благодарности признал наследственное право мужской линии Габсбургов на венгерскую корону. Однако при этом была оговорено, что перед вступлением на престол новый король должен был подтверждать все «традиции, привилегии и прерогативы» венгерской нации.
Война против турок продолжалась. Австрийские войска отвоевали почти всю Венгрию, Хорватию, Трансильванию и большую часть Словении, что было официально закреплена Карловицком миром (1699). Затем Габсбурги обратили свои взоры на Балканы, и в 1717 австрийский полководец принц Евгений Савойский захватил Белград и вторгся в Сербию. Султан вынужден был уступить Габсбургам небольшой сербский район вокруг Белграда и еще ряд небольших территорий. Через 20 лет балканская территория была вновь захвачена турками; Дунай и Сава стали границей между двумя великими державами.
Венгрия, оказавшаяся под властью Вены, была опустошена, ее население уменьшилось. Обширные участки земли были переданы дворянам, лояльным Габсбургам. Венгерские крестьяне переместились на свободные земли, а приглашенные короной иностранные поселенцы – сербы, румыны и прежде всего немецкие католики – заселили южные районы страны. По оценкам, в 1720 венгры составляли менее 45% населения Венгрии, и в 18 в. их доля продолжала сокращаться. Трансильвания сохранила особый политический статус при управлении из Вены.
Хотя венгерские конституционные привилегии и местная власть не пострадали, а налоговые льготы аристократии были подтверждены, двор Габсбургов имел возможность навязывать свою волю венгерской правящей элите. Аристократия, земельные владения которой росли вместе с ее преданностью короне, оставалась верной Габсбургам.